Le armate di terra non erano composte che di mercenarj indifferenti alla causa che sostenevano; ma sopra le flotte delle due repubbliche combattevano personalmente i cittadini di Genova e di Venezia, e l'odio inveterato raddoppiava il loro accanimento. È noto che nella prima campagna i marinaj dispersi dal commercio su tutti i mari non avevano potuto essere richiamati in servigio della loro patria; erano armate poche galere, ed anche queste trovavansi sparse in più lontane parti. Aaron Stroppa comandava dieci vascelli genovesi ne' mari di Costantinopoli; egli attaccò Lenno, ossia Stalymene, che apparteneva ai Veneziani, e l'occupò; assediò ancora Tenedo, ma la guarnigione veneziana rese vani tutti i suoi tentativi[309].
Un'altra flotta di dieci galere doveva, sotto il comando di Luigi del Fiesco, proteggere la navigazione dei Genovesi nel mare di Toscana. I Veneziani mandarono nello stesso mare Vittore Pisani, il più illustre ed il più riputato de' loro ammiragli, con quattordici galere. Le due squadre si scontrarono in luglio presso la riva d'Anzio. Una burrasca sollevava gigantesche onde, che andavano a spezzarsi contro il promontorio di Nettuno. Le galere, costrette ad orzare e sempre in pericolo di rompere sulla costa, cessavano di manovrare per combattere con accanimento, ed il furore degli uomini superava quello degli elementi; ma i Genovesi meno numerosi furono alla fine perdenti; una delle loro galere naufragò sulla costa; cinque furono prese da Pisani, e quattro si salvarono colla fuga[310].
La giovane sposa del re di Cipro, figlia di Barnabò Visconti, fu condotta nella sua isola da sei galere veneziane, le quali, colà giunte, si associarono a cinque galere catalane che Pietro di Lusignano aveva prese al suo soldo, e strinsero insieme d'assedio Famagosta, mentre il re di Cipro le secondava con una armata di dieci mila uomini. Dopo una accanita zuffa i Veneziani penetrarono nel porto, e vi bruciarono alcuni vascelli genovesi; ma quando vollero in seguito dare l'assalto alle mura della città, vennero respinti con tanta perdita, che abbandonarono il porto di cui si erano impadroniti ed ancora il mare di Cipro[311].
I due popoli si offendevano ancora più gravemente nel golfo di Venezia. Luciano Doria, grande ammiraglio de' Genovesi, vi aveva condotte ventidue galere; ed inoltre aveva trovati a Zara sussidj d'ogni genere, che il re d'Ungheria aveva fatti apparecchiare pei suoi alleati. D'altra parte Vittore Pisani, richiamato dal senato veneziano aveva ricondotta nel golfo una flotta di venticinque galere per proteggere il commercio della sua patria, ed i convogli di vittovaglie ch'ella tirava dalla Puglia. Il Pisani ritolse al re d'Ungheria le città di Cattaro, di Sebenico, e di Arbo, che gli erano state cedute in fine della precedente guerra[312]. Nello stesso tempo Luciano Doria occupava Rovigno nell'Istria, saccheggiava e bruciava Grado e Caorle, e spargeva il terrore fino nel porto di Venezia[313].
Vittore Pisano che già da lungo tempo teneva il mare, in gennajo del 1379 fece chiedere alla signoria la licenza di ricondurre la sua flotta a Venezia per lasciar riposare la ciurma. Il senato ebbe timore che Doria, rimasto in qualche modo padrone del golfo, bloccasse nel porto la flotta veneziana, onde ricusò di ricevere il suo ammiraglio, e Pisani fu forzato di passare l'inverno battendo le coste dell'Istria. La malattia si manifestò ne' suoi equipaggi, ed alcune migliaja di marinaj, che sempre in faccia a Pola sospiravano di prendere riposo su quella riva ospitale, morirono nelle loro galleggianti prigioni, e trovarono sepoltura sotto le onde[314]. Il Pisani era finalmente entrato nel porto di questa città dopo avere fatto un nuovo viaggio nella Puglia, quando Luciano Doria comparve il 29 maggio del 1379 colla sua flotta di ventidue galere in distanza di tre miglia. I marinaj veneziani, impazienti di terminare la loro lunga cattività, obbligarono il loro ammiraglio ad uscire dal porto colle sue ventiquattro galere per venire a battaglia[315]. Si rimpiazzarono alla meglio i marinaj rapiti dalla malattia facendo montare sulla flotta molti abitanti di Pola con alcune truppe da sbarco[316]. Il Pisani tentò invano di supplire col suo valore alla debolezza degli equipaggi. Attaccò con furore i Genovesi, e l'ammiraglio Doria fu ucciso in principio della battaglia; ma Ambrogio Doria, suo fratello, prese subito il comando della flotta. I Genovesi animati dal desiderio di vendicare il loro ammiraglio raddoppiarono i loro sforzi, ed in un'ora e mezza fu decisa la battaglia: quindici galere veneziane caddero in mano dei nemici con mille novecento prigionieri, tra i quali contavansi ventiquattro membri del maggiore consiglio; e Vittore Pisani, che si era rifugiato a Venezia con soli sette vascelli, fu posto subito in prigione, quasi fosse colpevole della sua cattiva fortuna[317].
La vittoriosa flotta dei Genovesi venne bentosto portata al numero di quarantasette galere da Pietro Doria, che la signoria mandò nel golfo per succedere a Luciano. Il nuovo ammiraglio si avanzò fino a san Nicolò di Lido, una delle aperture della laguna, per concertare le sue misure col signore di Padova; dopo comparve il 6 agosto innanzi alla porta di Chiozza colla flotta da lui comandata[318].
La laguna che separa Venezia dal continente, e che alla caduta dell'impero romano salvò le isole ch'ella racchiude dall'invasione de' Barbari, è altresì provveduta dalla banda del mare d'una naturale fortificazione. Una linea d'isole lunghe e strette formano un bastione contro la furia del mare. In verun luogo ha più di mille passi di larghezza, mentre la sua lunghezza è di trentacinque miglia. Viene chiamata arzere, argine, e su quest'argine sono costrutte le famose muraglie detti i muracci. Sei aperture, che dall'alto mare comunicano alla laguna, hanno tagliato l'argine in tante isole prolungate, ognuna delle quali aperture tiene luogo di porto[319]. Alcuni più stretti canali tagliano altresì le grandi isole; e più a mezzogiorno le aperture di Brondolo e del Fossone, che servono di foce alla Brenta ed all'Adige, comunicano pure colla laguna.
Il senato di Venezia, dopo la disfatta di Pola, erasi affrettato di chiudere tutte le aperture della laguna. Venne tesa una triplice catena a traverso ad ogni porto, che di tratto in tratto era difesa da sandoni, grandi vascelli immobili carichi di macchine da guerra e di soldati. In alcuni luoghi i Veneziani aggiunsero a queste catene una specie di fortificazione galleggiante composta di grandi travi artificiosamente legate assieme, le quali sembravano rendere ogni avvicinamento impossibile[320].