Malgrado questo pronostico che non tardò a verificarsi, Federico fece ogni sforzo per pacificarsi colla Chiesa col mezzo di questo nuovo pontefice. Per felicitare Innocenzo sul di lui innalzamento al trono pontificio, e per domandare la pace, gli mandò una solenne ambasciata composta de' più illustri personaggi de' suoi stati, il suo gran-cancelliere Pietro delle Vigne, il gran maestro dell'ordine teutonico, ed Ansaldo de Mari, grande ammiraglio di Sicilia, concittadino del papa, e come lui appartenente ad una casa ghibellina. Gli fece dire d'essere disposto ad una compiuta sommissione, proponendogli ad un tempo un glorioso parentado per la famiglia del Fiesco[51], il matrimonio di una nipote del papa per Corrado suo figliuolo ed erede presuntivo. Innocenzo dal canto suo mostravasi desideroso della pace, per cui entrò volentieri a trattarne: ma egli domandava che precedentemente alle concessioni della Chiesa, Federico accordasse la libertà a tutti i suoi prigionieri, e le restituisse le terre conquistate: l'imperatore invece chiedeva che la santa sede desistesse dal proteggere i Lombardi, e richiamasse il legato che predicava tra que' popoli la crociata contro di lui: e perchè niente potè ottenere dal papa di quanto gli aveva chiesto, assediò Viterbo ch'erasi di fresco ammutinato[52].
(1244) Le negoziazioni si ripresero o continuarono nel susseguente anno, e sapendosi già ammessi tutti gli articoli più importanti, si sperò vicina la pace. L'imperatore ed il papa perdonavano reciprocamente ai partigiani della Chiesa e dell'Impero le vicendevoli offese fattesi durante la guerra. Federico accettava la mediazione del papa per terminare le precedenti sue dispute coi Lombardi; Innocenzo doveva essere rimesso nel godimento di tutte le terre che la Chiesa possedeva avanti alle prime ostilità; tutti i prigionieri dovevano essere liberati, ed annullate tutte le confiscazioni[53]. Ma probabilmente il papa non acconsentiva alle concessioni che egli faceva che per acquistar tempo, perchè conosceva quanto pericolosa fosse la sua posizione in Roma; e forse Federico disponevasi a rompere i trattati tostochè gli si presentasse vantaggiosa opportunità di farlo, imperciocchè quando ancora duravano, cercava di farsi nuovi partigiani in Roma e nel suo territorio. Egli teneva pratiche coi Frangipani perchè gli cedessero le fortificazioni che avevano innalzate nel Coliseo, ottenendo le quali diventava padrone di una fortezza entro la stessa Roma; onde il papa non vedevasi omai sicuro nella sua stessa capitale, e temeva inoltre d'essere sorpreso dai soldati dell'imperatore quando recavasi nelle città del dominio ecclesiastico, Anagni, Città castellana, o Sutri. Il giorno sette di giugno erasi portato a Città castellana, per dare l'ultima mano, come egli diceva, al trattato di pace; ma infatti perchè aveva alcun tempo prima segretamente spedito a Genova un frate francescano per procurarsi la protezione di questa repubblica sua patria. Il 27 giugno ebbe, stando a Sutri, notizia dell'arrivo di ventidue galere ben armate, che i Genovesi gli avevano mandato a Civita Vecchia; perchè in sul far della notte partì quasi solo a cavallo vestito da soldato, e camminò con tanta celerità che appena fatto giorno giugneva in riva al mare, avendo fatto in quella breve notte di estate trentaquattro miglia. Quando poc'ore dopo si sparse in Sutri la notizia della fuga del papa, i suoi partigiani andavano dicendo che Innocenzo aveva avuto avviso dell'avvicinarsi di trecento cavalli toscani, spediti per prenderlo; ed il papa, giunto a Civita Vecchia, diceva lo stesso; quantunque tale racconto mal s'accordasse coll'apparecchio d'una flotta considerabile fatto molto tempo prima per venirlo a prendere a bordo.
