Enrico VI e Celestino III morirono l'anno 1197, e la loro morte cambiò sì fattamente i rapporti e le proporzioni delle forze dei due partiti, che il pontefice ebbe la volta sua per ispogliare di alcuni diritti l'autorità reale senza incontrare resistenza e senza che i suoi avversarj riclamassero contro la sua ambizione. Immediatamente dopo la morte di Celestino, Innocenzo III, nobile romano, conte di Signa, fu nella fresca età di trentasett'anni nominato papa. Egli portava sulla santa sede una profonda conoscenza degl'interessi della sua patria e di quelli della Chiesa, il coraggio e l'ambizione d'un giovane gentiluomo, e la fama di santità e di sapere che gli avevano procacciato la regolarità dei costumi ed alcune opere a que' tempi assai pregiate[296]. Dall'altro canto Federico II, il successore d'Enrico, era ancora fanciullo di due anni, la di cui madre Costanza in quell'anno che sopravvisse al marito, erasi data al partito del papa per averne il suo appoggio; divideva co' suoi sudditi l'odio concepito contro i Tedeschi ministri della tirannide del marito, ed aveva dichiarato nemico del suo regno il generale Marcovaldo allora duca di Ravenna e marchese d'Ancona. Poi quando venne a morte, scelse Innocenzo III per tutore del figliuolo e per amministratore del suo regno; e come potesse temere che il papa si rifiutasse a tale ufficio, gli assegnava un canone per allettarlo ad incaricarsene.
Enrico VI aveva prima di morire ottenuto dai principi di Germania l'elezione del figliuolo Federico I in re dei Romani, onde assicurargli con tale atto la successione all'Impero; pure, morto Enrico, niuno si prese cura dei diritti che poteva aver acquistati all'Impero questo fanciullo; e la corona non fu contrastata che tra due pretendenti, Filippo, duca di Svevia, il maggiore de' fratelli d'Enrico VI, ed Ottone allora duca d'Aquitania, figliuolo d'Enrico il leone, già duca di Baviera e Sassonia[297]. Filippo Augusto, re di Francia, si dichiarò a favore del primo; e Riccardo cuor di leone, re d'Inghilterra, per l'altro; ed amendue sostennero il loro protetto con tutti i loro tesori e tutte le loro forze, sicchè l'uno e l'altro furono dichiarati imperatori dal proprio partito; Filippo di Svevia dal ghibellino, ed Ottone dal guelfo; ciò che accrebbe a dismisura l'animosità delle due parti; le quali riputando legittima l'elezione dei proprio capo, presero a difenderla con lunghe e sanguinose guerre, che tutte occuparono le forze della Germania. Finchè queste durarono, i diritti degl'imperatori in Italia non ebbero chi li difendesse.
Innocenzo non tardò a conoscere i vantaggi della presente sua situazione, e tutto si ripromise dal suo coraggio in così favorevoli circostanze.
Le prime sue cure furono rivolte all'interna amministrazione di Roma: sotto il pontificato di Celestino III, l'autorità del senato era stata dai papi definitivamente riconosciuta e fissatane la costituzione con un atto da noi altrove indicato[298]; ma i Romani non ebbero appena ottenuto il privilegio per cui avevano tanto tempo combattuto, che se ne mostrarono disgustati, e vollero dopo un anno imitare ciò che vedevano praticarsi dalle altre città: soppressero allora l'autorità nazionale del loro nuovo consiglio, per surrogargli un magistrato straniero e militare, che sapesse con maggior vigore frenare le sediziose passioni de' nobili: diedero a questo magistrato il titolo di senatore; e lo collocarono nel palazzo medesimo che occupava il senato in Campidoglio, attribuendogli tutti i poteri del soppresso corpo[299]. Benedetto Carissimo fu il primo senatore di Roma, cui succedette Giovanni Capoccio; e ne' quattro anni della loro amministrazione, i Romani s'impadronirono della città di Tusculano, lungo tempo oggetto della loro gelosia, e la distrussero interamente[300]; sottomisero tutta la campagna marittima e tutta la Sabina, e costrinsero le piccole città di queste due province a ricevere i giudici ed i podestà dalle loro mani. Ma quando fu creato papa Innocenzo, il popolo incominciava ad essere geloso dell'autorità sovrana esercitata sopra di lui da un magistrato straniero, ed aveva chiesta al nuovo pontefice una distribuzione di danaro. Era questa come prezzo del giuramento d'ubbidienza a san Pietro, che il popolo era contento di dare in occasione di una nuova elezione. Innocenzo accondiscese alla domanda, ma rese il giuramento più obbligatorio di quello che si usava in uguale circostanza, ed approfittando della momentanea avidità de' cittadini, fece nominare un nuovo senatore scelto tra le persone a lui ben affette[301]; obbligò il prefetto della città, ufficiale dell'imperatore, a prestargli vassallaggio, ed a ricevere da lui una nuova investitura della sua carica; finalmente scacciò da tutte le città del patrimonio di san Pietro i giudici e podestà nominati dal popolo, nominando altri in loro luogo; e per tal modo s'arrogò la sovranità di una provincia conquistata colle armi de' Romani.
