La nomina di Giovanni Fregoso, altro fratello di Tommaso, al comando di una seconda flotta destinata nel 1441 a soccorrere lo stesso re, fu cagione di un'altra guerra civile. I nobili, quantunque con rincrescimento, si erano assoggettati alla legge che gli escludeva dalla suprema magistratura; ma conservavano la pretensione di comandare le flotte e le armate della repubblica, ed i Doria, gli Spinola, i Fieschi, i Grimaldi, avevano troppo ben dimostrato con infinite intraprese di esserne degni. Pretendevano essi che il senato fosse obbligato di scegliere alternativamente gli ammiragli tra i patrizj ed i plebei; non pertanto di già quattro popolani erano stati incaricati del comando delle ultime quattro flotte. La nomina del quinto era un'ingiuria ch'essi non volevano in verun modo soffrire. Giovan Antonio del Fiesco, cui i talenti non meno che l'alta opinione di cui godeva, e le sue ricchezze, davano giusti titoli alla carica accordata ad altri, accompagnò le sue rimostranze con maggiore alterigia e risentimento. Non avendo potuto ottenere giustizia ritirossi ne' suoi feudi nelle montagne, ove non tardarono a raggiugnerlo gli emissarj del duca di Milano sempre apparecchiato ad offrire soccorsi a tutti i ribelli; il Fiesco si era di già rivolto ad Alfonso d'Arragona. La guerra cominciò nello stesso tempo in tre luoghi. Il Fiesco co' suoi Alpigiani e coi Milanesi era sceso fino alle porte della città e guastava la Polsevera; Galeotto del Carretto, marchese di Finale, aprì i suoi porti e le sue fortezze ai nemici della repubblica, i quali in ogni tempo avevano trovato asilo nel suo feudo; i Catalani colla loro flotta ruinavano le due riviere[55]. Malgrado il pericolo e la ruina di questa guerra civile, i Genovesi, infiammati dal loro odio contro i Catalani, e dalla persuasione di non ottenere giammai perdono da Alfonso, continuarono a consacrare le loro forze, i loro vascelli, il loro danaro in soccorso del re Renato: ma la guerra di Napoli era un vortice che la repubblica non poteva colmare, sebbene vi gettasse tutti i suoi tesori. La generosa assistenza de' Genovesi sostenne Renato nella sua miseria, e non si ritrasse dal soccorrerlo nè pure quando Alfonso ebbe occupato Napoli; essi vittovagliarono ancora Castelnuovo; ed all'ultimo trasportarono nel 1442 colle loro galere il re Renato prima a Firenze, poi a Marsiglia[56].
Ma questa guerra, che tanto aveva accresciuta la collera d'Alfonso contro i Genovesi, era appena terminata colla totale ruina del partito d'Angiò, che Tommaso Fregoso, che l'aveva diretta, fu ancor esso levato di carica. Suo fratello Battista era morto nel 1442, ed i funerali di questo valoroso capitano erano stati celebrati con un fasto che aveva offeso i cittadini di uno stato libero. Giovann'Antonio del Fiesco, informato nel suo esilio del loro malcontento, si rese più audace, persuadendosi che i suoi concittadini lo seconderebbero; perciò avendo ricevuto soccorsi da Alfonso e da Filippo, si apparecchiò a fare uno sbarco, la notte del 15 dicembre del 1442, fra le chiese di san Nazaro e di san Celso. Il suo progetto era stato preveduto, e collocate delle guardie nel medesimo luogo per impedirne l'esecuzione; ma il rigore del freddo e la violenza di un vento contrario sembrando custodire bastantemente la costa, i soldati si ritirarono dopo la mezza notte. Il vento improvvisamente cambiò, e Giovanni Antonio del Fiesco, avendo saputo approfittarne, entrò in Genova senza incontrare resistenza.
I Genovesi, incoraggiati dalla presenza di questo capo di partito, si sollevarono per cambiare il governo. Invece di un solo magistrato, che sempre faceva temere lo stabilimento di un potere dispotico, pensarono di nominare otto cittadini, che col titolo di capitani della libertà amministrassero la repubblica. Tommaso Fregoso, da tutti abbandonato, erasi renduto prigioniero a Giovanni Antonio del Fiesco ed a Raffaello Adorno, i quali furono del numero de' nuovi magistrati con un Doria ed uno Spinola. Ma le fazioni di Genova erano troppo fra di loro accanite, e troppo inflessibili i capi delle opposte fazioni, perchè mantenere si potesse un consiglio in cui si erano voluti riunire. Non era ancora passato un mese, quando la scissura tra le due parti sempre irreconciliabili obbligò a sopprimere il consiglio, ed a nominare di nuovo un doge. Raffaello Adorno, che fu in allora scelto, era figlio di Giorgio e nipote d'Antoniotto, che avevano pure occupata la stessa carica. Giovanni Antonio del Fiesco, fieramente irritato nel vedere che una rivoluzione da lui condotta a fine altro non aveva fatto che traslocare l'autorità ducale da una famiglia popolare ad un'altra egualmente popolare, senza che i nobili ne sentissero alcun vantaggio, uscì di città, occupò Recco e Porto Fino, e ricominciò la guerra civile. D'altra parte Pietro Fregoso, nipote di Tommaso, giovane audace ed ambizioso, esiliato dal nuovo governo cogli altri Fregosi, erasi ritirato a Novi, di cui il duca di Milano gli aveva dato la fortezza; indi cominciò dal canto suo le ostilità contro i Genovesi[57].
