Egli fissò il suo soggiorno in Pisa, città che godendo d'una intera libertà sotto la protezione imperiale, abbracciava caldamente tutti gl'interessi della casa di Svevia. Nuovi semi di discordia incominciavano a dividere quegli abitanti, che all'imperatore importava troppo di spegnere in sul loro nascere, perchè aveva bisogno di opporre le flotte pisane a quelle delle repubbliche di Genova e di Venezia sue nuove nemiche. Il possesso della Sardegna era la cagione principale delle fresche discordie.

Nel primo capitolo di questa storia abbiamo osservato che l'isola di Sardegna, dominata dai Mori, era stata conquistata dai Pisani, e che le sue province furono divise tra i gentiluomini di Pisa, i Gherardeschi, i Sardi, i Cajetani, i Sismondi ed i Visconti. Dopo tale epoca le cronache di Pisa sono inesatte ed oscure, e niun lume ci somministrano le sarde. I gentiluomini pisani stabiliti nell'isola rinunciarono presso che tutti al nome del loro casato per prendere quello della propria giudicatura; lo che rende assai difficile il distinguere gli uni dagli altri. Solo alcuni genealogisti avrebbero potuto avere interesse a rischiarare queste tenebre, ma le accrebbero invece colle favole e colle supposizioni; di modo che l'amministrazione di quelle signorie, e la successione dei loro sovrani, feudatari dei Pisani, forma forse la più oscura parte della storia italiana de' secoli di mezzo. I papi accordarono a vicenda protezione ai più deboli di questi signori; e perchè la loro protezione non era gratuita, si arrogarono a poco a poco un diritto di supremo dominio su tutta l'isola. Tosto che questa pretensione ebbe qualche apparente fondamento, Innocenzo III, l'anno 1206, pretese che i Pisani rinunciassero ai diritti ed ai titoli che avevano sopra la Sardegna, e fece sposare l'erede di Gallura ad uno de' suoi cugini[32].

Tra i cittadini che si opposero con maggior fermezza alla domanda del papa, si notarono i Visconti, nobile famiglia pisana, che nulla aveva di comune con quella di Milano. Morto Innocenzo, due fratelli di questa famiglia, Lamberto ed Ubaldo[33], armarono a proprie spese alcune galere, e sprezzando le scomuniche della Chiesa, mossero guerra ai piccoli signori ch'eransi dichiarati feudatari della santa sede, e ricuperarono così varie signorie che pretendevano di loro pertinenza. In tempo di questa guerra, che si prolungò almeno diciotto anni, Lamberto morì, ed Ubaldo, rimasto solo, chiese in isposa Adelaide marchesana di Massa, ed erede delle giudicature di Gallura e delle Torri, ch'egli riclamava come dominj di sua pertinenza, e che omai aveva quasi interamente riconquistate. Gregorio IX, ch'era parente d'Innocenzo III, e perciò ancora della erede di Gallura, approvò questo maritaggio che rendeva la pace alla Sardegna, ed assodava le pretensioni della Chiesa sopra quest'isola. Ubaldo fu assolto dalle censure; ed in contraccambio egli riconobbe la sovranità del papa sulla Sardegna, ed abiurò quella di Pisa[34].

Poichè si ebbe a Pisa sentore di questo trattato tanto pregiudicievole alla repubblica, l'indignazione fu universale. I conti della Gherardesca furono i primi a protestare contro la defezione di Ubaldo; e tutto il casato de' Visconti si credette obbligato a sostenere il suo capo: e perchè questo capo aveva contratta alleanza col papa, abbracciò in corpo le parti della Chiesa, mentre i Gherardeschi si strinsero sempre più a quelle dell'Impero. L'opposizione fra il titolo di Conti e il nome di Visconti, che distingueva le due famiglie rivali, passò alle due fazioni. Quindi in Pisa chiamaronsi i Ghibellini la parte dei Conti, ed i Guelfi quella dei Visconti. L'un partito e l'altro presero le armi e si fecero un'accanita guerra finchè la presenza di Federico ristabilì la pace.

In questo frattempo essendo morto Ubaldo Visconti, Federico fece sposare la sua vedova ad Enrico o Enzio[35], uno de' suoi figli naturali, dandogli il titolo di re di Sardegna, senza pregiudizio però dei diritti che aveva sull'isola la repubblica di Pisa, e per quanto sembra, senza che Enzio visitasse mai il suo regno[36]. Invece di spedirlo in Sardegna, lo creò vicario imperiale in Lombardia, affidandogli il comando delle truppe allemanne e saracene per rinnovare la guerra contro i Milanesi[37].

