La ritirata delle truppe francesi ridusse i Fiorentini alla disperazione. Contando essi sulla potente loro assistenza, e non potendo nel medesimo tempo sostenere una duplicata spesa, avevano licenziati i proprj soldati, di modo che si trovavano quasi del tutto disarmati, onde i Pisani non durarono fatica a riprendere Librafratta ed il bastione della Ventura. Inoltre Lodovico XII, siccome usano di fare le potenze alleate a più deboli stati, imputava ai Fiorentini la cagione del mal esito, dovuto all'indisciplina delle sue proprie truppe. Estremo era il suo sdegno contro la repubblica, ch'egli accusava d'avere lasciato il campo senza vittovaglie, d'avere male assecondati i suoi generali, ed in particolare di essersi ostinata a scegliere il Belmonte piuttosto che Ivone d'Allegre. Convenne che i Fiorentini pensassero a giustificarsi innanzi a quegli di cui avevano ragione di dolersi, e convenne addolcire il rifiuto, che la repubblica credette di dover fare, di condurre nel susseguente anno una nuova armata francese sotto Pisa per attaccare quella città con maggiore vantaggio[98].

Dopo così sgraziata campagna, Firenze rimase debole e circondata di nemici: le rivali città di Genova, di Lucca e di Siena si rallegravano della sua umiliazione, ed apertamente soccorrevano i Pisani. Nello stesso territorio fiorentino, in proporzione delle sventure della metropoli, si accrescevano il malcontento e le disposizioni alla ribellione. A Pistoja le due fazioni dei Cancellieri e dei Panciatichi ricominciarono una guerra civile di cui credevasi spenta ogni ricordanza dopo un intero secolo di un più fermo governo. In sul cominciare del 1501 tutti i Panciatichi furono cacciati di città; il 25 di febbrajo furono condannati come ribelli, e si bruciarono le loro case, abbandonando ai soldati i loro effetti. In appresso i Cancellieri li perseguitarono anche fuori di città fino a san Michele e gli assediarono nella chiesa di tal nome; ma vennero colà sorpresi dai partigiani de' Panciatichi, che si erano adunati in gran numero per liberare i loro capi, e gli assedianti perdettero più di dugento persone[99]. La repubblica fiorentina, che non aveva quasi più soldati sotto i suoi ordini, ed il di cui tesoro era stato affatto smunto dalle incessanti domande del re di Francia, nè poteva tenere la campagna contro Pisa, nè frenare i Pistojesi, nè gastigare i capi delle nuove sedizioni.

La libertà toscana pareva minacciata dal più triste avvenire; un'invincibile gelosia acciecava tutti i vicini di Firenze e li faceva cospirare alla ruina di lei; un generale fermento faceva temere nuove rivoluzioni tra i sudditi di lei; l'instabilità di un governo che rifacevasi ogni due mesi, e che non conservava per verun rispetto la tradizione dell'antica sua politica, inspirava uguale diffidenza agli stranieri ed ai cittadini. Venezia aveva preso a proteggere la famiglia usurpatrice, che voleva risalire sul trono; il duca di Milano ed il re di Napoli più non tenevano alternativamente la bilancia dell'Italia, ed il re di Francia, ch'era succeduto al primo e stava per rovesciare l'altro, più non proteggeva la repubblica. Il papa di lei più prossimo vicino era pure il di lei più pericoloso nemico, perciocchè, sagrificando ogni sentimento di dovere, ogni cura dell'indipendenza della Chiesa, e la buona fede ed il pudore all'ingrandimento di suo figlio, aggiugneva le perfidie ed i falsi giuramenti alle armi spirituali e temporali per assoggettare la Toscana a Cesare Borgia.

La repubblica, costretta dalla sua povertà a deporre le armi, pareva comprovare ai suoi vicini le pacifiche sue disposizioni, ed invece somministrò precisamente con tale atto a Cesare Borgia il pretesto che desiderava per cominciare le ostilità. Questi, dopo avere occupata Faenza il 22 aprile del 1501, disponevasi ad attaccare Giovanni Bentivoglio, signore di Bologna, quando il condottiere Rinuccio di Marciano, licenziato dai Fiorentini, passò al soldo di questo signore colla sua compagnia; il papa e suo figliuolo si dolsero subito altamente che la repubblica spedisse soccorsi ai loro nemici, cercando soltanto di travisarli con una troppo comune astuzia[100].

