Niccolò Ridolfi, il di cui figlio aveva sposata una sorella del Medici, Lorenzo Tornabuoni, ancor esso suo parente, Giovanni Cambi e Giannozzo Pucci, tutti e due da lui adoperati in affari di stato, furono accusati d'aver chiamato Pietro de' Medici, colla promessa di dargli una porta della città. Bernardo del Nero fu accusato d'avere avuto sentore della loro trama, e di non averla manifestata, in tempo che le sue incumbenze di gonfaloniere di giustizia l'obbligavano più che tutti gli altri cittadini a prendersi cura della conservazione della repubblica e della sua difesa.
Il delitto de' prevenuti non sembrò dubbioso ad alcuno di coloro cui era affidata la disamina del processo; ma ciò ch'era delitto agli occhi de' repubblicani, diventava un atto d'eroismo a quelli de' partigiani dei Medici. Non era dunque nè sul fatto, nè sul diritto, che i giudici dovevano sentenziare, ma sulla stessa base del governo. Se condannavano gli accusati venivano a risguardare come criminoso ogni attacco contro lo stato popolare; se per lo contrario gli assolvevano, condannavano con ciò la rivoluzione del 1494, e mostravano di riconoscere nei Medici una legittima autorità. Essendo così assoggettata ai giudici una quistione di politica, parve alla signoria di dover loro dare una direzione. Adunò adunque tutti i primi magistrati dello stato, i capitani di parte guelfa, i conservatori delle leggi, gli ufficiali del monte di pietà, ed il consiglio de' richiesti, ossia dei cento sessanta notabili che avevano esaminata la processura. Quest'assemblea, consultata nelle forme legali, ordinò al tribunale degli otto di giustizia di condannare alla pena di morte i prevenuti, e di confiscare i loro beni. Infatti la sentenza fu pronunziata il 17 d'agosto[493].
In forza della legge che Girolamo Savonarola aveva fatta emanare quando fu stabilito il governo popolare, ogni condannato a pena capitale poteva appellare al gran consiglio. Infatti i condannati chiesero di essere ammessi a godere del beneficio della legge; essi avevano non piccole speranze d'essere assolti dall'assemblea generale de' loro concittadini. L'età avanzata di due di loro, le onorifiche cariche ond'erano stati rivestiti, il numero de' loro parenti, quello de' clienti, le potenti raccomandazioni delle corti di Roma, di Milano e di Francia, avrebbero dato maggior forza ai sentimenti di compassione così naturali in una grande assemblea. Certa cosa è intanto che l'amministrazione della giustizia non era mai stata nella repubblica di Firenze imparziale, ed il governo si era sempre mostrato alla testa d'una fazione. Se questo governo restava perdente in un tentativo, fatto per far punire i suoi avversarj, sembrava condannato dal popolo, e questa sola sconfitta poteva trarsi dietro la sua caduta. Gli errori de' Fiorentini e le abitudini sovversive dell'ordine sociale, ch'essi avevano lasciate introdurre nella loro repubblica, rendevano pericoloso l'esercizio de' più sacri diritti de' cittadini. Il 21 d'agosto si adunò un nuovo consiglio de' richiesti per decidere intorno all'appello al popolo. Il partito della libertà fu appunto quello che fu veduto dichiararsi più gagliardamente contro l'esecuzione d'una legge liberale, sanzionata da lui medesimo. Francesco Valori, e tutti gli amici del Savonarola, protestarono contro l'appello al popolo, e dichiararono che i cospiratori non sarebbero appena assolti, che i Medici verrebbero richiamati in Firenze.