Durante il regno d'Innocenzo, l'amministrazione di Roma provò qualche altra rivoluzione: i Romani alternarono a vicenda il governo d'un solo e di più senatori, come i loro antenati avevano alternato tra i consoli ed i tribuni dei soldati; ma del 1207 fissarono definitivamente colla mediazione d'Innocenzo quegli attributi del senatore, che fino all'età nostra sonosi con leggerissime modificazioni conservati[302]. Supremo capo della giustizia, della polizia e del poter militare, aveva egli solo la rappresentanza del governo; ed uguale ai podestà delle altre città, altro non mancavagli per diventar tiranno, che maggior durata nell'impiego e l'appoggio di una delle due fazioni, cui la sua nascita rendevalo quasi sempre straniero. Intanto il pontefice occupavasi della compilazione del giuramento che questo primo magistrato doveva prestare in sue mani; nel quale, per non disgustare i Romani, non si faceva alcun cenno di quella sovranità cui sordamente aspirava, ma che ben sapeva che il popolo non avrebbe voluto riconoscere; e altresì non permise che tale giuramento potesse allegarsi in pregiudizio de' suoi diritti[303]. Il senatore s'obbligò adunque soltanto verso il papa «a non attentare nè coi fatti, nè coi consigli alla di lui vita o all'amputazione delle sue membra, promettevagli di manifestargli le trame contro di lui ordite, di cui avesse conoscenza, di mantenerlo con tutte le sue forze in possesso del papato e dei diritti regali che si trovassero effettivamente appartenere a san Pietro; finalmente di provvedere alla sicurezza de' cardinali e delle loro famiglie in tutte le parti di Roma e della sua giurisdizione.»
Enrico VI aveva ristabiliti molti de' principali feudi dell'Impero in Italia: aveva dato a Marcovaldo, suo grande siniscalco, il marchesato d'Ancona ed il contado di Molise; a Filippo, duca di Svevia, suo fratello, cui aveva fatto sposare la vedova del figlio del re Tancredi, figlia dell'imperator Greco[304], aveva accordato il marchesato di Toscana, ed a Corrado di Svevia, soprannominato mosca in cervello, il marchesato di Spoleti. Porzione di queste province trovavasi compresa nella pretesa donazione di Carlo Magno, un'altra nell'eredità della contessa Matilde; e questi due titoli si fortificavano l'un l'altro, quantunque fino allora non avessero procurato alla santa sede la pretesa sovranità. Per far valere le sue ragioni, Innocenzo approfittò della debolezza del partito imperiale in Italia, ed imitando l'esempio dell'antica Roma che commetteva ai consoli la conquista delle province, mandò due cardinali preti a sottomettere la Marca, e due altri prelati a soggiogare il duca di Spoleti[305].
I signori tedeschi che da Enrico VI ricevettero questi feudi, avevano talmente abusato del loro potere, che i loro vassalli erano tutti proclivi alla ribellione. Le città che trovavansi comprese nei loro governi, più piccole e più deboli di quelle di Lombardia, non avevano ancora osato di aspirare all'indipendenza; e la loro amministrazione municipale era ancora presso a poco quale si formò nel decimo secolo, onde lusingavansi di trovare più libertà sotto il governo della Chiesa, che sotto il dominio di soldati stranieri; e tutte aprirono le porte ai prelati spediti a ricevere il loro giuramento di fedeltà. Nella prima provincia, senza per altro rinunciare ai loro governi municipali, riconobbero la sovranità del papa, Ancona, Fermo, Osimo, Camerino, Fano, Iesi, Sinigaglia e Pesaro; nella seconda Rieti, Spoleto, Assisi, Foligno, Nocera, Perugia, Agubbio, Todi e città di Castello.
Il papa non avrebbe ottenuto di ridurre sotto la sua dipendenza immediata le città della Toscana: vero è che fino allora ubbidirono sempre agl'imperatori, ma conoscevano troppo le proprie forze per non cambiare il presente loro stato con verun altro, quando non si trattasse di passare a quello di repubblica. Ciò conoscendo il papa, addirizzandosi loro, dichiarossi il protettore della loro libertà; e lungi dal riclamare sulle città principali i diritti della contessa Matilde, il di cui solo nome avrebbe risvegliata la loro gelosia, si limitò a chiedere la loro assistenza come amiche della religione ugualmente che della libertà, e protettrici della Chiesa. Di così dilicato negoziato incaricò Pandolfo e Bernardo.
Questi cardinali s'addirizzarono prima alle città di Fiorenza, Lucca e Siena, poi al vescovo di Volterra, allora signore temporale di quella città, ed agli abitanti di Prato e di Samminiato. Loro rappresentarono che la morte dell'imperatore gli aveva sciolti da ogni obbligazione verso l'Impero[306], e che avrebbero mancato alla propria saviezza, se non approfittavano del presente interregno per impedire che un nuovo imperatore, strascinandole in nuove liti colla Chiesa, non compromettesse la loro coscienza, e non mettesse in opposizione i loro doveri verso gli uomini con i loro doveri verso Dio. Sotto il regno d'Enrico VI, le città toscane avevano avuto cagione di lagnarsi dell'accrescimento delle imposte e delle concussioni de' suoi ministri tedeschi; onde acconsentirono di formare un'assemblea dei loro deputati a san Ginnasio, borgata posta alle falde del monte di Samminiato; ove cedendo agli stimoli dei due cardinali, s'associarono alla lega toscana o guelfa, che si rinnovò poi tra di loro un mezzo secolo dopo[307]. Obbligavansi gli alleati di non riconoscere imperatore, re, principe, duca, o marchese, senza l'espressa e speciale approvazione della Chiesa romana: promettevano inoltre la vicendevole difesa e la difesa della santa sede qualunque volta ne venissero richiesti; e di più impegnavansi di darle ajuto perchè potesse riprendere tutte le parti del suo patrimonio e tutti i paesi sui quali credesse avere delle ragioni, tranne quelli che trovavansi di presente occupati da qualcuno degli alleati.