La famiglia Adorno era stata quasi continuamente esiliata da Genova durante la guerra che i Genovesi avevano fatta ad Alfonso nel regno di Napoli, ond'era meno odiata da questo monarca; ciò le agevolò il modo d'intavolare con lui un trattato di pace, che fu non senza molta difficoltà accettato dalla repubblica. Questa finalmente si obbligò nel 1444, a mandare al re di Napoli, in forma di tributo, un piatto d'oro[58]. Nel susseguente anno Alfonso, invece di ricevere quest'offerta senz'apparato, volle ostentare la sua gloria e far conoscere l'umiliazione de' nuovi tributarj. Fece entrare i loro ambasciatori in mezzo alla sua corte; tutti i grandi del regno erano stati chiamati per essere testimonj del suo trionfo, ed i Genovesi, sorpresi da questa impreveduta pompa, conservarono un implacabile risentimento per la vergognosa parte che avevano dovuto sostenere[59]. Alfonso, che andava debitore di questo trionfo alla famiglia Adorno, cominciò a considerarla come sua alleata, e la eccepì dal suo odio contro i Genovesi. Ma questa famiglia andava perdendo la considerazione de' suoi concittadini in ragione di quella che acquistava presso un monarca nemico.
Gli Adorni non trovavano che Raffaello, loro capo, li facesse abbastanza partecipare della sua potenza, ed avrebbero voluto alla testa della repubblica un uomo che tenesse la bilancia meno eguale tra le fazioni, e che, invece di riconciliarle colla dolcezza, arricchisse l'una colle spoglie dell'altra. Persuasero a Raffaello che per calmare gli spiriti, agitati dal contegno di Alfonso verso i loro ambasciatori, conveniva che l'autore del trattato non fosse più capo dello stato. Raffaello, pieno di moderazione e di confidenza ne' suoi consiglieri, rinunciò il giorno 4 di gennajo del 1447 ad una carica, che aveva cercata per giovare alla sua patria, non a sè medesimo. Gli Adorni, approfittando di quest'inconsiderata moderazione, lo stesso giorno gli sostituirono Barnabò Adorno, che loro prometteva una parte assai più ricca delle spoglie de' loro avversarj[60].
Per porre in sicuro la propria autorità, Barnabò accettò da Alfonso una guardia di seicento Catalani. E siccome era questa la sola truppa assoldata della repubblica, si vide quello stato medesimo, che in guerra aveva fatto crollare il trono di un gran re, tremare in pace innanzi ad un branco di soldati ammessi tra le sue mura. Non eravi violenza che non dovesse aspettarsi da un primo magistrato, capo di partito, che in una libera città si era circondato di una guardia straniera. Ma Barnabò non era appena da oltre un mese salito sul trono ducale, quando Giano Fregoso osò entrare in porto nel cuor della notte con una sola galera, sbarcare ottantacinque valorosi giovani, che erano il fiore de' suoi partigiani e determinati di tentare una rivoluzione, ed attaccare il palazzo pubblico difeso dalla guardia del doge. Un'ostinata zuffa si attaccò nelle anguste strade di Genova, che rendevano meno sensibile il vantaggio del numero. Molti compagni del Fregoso caddero estinti, tutti furono feriti, ma nessuno di loro, finchè potè sostenersi, abbandonò la battaglia. La guardia fu rotta, Barnabò cacciato fuori dal palazzo, e Giano Fregoso innalzato in sua vece sul trono ducale il 30 gennajo dei 1447. Pietro Fregoso venne richiamato dal suo esilio, e nominato comandante della città[61].