Federico che aveva approfittato dell'inverno per rappacificare Pisa, per formare una nuova armata, e ravvivare lo zelo de' suoi partigiani, tostochè la stagione permise di trar fuori le truppe, invase il dominio della Chiesa, e si avvicinò a Roma. Molte città dell'Umbria, tra le quali Foligno e Viterbo, si dichiararono per il partito dell'imperatore; ed in seguito gli aprirono le porte, Orta, Città Castellana, Sutri e Montefiascone. Gli stessi Romani sembravano proclivi ad abbracciare la causa di Federico; quando Gregorio, avvisato del vicino suo pericolo dalle grida del popolo, facendosi precedere dal legno della vera croce e dalle teste degli apostoli Pietro e Paolo, sortì in processione dal suo palazzo, accompagnato da tutti i cardinali, e trasportò queste reliquie alla basilica vaticana, benedicendo la gente che si affollava sul suo passaggio, ed invitandola a prendere le armi per difendere la Chiesa. Così imponente processione attraversò Roma in tutta la sua lunghezza[38], sedando dovunque recavasi i movimenti de' Ghibellini, e riscaldando l'entusiasmo del popolo. Intanto i frati di san Domenico e di san Francesco spargevansi in tutte le chiese e predicavano la crociata contro Federico, pubblicando le stesse indulgenze che prima non erano accordate che ai crociati di Terra santa. I preti, ottenutane la dispensa dal papa, si crociarono e presero le armi prima degli altri, ed in un sol giorno Gregorio adunò sotto i suoi ordini un'armata abbastanza formidabile per non aver più timore di tutta la potenza di Federico. Questi, perduta ogni speranza di occupar Roma, si ritirò nella Puglia; ma adontato in modo nel vedere inalberata la croce contro di lui, che condannò alla morte tutti coloro che avevano indosso questo segno di odio contro la sua persona, o di ubbidienza alla Chiesa.

I nemici di Federico non predicavano la crociata per la sola difesa di Roma. In Lombardia un'armata guelfa e crociata, condotta da un legato, assediò Ferrara, ov'erasi chiuso Salinguerra, capo in questa città del partito ghibellino. Questo vecchio ottuagenario che aveva lungo tempo difesa la sua patria, venne imprigionato a tradimento in una conferenza, e mandato a Venezia, ove morì cinque anni dopo in carcere[39]. La città di Ferrara che da molti anni sacrificava la sua libertà allo spirito di partito, dopo aver ubbidito al capo dei Ghibellini Salinguerra, più come a principe che come a cittadino, accordò lo stesso potere al marchese d'Este capo della parte guelfa. Vent'anni più tardi i nobili di Ferrara trasmisero la sovranità al figlio del marchese con questa strana formola, «che sottomettevano alla sua volontà la decisione del giusto e dell'ingiusto.» Dopo tale epoca Ferrara più non deve risguardarsi come una repubblica. È bensì vero che per istabilire una simile tirannia si dovettero esiliare quasi mille cinquecento famiglie, e dividerne i beni tra i loro nemici, onde attaccarli alla difesa del nuovo governo.

Federico tentò di far risguardare l'animosità di Gregorio IX contro di lui come una lite personale che non doveva turbare il riposo della Chiesa. Gregorio, per l'opposto, pretendeva di proscrivere Federico agli occhi del mondo cristiano. A quest'oggetto adunò un concilio a san Giovanni di Laterano per il giorno di Pasqua del susseguente anno, al quale chiamò i vescovi francesi con lettere del mese d'agosto. La sollecitudine colla quale questi prelati si apparecchiavano al viaggio di Roma, li mostrava affatto ligi al papa; onde Federico previde apertamente che avrebbero sanzionata la scomunica papale, e che i suoi partigiani, scoraggiati dall'inimicizia di tutta la Chiesa, lo avrebbero un dopo l'altro abbandonato. Determinato d'impedire ad ogni patto quest'adunanza che poteva essergli fatale, Federico scrisse a tutti i sovrani d'Europa «che non permetterebbe giammai l'unione di un concilio che dalle stesse lettere di convocazione appariva destinato non a rendere la pace alla Chiesa, ma bensì a suscitare una crudel guerra contro il capo del cristianesimo.» In pari tempo ordinò a tutti i suoi partigiani di Lombardia che si opponessero al viaggio dei prelati. Era sicuro di quasi tutta la Toscana; e perchè non rimanessero aperte le strade della Romagna, prese a fare l'assedio di Faenza, che ad istigazione dei Bolognesi erasi ascritta alla lega lombarda. La città si difese ostinatamente tutto l'inverno; ma Federico se ne rese padrone in sul cominciare di primavera.

(1241) Frattanto, a seconda degl'inviti di Gregorio, i prelati francesi eransi recati a Nizza, ove furono ricevuti da due cardinali legati del papa, il quale aveva loro fatta allestire a Genova una flotta di ventisette galere per trasportarli per mare fino alle foci del Tevere. La repubblica di Genova erasi a quest'epoca così caldamente impegnata nel partito della Chiesa, che mentre era costretta di battersi alle frontiere della Liguria col marchese Pelavicino e Martino d'Eboli, che gli avevano mossa guerra in nome dell'imperatore; mentre il suo podestà conteneva nell'interno le famiglie ghibelline dei Doria, degli Spinola e dei Volta, essa mandava a Nizza le sue galere a prendere i prelati che andavano al concilio[40]. Invano gli ambasciatori Pisani giunsero in marzo a Genova per rimuovere que' cittadini da tale spedizione: invano, ammessi in consiglio, rappresentarono, che l'alleanza contratta coll'imperatore obbligava i Pisani ad opporsi al viaggio de' prelati, e ad attaccarli ovunque li trovassero; fu loro risposto che la repubblica di Genova, essendosi dedicata ai servigi del papa, non lascerebbe per verun titolo di difendere con tutte le sue forze la libertà della Chiesa e la fede cristiana, e di proteggere i prelati cristiani, ai quali aveva promessa la sua assistenza.