Cesare Borgia si era innoltrato verso i confini del Bolognese fino a castel san Piero sulla strada d'Imola. Colà ebbe ordine da Lodovico XII di non passar oltre, perchè il Bentivoglio si era posto sotto la speciale protezione della Francia[101]. Infatti si astenne dall'attaccarlo, ma si valse dello spavento che gli faceva per dettargli nuove condizioni. Da lui ottenne la cessione di Castel Bolognese posto tra Imola a Faenza, la promessa di un tributo di nove mila ducati, e quella di cento uomini d'armi e di due mila fanti, che il Borgia contava di adoperare contro Firenze. Per prezzo di questa nuova alleanza il perfido Borgia rivelò al Bentivoglio le intelligenze che aveva coi Marescotti, potente e ricca famiglia e seguìta da numerosi clienti, la quale fin allora erasi mostrata interamente attaccata al principe. Il Bentivoglio ordinò a suo figliuolo Ercole di assassinare Agamennone Marescotti, capo di quella famiglia, ed in seguito fece uccidere altre trentaquattro persone tra fratelli, figli, figlie o nipoti, e altre dugento parte parenti e parte amici. Finchè tanta carnificina non fu terminata, le porte di Bologna si tennero chiuse. Il Bentivoglio costrinse tutti i figli delle più nobili famiglie a prendervi parte, per renderli odiosi al partito contro cui voleva inferocire, e per attaccarli alla propria fortuna col timore della rappresaglia[102].

Il duca Valentino non aveva mai calcolato di trattenersi lungamente per soggiogare Bologna. Firenze era l'oggetto de' suoi apparecchi; egli aveva chiamato alla sua armata Vitellozzo Vitelli, signore di Città di Castello, che ardentemente desiderava di vendicare la morte di suo fratello, e gli Orsini, parenti ed alleati dei Medici. Fino dal mese di gennajo aveva mandati a Pisa alcuni rinforzi sotto gli ordini di Ranieri della Sassetta, e di Pietro Gambacorti[103]. Poi ch'ebbe terminata la conquista della Romagna, mandò a Pisa altri distaccamenti comandati da Oliverotto di Fermo, favorito ed uno de' più riputati luogotenenti del Vitelli[104]. Aveva avuti alcuni abboccamenti con Giuliano de' Medici, che si era portato fino a Bologna, e sperava col di lui mezzo di armare contro la sua patria tutti i partigiani della sua esiliata famiglia. Egli ben sapeva che i Medici sarebbero sempre disposti ad accettare alle più vergognose condizioni qualunque si fosse parte della sovranità della Toscana che offrisse loro; ed infatti Giuliano de' Medici, dopo avere tutto convenuto con Cesare Borgia, partì in posta alla volta della Francia, onde persuadere Lodovico XII a rifiutare ogni soccorso ai Fiorentini[105].

Pure tutte le operazioni del Valentino dovevano rimanere subordinate ai vasti progetti che Lodovico XII aveva formati contro Napoli. E di già l'esercito destinato a tale impresa cominciava a porsi in cammino. La più forte colonna, condotta dal d'Aubignì, doveva attraversare la Romagna, e raccogliervi le truppe francesi, che sotto il comando d'Ivone d'Allegre avevano fin allora secondato il duca Valentino; un'altra colonna, sotto gli ordini del balivo d'Occan, doveva tenere la strada della Lunigiana, attraversare Pisa ed unirsi nello stato di Piombino con Cesare Borgia, ch'erasi obbligato a seguire i generali francesi nel regno di Napoli. E precisamente in occasione di questa sua andata alla volta di Piombino, egli pensava di dare compimento alle rivoluzioni di cui minacciava la Toscana.

Cesare Borgia entrò in quella provincia dalla banda di Bologna con settecento uomini d'armi e cinque mila fanti, partecipando alla repubblica fiorentina di volere attraversare il suo territorio come amico, per passare a Roma, e altro non chiedendo che vittovaglie contro pagamento a danaro. Ma quando ebbe passate le gole delle montagne, e fu arrivato a Barberino, mutò linguaggio. Allora dichiarò di non potere mostrarsi l'amico della repubblica, fintanto che non la vedesse sottomessa ad un governo del quale potesse fidarsi; che la chiamata dei Medici poteva sola rispondere a' suoi occhi di una stabile amministrazione; che in conseguenza chiedeva il ristabilimento di Piero de' Medici in tutta l'autorità che aveva avuta in addietro; e questi stava aspettando a Lojano, villaggio posto al confine del Bolognese, il risultamento di tali minacce. Inoltre il Borgia chiedeva, che sei cittadini, indicati da Vitellozzo, fossero posti in suo potere, onde portare la pena dell'ingiusta sentenza pronunciata contro Paolo Vitelli; che la signoria si obbligasse a non soccorrere il signore di Piombino; e finalmente che prendesse lui medesimo al suo soldo con una condotta conveniente all'elevata sua dignità[106].