Per altro la signoria non era d'unanime parere di rigettare l'appello al popolo. Ora, secondo la forma delle sue deliberazioni, rendeva necessario che uno de' priori presentasse in giro la proposizione intorno alla quale dovevasi dare il voto. Colui che per un giorno era incaricato di questa funzione di proporre, chiamavasi il proposto. In quel giorno era Luca Martini, che, giudicando equitativa l'ammissione dell'appello al popolo, dichiarò che non porrebbe alle voci una proposizione contraria alle vigenti leggi. Due de' suoi colleghi sostennero la di lui opinione. Decisiva era la loro opposizione, ma tutti i gonfalonieri di compagnie, ed i dodici buoni uomini, che sedevano presso la signoria, si alzarono con minacciose grida, dichiarando che per salvare la patria non si lascerebbero trattenere dall'opinione de' suoi nemici. Il gonfaloniere Domenico Bartoli, prendendo sopra di sè la violazione del regolamento, fece egli stesso la proposizione: portava questa che per evitare i pericoli dell'appello al popolo, si eseguirebbe la sentenza in quella stessa notte. Allora il proposto dichiarò che per mantenere il regolamento egli acconsentirebbe a fare la proposizione enunciata dal gonfaloniere, se questa riuniva sei de' nove suffragj della signoria. Gl'insensati clamori del più violento partito lo fecero tacere, e lo costrinsero a dare il suo assenso senz'altra condizione. I regolamenti di deliberazione della repubblica fiorentina rendevano assai difficile il vincere un partito. Era necessario l'assenso del proposto, di due terzi della signoria, di due terzi del collegio e del corpo de' gonfalonieri. I suffragj raccoglievansi separatamente, poscia cumulativamente ed in segreto, con fave bianche e nere deposte nelle urne. Tutte queste formalità, secondo il vero spirito d'un regolamento di deliberazione, erano le protettrici della minorità, vale a dire dirette ad impedire che la sua determinazione non fosse violenta; furono sempre scrupolosamente mantenute, ma soltanto in apparenza e non nel loro spirito. Il partito vittorioso non passava oltre in onta all'opposizione del partito più debole, ma sforzava questo a togliere l'opposizione. Quando si procedette allo scrutinio segreto, quattro suffragj, ossia quattro fave bianche nell'urna della signoria, furono contrarie al proposto decreto. Un nuovo più violento tumulto che non era stato il primo levossi allora nell'assemblea. Si alzarono tutti i gonfalonieri di compagnia, minacciando di uccidere i quattro priori sospetti d'opposizione, e siccome i membri del collegio si frapposero per salvarli, i gonfalonieri dichiararono che uscirebbero colle loro insegne, e farebbero dalle loro compagnie saccheggiare le case di coloro che volevano in tal modo perdere la repubblica. A stento il gonfaloniere di giustizia ottenne che l'assemblea sedesse di nuovo per un secondo giro di scrutinio. Il terrore si era impadronito de' più coraggiosi, e l'appello fu rigettato a pieni voti. La sentenza di morte si eseguì in quella stessa notte del 21 d'agosto; ed i più furibondi non vollero abbandonare la sala del consiglio, finchè non ebbero avviso che i loro nemici più non vivevano[494].
Da prima questa vendetta parve un trionfo del partito democratico, ma questo trionfo era foriero d'una sconfitta. Il pubblico non perdonava a coloro che si dicevano amici della libertà d'avere pei primi violata senza necessità la legge protettrice della libertà, sanzionata da loro medesimi. Confrontavano i vecchi discorsi del Savonarola intorno all'amnistia colla condotta de' suoi partigiani, col di lui silenzio nell'istante in cui, per la difesa de' suoi nemici illegalmente posti in giudizio, avrebbe dovuto tuonare dal suo pulpito, da lui fatto tribuna per arringare. Lo accusavano di darsi a conoscere non meno cattivo cristiano, che malvagio profeta; gli domandavano dov'erano que' miracolosi soccorsi che aveva promessi a' suoi concittadini, strascinandoli soli in una lotta contro tutta l'Italia; ed ogni argomento dell'instabilità e dell'imbecillità di Carlo VIII, rappresentato dal Savonarola quale inviato del Signore, era contro di lui prodotto con amarezza da coloro che volevano vendicare le ultime vittime, o da coloro che la corte di Roma aveva guadagnati al suo partito.
Il Savonarola non temeva di provocare tutta la collera d'Alessandro VI. Non poteva riconoscere in un uomo tanto scellerato il rappresentante degli Apostoli, e la riforma ch'egli predicava doveva cominciare dal capo della Chiesa. Era scandalizzato di vedere un'amante del papa, Giulia Farnese, chiamata Giulia bella, intervenire con ostentazione a tutte le feste della Chiesa, e dare alla luce in aprile di quest'anno medesimo un nuovo figlio del pontefice[495]. E così grave scandalo era poca cosa a petto a quello che due mesi dopo diede la famiglia del papa. Francesco Borgia, duca di Gandia, figlio primogenito di Alessandro VI, fu assassinato il giorno 14 di giugno nelle strade di Roma, mentre usciva da un banchetto. Si seppe bentosto che il suo uccisore era stato il di lui fratello, Cesare Borgia, cardinale di Valenza; e per accrescere l'orrore di questo delitto si sparse una sorda voce, che avesse aguzzato il pugnale di Cesare contro il fratello la gelosia concepita contro di lui per essere egli suo rivale in amore per Lucrezia loro sorella[496]. Il papa, profondamente afflitto da questa perdita, aveva colle lagrime e coi singhiozzi deplorati in pieno concistoro i disordini della sua passata vita e la corruzione della sua corte, che avevano provocato sopra di lui questo giusto gastigo del cielo. Si era solennemente obbligato ad un'immediata riforma; ma bentosto un nuovo allagamento di vizj e di delitti era succeduto a questi nuovi progetti d'emendazione.