Giano dichiarò la guerra a Galeotto del Carreto, marchese di Finale, che sempre alleato con tutti i nemici della repubblica, aveva approfittato delle lunghe turbolenze di Genova per esercitare insoffribili soverchierie sopra i suoi vicini. Per odio del marchese di Finale i Genovesi si rendettero colpevoli di una mancanza di fede fin allora senza esempio negli annali della loro città, appropriandosi gl'interessi a lui dovuti dalla banca di san Giorgio. Giammai, nè prima, nè dopo, si fecero lecito di non pagare ai loro nemici un debito legalmente contratto. Finale fu preso nel 1449, saccheggiati furono i sobborghi della città, e spianata la fortezza; ma sebbene avessero i Genovesi prima determinato di distruggere questa città da cima a fondo, fecero poi grazia agli abitanti; anzi restituirono ancora un terzo del marchesato a Marco del Carreto, parente dell'ultimo feudatario, che non aveva abbracciato il di lui partito[62].
Questa guerra non venne condotta a fine da Giano, morto in sul declinare del 1448, ma da Luigi Fregoso, suo fratello, che gli era stato sostituito. Per altro non corrispondendo questi all'universale aspettazione, venne deposto in luglio 1450. I consiglieri offrirono la corona ducale a quel Tommaso Fregoso ch'era stato doge nel 1415 e nel 1436; ma questi, trovandosi allora ritirato nella sua signoria di Sarzana, rispose di essere troppo indebolito dall'età, dai travagli e dalle inquietudini per governare lo stato in tempi così difficili, e consigliò di preferire suo nipote Pietro Fregoso, in allora comandante della città, il di cui carattere e talenti si meritavano la pubblica confidenza. Infatti Pietro venne di comune assenso eletto il giorno 8 dicembre del 1450[63].
Di quest'epoca la difesa di Costantinopoli era ciò che più importava ai Genovesi, e doveva credersi che occuperebbe un lungo spazio negli annali di Genova. Infatti la colonia genovese di Pera, rapidamente crescendo in ricchezze ed in potenza, pareva che un giorno dovesse eguagliare la città imperiale, di cui inaddietro non era che un sobborgo. Nel 1452 la repubblica vi aveva mandati novecento tra arcieri e corazzieri per difenderla contro i Turchi. Giovanni Giustiniani, che li comandava, partecipò valorosamente a tutte le fatiche ed a tutti i pericoli dell'ultimo Costantino; ma costretto da una ferita ad abbandonare la battaglia, parve che tutt'ad un tratto perdesse la presenza di spirito ed il coraggio. Egli abbandonò il suo posto, come se tutto fosse perduto, e la ritirata della piccola sua truppa aprì la città ai Musulmani. Pera s'arrese immediatamente dopo Costantinopoli, e la perdita di così fiorente colonia fu una delle più funeste sventure provate dalla repubblica di Genova. Gli storici genovesi appena accennano avvenimenti di tanta importanza, e pare che non siano stati informati delle particolari circostanze dai loro compatriotti; perciocchè niente aggiungono ai racconti degli storici Greci, cui strettamente si attengono, e non accennano veruna parziale cronaca di Pera. Pure i loro mercanti furono in Oriente testimonj di rivoluzioni troppo meritevoli di ricordanza, e l'esistenza medesima ed il governo della loro colonia offrivano uno straordinario fenomeno politico e mercantile degno della loro attenzione[64]. Dopo la perdita di Pera, temendo i Genovesi di perdere ancora gli altri stabilimenti del Levante, ed in particolare Caffa, ossia Teodosia, sul mar Nero, ne trasferirono la sovranità alla banca di san Giorgio, che sempre ferma in mezzo alle loro rivoluzioni, sempre saggia in mezzo alla follia ed all'ebbrezza delle fazioni, più che il doge ed i suoi consiglj pareva capace di salvare una colonia tanto difficile a custodirsi[65].
Nello stesso anno 1453 i Genovesi cedettero la sovranità dell'isola di Corsica alla stessa banca di san Giorgio, perchè Alfonso aveva loro tolta la città di san Fiorentino, e minacciava il rimanente dell'isola. Questo monarca aveva risguardato il ristabilimento dei Fregosi in Genova come una dichiarazione di guerra; e senza dubbio dopo tale epoca più non gli si pagò il tributo del piatto d'oro. Il papa, spaventato dalle conquiste dei Turchi, intromise la sua mediazione, ed ottenne da Alfonso, ancor esso inquieto e spossato, una tregua di sei mesi. Ma i vascelli catalani, che ne avevano approfittato per vittovagliarsi nel porto di Genova, violarono la tregua nell'istante che uscivano dal porto. Pietro Fregoso scrisse al re con molta nobiltà per chiedere conto di queste ostilità, quando tutti i sovrani d'Italia avrebbero dovuto riunire le loro forze contro i Turchi, veri nemici del nome cristiano; gli proponeva di porre le loro liti in arbitrio del papa, o di chiunque altro credesse Alfonso di nominare[66]. Questi non si curò punto di questa rimostranza; ed il suo ammiraglio, Bernardo di Villa Marina, dopo essersi concertato cogli Adorni e coi Fieschi, stese le sue piraterie sulle coste delle due Riviere[67].