Il doge per impedire questo lavoro risolse di tentare una discesa nell'isola di Brondolo. Egli aveva prese al suo soldo due compagnie di mercenarj, in tutto di cinque mila uomini, e pensava di affidarne il comando a Giovanni Acuto, ch'era stato chiamato a servire la repubblica. Ma non arrivando così famoso avventuriere, fu posto alla testa delle truppe di terra Carlo Zeno, mentre Vittore Pisani s'incaricò d'attaccare con trentasei galere il convento di Brondolo.
Zeno il 19 febbrajo sbarcò sei mila uomini a Chiozza Piccola, e subito attaccò la testa del ponte che unisce questa sobborgo alla città. Otto mila Genovesi all'incirca si avanzarono su questo ponte per difendere il loro ridotto, mentre avevano fatti uscire mille cinquecento uomini della guarnigione di Brondolo per prendere i Veneziani alle spalle. Zeno gettossi con tanta rapidità su quest'ultimo corpo, che non solo lo ruppe, ma gli tagliò la ritirata sopra Brondolo. I fuggitivi precipitaronsi allora sul ponte di Chiozza, dove scontraronsi nella colonna genovese che marciava avanti, e le comunicarono il loro spavento. La testa rinculava mentre le ultime file avanzavano ancora, e questi due opposti movimenti accumularono talmente la folla in mezzo al ponte, che non potè sostenerne il peso e si ruppe. Molti Genovesi si annegarono nel canale, altri molti, rimasti sulla parte del ponte separato dalla città, furono uccisi o fatti prigionieri. A questa perdita tenne dietro ben tosto quella del convento di Brondolo rimasto quasi privo di difensori, poi quella di dieci galere che Pisani tolse ai Genovesi avanti ai mulini di Chiozza[346].
Dopo ciò i Genovesi trovandosi assediati non più nell'isola di Brondolo ma nella medesima città di Chiozza, cominciarono a sentire la mancanza di vittovaglie; e dovettero il giorno dopo distribuire le razioni con maggiore economia: fecero allora uscire di Chiozza le donne ed i fanciulli, che vennero umanamente accolti dai Veneziani.
La signoria di Genova, informata del pericolo in cui trovavasi a Chiozza la sua flotta e l'armata, mandò per terra Gaspare Spinola, onde prendere il comando della città[347], mentre che Matteo Maruffo partiva il 18 gennajo con 13 galere per il golfo Adriatico[348]. Maruffo prese cammin facendo sette galere veneziane, che trovò cariche di viveri a Manfredonia. In pari tempo Francesco Carrara fece entrare in Chiozza quaranta barche cariche di vittovaglie, avendogli un'escrescenza d'acqua aperti de' passaggi, che fin allora erano stati chiusi[349]. Combattevasi continuamente intorno a Chiozza, ed il valore de' Genovesi punto non si smentiva ne' rovesci; ma le comunicazioni rendevansi ogni giorno più difficili, i viveri si andavano consumando, ed i Veneziani, tenendosi sicuri della vittoria, ricusavano la resa di Chiozza a prezzo della quale lo Spinola voleva salvare la sua flotta[350].
Come i Veneziani avevano con impazienza aspettato cinque mesi prima la flotta di Carlo Zeno, così i Genovesi, assediati a Chiozza, sospiravano l'arrivo di Matteo Maruffo. Questi aveva chiamati sotto la sua insegna i vascelli genovesi sparsi nel Mediterraneo, e dopo essersi rinfrescato a Zara, comparve il 6 di luglio avanti al porto di Chiozza. Ma i Veneziani avevano determinato di non esporre all'incertezza d'una battaglia un vantaggio omai sicuro. Essi non conservarono che venticinque galere armate, e le ritennero entro le lagune di cui avevano fortificate tutte le aperture: il rimanente de' loro marinaj e soldati di marina vennero distribuiti sopra varie barche ai confini dello stato di Padova. In tal modo veniva tolta ogni comunicazione ai Genovesi di Chiozza tanto per terra che per mare, e mentre Maruffo cercava con insulti d'ogni genere di risvegliare il risentimento de' Veneziani per determinarli ad una battaglia, questi non gli opponevano che il silenzio ed il riposo[351].