Innocenzo trovò sulle galere genovesi lo stesso podestà e tre conti del Fiesco suoi nipoti, venuti ad incontrario. Ogni galera aveva sessanta soldati e centoquattro marinaj d'equipaggio; e tutta la flotta era apparecchiata ad una vigorosa difesa, quando fosse attaccata: ma il podestà riponeva la sua maggior fiducia sul profondo segreto conservatosi intorno a questa spedizione, di cui non aveva avuto notizia che il consiglio di credenza. Trattavasi infatti di attraversare quello stesso mare, ove tre anni avanti erano stati fatti prigionieri i prelati francesi, che a bordo di un'altra flotta genovese andavano al concilio. Federico in questo stesso tempo soggiornava in Pisa, e nel precedente anno i Pisani con ottanta loro galere e cinquantacinque di quelle dell'imperatore erano andati ad insultar Genova. Innocenzo non si trattenne a Civita Vecchia più di ventiquattr'ore, per dar tempo ad alcuni cardinali di raggiungerlo, di dove, col favore d'un gagliardo vento favorevole, passò senza incontrare verun ostacolo tra le isole del Giglio e della Meloria tanto funeste al suo partito, ed arrivò in cinque giorni a Portovenere, e di là dopo cinque altri giorni entrò trionfante in Genova in mezzo alle acclamazioni de' suoi concittadini: le galere erano pavesate con drappi d'oro, e tutta la città partecipava della gioja d'Innocenzo vedendolo fuori di pericolo[54].
Quando Federico ebbe avviso della fuga del pontefice, e seppe che a Genova non aveva voluto ascoltare il conte di Tolosa che gli aveva mandato con nuove proposte di pace, e che senza trattenersi in Italia s'avviava verso Lione, attribuì ad altra cagione la di lui fuga ed il vicendevole odio. Era stata ordita in Roma una congiura contro la vita dell'imperatore: i frati francescani eransi addossato l'incarico di corrompere i cortigiani del principe e que' signori di cui più si fidava. Benchè questi frati fossero banditi dal regno, vi si recavano travestiti per tener vive colpevoli corrispondenze; e quando furono catturati i cospiratori e condannati a morte, tutti asserirono di non aver agito che dietro gli ordini della santa sede[55]. Federico ebbe quest'anno (1244) i primi indizj della congiura; e forse era vero che aveva ordinato di fermare lo stesso papa, onde confrontarlo coi colpevoli ch'egli aveva pur dianzi scoperti, allorchè questi si sottrasse colla fuga a tale affronto.
Attraversando parte della Lombardia per recarsi da Genova a Lione, il papa ridusse al partito guelfo le città di Asti e di Alessandria, che presero parte alla lega. (1245) Giunto appena nella città che aveva scelta per sua dimora, e postosi sotto la potente protezione di san Luigi, convocò per la seguente festa di san Giovanni un concilio ecumenico in Lione, ad oggetto, diceva egli, di assicurare la Cristianità contro i Tartari, e soprattutto per sottomettere al giudizio della Chiesa la condotta di Federico[56]. Ma senza aspettare la sentenza che doveva pronunciare il concilio, rinnovò la scomunica fulminata contro l'imperatore da Gregorio IX.
Intanto i vescovi d'Inghilterra, di Francia, di Spagna, ed anche alcuni d'Italia e di Germania, adunavansi a Lione in numero di centoquaranta; ed Innocenzo aprì il concilio nel convento di san Giusto il 28 giugno del 1245. In tale occasione presentò al senato della Chiesa il prospetto dei mali cui trovavasi la Chiesa esposta: ed era pur vero che i Latini non eransi ancor trovati in più calamitosi tempi. Al nord i Tartari Mogolli avevano invasa la Russia, la Polonia e parte dell'Ungheria. L'Impero dei successori di Zengis[57] che comprendeva di già metà della China, la Persia e l'Asia minore, minacciava omai d'ingojare tutta l'Europa. Al mezzogiorno i Carismiani, cacciati dal loro paese dagli stessi Mogolli, eransi resi padroni di Gerusalemme, ed avevano passato a fil di spada la maggior parie dei Cristiani di Terra santa[58]. L'Impero latino di Costantinopoli assalito da Vatace e dai Greci riducevasi alla sola capitale, ed il sovrano di questa città mezzo deserta, per sovvenire alla propria miseria, demoliva i palazzi de' suoi predecessori per vendere il piombo ed il rame ond'erano coperti. Gli Occidentali, malgrado il pericolo che loro sovrastava, non potevano unirsi per la difesa della Cristianità, perchè la guerra tra il papa e l'imperatore non permetteva loro di pensare a più lontane spedizioni, e perchè lo zelo per le crociate d'Asia era omai spento, per essere promesse le medesime indulgenze a colui che porterebbe le armi contro il capo dell'Impero o contro i Musulmani; e perchè tutti i predicatori apostolici indicavano di preferenza questa più facile strada dell'eterna salute.