Tornando al suo scellerato tenore di vita, il papa perdonare non sapeva all'eloquente predicatore che lo denunciava a tutta la Cristianità. L'opinione di cui il Savonarola godeva in Firenze metteva il suo trono in pericolo; ed inoltre egli sapeva che questo monaco aveva mutati i costumi della repubblica e ne aveva sbanditi i vizj, e di più temeva che un tale esempio non si rivolgesse contro la corte di Roma. Egli aveva accusato il Savonarola come eretico; gli aveva fatto vietare la predicazione; ma lo sforzato silenzio di questo religioso, che facevasi in allora rappresentare da fra Domenico Bonvicini di Pescia, suo discepolo e suo amico, non bastava nè alla politica, nè alla vendetta d'Alessandro VI[497]. Egli fece alleanza con tutti coloro che avevano qualche motivo di inimicizia contro il Savonarola per attaccamento ai Medici, o al partito dell'aristocrazia, o perchè non volevano assoggettarsi ai rigori monacali che il riformatore voleva sostituire all'antica scostumatezza. I nemici del monaco, sentendosi appoggiati da Roma, osarono attaccarlo pubblicamente nella sua propria chiesa in una maniera villana ed indecente. Mentre andava per predicare il giorno dell'Ascensione, trovò il pulpito occupato da un asino imbottito di paglia. I libertini, approfittando del disordine che questa pasquinata aveva cagionato in chiesa, insultarono il predicatore con minacciose grida, e proposero al suo uditorio o di scacciarlo, o d'ucciderlo[498]. Nello stesso tempo i monaci di sant'Agostino, mossi da gelosia di corporazione contro l'ordine di san Domenico, si prestavano ai desiderj di vendetta del papa, e denunciavano ne' loro sermoni il riformatore domenicano come eretico e scomunicato. Appena scorsero venti anni da tale epoca fino all'istante in cui i Domenicani si armarono a vicenda contro Lutero, riformatore agostiniano[499].
La signoria fiorentina, dacchè si sentiva abbandonata dal re di Francia, usava maggiori riguardi alla corte di Roma; aveva bisogno del papa per le sue negoziazioni colla lega italiana, e non voleva spreggiare il di lui risentimento. Gli scrisse gli otto di luglio per giustificare il Savonarola[500], ma nello stesso tempo persuase il monaco a sospendere le sue prediche. Era stato in maggio scomunicato come annunciatore di dottrine eretiche, e la sentenza veniva estesa a tutti coloro che converserebbero con lui. Da principio il Savonarola riconobbe l'autorità della corte di Roma, e cercò di farvi giugnere le sue giustificazioni. Ma non molto dopo, opponendo alla persecuzione i medesimi principj e quella fermezza, che poi sostennero Lutero, quando il 10 di dicembre del 1520 fece bruciare a Wittemberga la bolla di scomunicazione di Leon X[501], dichiarò coll'autorità di papa Pelagio, che un'ingiusta scomunica era senza efficacia, e che colui che ne è l'oggetto non deve neppure cercare di farsi assolvere[502]. Affermò che una divina inspirazione l'obbligava a scuotere l'ubbidienza d'un tribunale corrotto, ed il giorno di Natale celebrò pubblicamente la messa nella sua chiesa di san Marco; comunicò co' suoi monaci, e con moltissimi laici; condusse una solenne processione intorno alla chiesa; pubblicò la sua apologia ed il libro del trionfo della croce, e tornò a predicare nella chiesa cattedrale innanzi ad una numerosa udienza, che tale mai non aveva avuta in addietro[503].
Leonardo de' Medici, vicario dell'arcivescovo di Firenze, pubblicò un ordinanza per proibire ai fedeli di ascoltare le prediche del Savonarola. Coloro che le ascoltassero non dovevano essere ammessi alla confessione ed alla comunione, nè i loro corpi alla sepoltura; ma la signoria, ch'era entrata in carica in principio del 1498, era tutta favorevole al Savonarola, ed ordinò al vicario arcivescovile d'uscire entro due ore dalla città[504].