Matteo Maruffo condusse allora la sua flotta a Fossone, ed occupò il passaggio pel quale i Veneziani tiravano da Ferrara i loro convogli di vittovaglie. Vittore Pisani uscì subito dal porto di Venezia per riavere quest'importante comunicazione, offrì ancor egli la volta sua la battaglia a Maruffo e lo trasse in alto mare. Ma quando, allontanandolo da Fossone, ebbe dato tempo di entrare nella laguna ad un convoglio di barche che aspettava da Ferrara, manovrò con tanta accortezza, che riguadagnò la laguna, senza che il nemico potesse raggiugnerlo[352].
Ne' sei mesi che aveva durato l'assedio, i Genovesi avevano successivamente perdute tutte le loro barche; ma questi industriosi marinaj ne fabbricarono altre colle tavole e con varj mobili trovati in città. Il 15 di giugno fecero forza di superare la palafitta de' Veneziani per riavere i vascelli de' loro compatriotti, ai quali avevano ordinato di recarsi a poca distanza dall'Arzere. Ma venivano essi sopravvegliati dagli assedianti, e furono attaccati nel più difficile momento, mentre attraversavano il Fossone; e malgrado la loro resistenza, i battelli che avevano fatti con un'industria straordinaria, e ne' quali era riposta tutta la loro speranza, vennero bruciati mentre uscivano dal porto[353].
Dopo questo sgraziato esperimento, gli assediati, pressati dalla fame, chiesero nuovamente di capitolare: essendo state rifiutate tutte le loro proposizioni, il 21 giugno si videro forzati d'arrendersi a discrezione. Di quarant'otto galere, che si erano chiuse in Chiozza, non ne rimanevano più di diecinove in buono stato; la guarnigione, che montava al di là di quattordici mila uomini, era ancor essa diminuita assai, e perchè i Veneziani licenziarono senza taglia i soldati avventurieri ch'erano al soldo de' Genovesi, non condussero a Venezia più di quattro mila prigionieri, abbandonando ai soldati vincitori tutto il bottino che trovarono nella città[354].
La sommissione di Chiozza salvava l'esistenza della repubblica, ma non terminava la guerra: Maruffo aveva ricevuto rinforzi da ogni banda, e comandava nell'Adriatico una flotta genovese di trentanove galere, colla quale minacciava tutte le città marittime de' Veneziani. Era esaurito il tesoro di san Marco, le sue rendite quasi tutte prese dai nemici, i particolari avevano per difesa della patria fatti prodigiosi sforzi, che non potevano più lungamente sostenere; si erano sguarnite tutte le città suddite per fortificare la capitale; e Francesco di Carrara ne aveva approfittato per istrignere cogli Ungari l'assedio di Treviso, riducendo questa città a grandi estremità. Matteo Maruffo conquistò successivamente Trieste il 26 giugno, Capo d'Istria il 1.º luglio ed Arbo l'8 agosto. Finalmente i Veneziani perdettero nello stesso tempo un uomo, che apprezzavano assai più che le migliori città, l'ammiraglio Vittore Pisani, morto a Manfredonia, ov'erasi recato a cercare vittovaglie. L'idolo de' marinaj e l'eroe del popolo mai non erasi mostrato più grande che nella sventura, nè più modesto ed umano che dopo la vittoria. La morte d'un solo uomo non aveva mai cagionato in Venezia il più profondo dolore, sebbene la repubblica conservasse ancora un altro sostegno, un grand'uomo non meno caro al popolo, Carlo Zeno, che fu nominato successore del Pisani[355].