Parlando dei pericoli della Chiesa, Innocenzo non si curò di ricordare le colpe del suo capo; e per lo contrario attribuì a Federico tutte le disgrazie e tutti i delitti, accusandolo di spergiuro, d'eresia, d'empietà e di scandalosa unione coi Saraceni suoi sussidiarj, stabiliti a Nocera.
Due deputati dell'imperatore, Tadeo di Suessa e Pietro delle Vigne, eransi, d'ordine di Federico, recati al concilio per farne le difese. Per altro il secondo, che aveva in tante altre circostanze date così luminose prove della sua capacità, della sua facondia e del suo zelo, tacque nella presente; e diede col suo silenzio apparente ragione a' suoi emuli per metterlo in disgrazia del sovrano: ma Tadeo di Suessa, escludendo le accuse date a Federico, dichiarò che questo principe non altro aspettava che la sua riconciliazione colla Chiesa per portare le armi contro gl'infedeli; che offriva al concilio tutte le forze del suo Impero, della sua persona, ed i suoi tesori per difesa della fede; e quando Innocenzo gli domandò quai mallevadori potrebbe dare di così belle promesse, rispose Tadeo; i più potenti di Cristianità, i re di Francia e d'Inghilterra. Noi non ci curiamo, replicò Innocenzo, d'avere mallevadori gli amici della Chiesa, coi quali ella dovrebbe poi inimicarsi qualunque volta il vostro padrone mancasse, com'è suo costume, alle promesse[59].
Il giorno 5 di luglio si tenne la seconda sessione del concilio. Innocenzo rinnovò più circostanziatamente le sue accuse contro Federico, e Tadeo le confutò nuovamente con non minore eloquenza che coraggio; al rimprovero d'aver violati i trattati colla Chiesa, rispose esaminando ad una ad una le supposte infrazioni; nel quale esame la condotta dello stesso pontefice non andò esente da censura. Con minori risguardi trattò ancora il vescovo di Catania ed un arcivescovo spagnuolo, che avevano caldamente ridette le accuse del pontefice, dando loro a nome dell'imperatore un'aperta mentita. Finalmente fece noto al papa ed al concilio che Federico era già a Torino, disposto di venire a giustificarsi personalmente; e fece calde istanze perchè fosse accordato a questo principe un sufficiente termine per presentarsi all'assemblea. Innocenzo rifiutò l'inchiesta, ed il concilio, ciecamente ligio, approvò la risposta del suo capo. Nonpertanto mosso dalle istanze degli ambasciatori di Francia e d'Inghilterra, Innocenzo differì di dodici giorni la seguente sessione, e l'assemblea aderì alla proposta del pontefice. Informando il suo padrone dell'assoluto predominio esercitato dal papa sull'assemblea, Tadeo di Suessa probabilmente lo sconsigliò dal viaggio di Lione, onde Federico non si avanzò oltre Torino. Il 17 di luglio si tenne la terza sessione senza che l'imperatore si presentasse. Incominciando la sessione, Tadeo dichiarò a nome di Federico, che qualunque si fosse la sentenza di un concilio composto di così piccolo numero di vescovi, e senza l'intervento de' procuratari de' vescovi assenti, di un concilio al quale la maggior parte de' sovrani d'Europa non avevano mandati ambasciatori, appellava ad un altro più solenne e più numeroso concilio.