Dal canto suo don Federico, il quale aveva preso al suo soldo i Colonna, teneva sotto i suoi ordini settecento uomini d'armi, seicento cavalleggeri e sei mila fanti; ma riponeva ogni sua speranza in Gonsalvo di Cordova, che sapeva trovarsi in Sicilia con un'armata composta di eccellenti truppe, e che gli era annunciato da suo cugino Ferdinando come apparecchiato a difenderlo. Federico affrettava Gonsalvo a raggiungerlo a Gaeta, e gli faceva aprire tutte le città della Calabria, nelle quali diceva il generale esservi bisogno di porre guarnigioni per guarentire le posizioni della sua armata. Nello stesso tempo Federico faceva istanza all'imperatore dei Turchi di difendere un regno che poteva risguardare come antimurale del suo impero. Mandò a Taranto, la più forte città de' suoi stati, il suo figliuolo primogenito Ferdinando, sebbene ancora fanciullo; ed egli andò ad accamparsi a san Germano, dove dovevano raggiugnerlo tutte le truppe che gli conducevano i Colonna e quelle di Gonsalvo di Cordova[115].
Ma il 6 di giugno del 1501, essendo l'armata francese, divisa in due colonne, entrata già nello stato della Chiesa, gli ambasciatori francesi e spagnuoli presentaronsi insieme al papa ed al sacro collegio per partecipar loro il trattato di divisione del regno di Napoli, sottoscritto già da sei mesi dai proprj sovrani. Nello stesso tempo dichiararono che i loro padroni non miravano ad altro, mettendosi in possesso del regno di Napoli, che ad acquistare nuovi mezzi per attaccare di concerto l'impero ottomano. Chiesero al papa di appoggiare così pia intenzione, accordando ai loro sovrani l'investitura delle province toccate nella divisione all'uno ed all'altro. Alessandro VI non poteva che applaudire ad un accomodamento che veniva a farlo arbitro fra i suoi due potenti feudatarj. Pure non pubblicò la sentenza che spogliava Federico del trono di Napoli che quando l'esito della guerra era già deciso, sebbene cotale sentenza fosse già stata pronunciata in un segreto concistoro tenuto il 25 di giugno[116].
Ferdinando era il più prossimo parente di don Federico, ed il suo più intimo alleato; gli aveva inspirato una illimitata confidenza; aveva di fresco impetrato ed ottenuto il soprannome di Cattolico, e sempre ostentava in faccia alla Cristianità l'ipocrita suo zelo pel dilatamento della fede e per la difesa della Chiesa; onde l'insigne suo tradimento eccitò quasi tanta indignazione negli stranieri che nello stesso don Federico. Gonsalvo di Cordova, volendo fino alla fine ingannare questo sventurato principe, gli scrisse per ismentire ciò che l'ambasciatore spagnuolo aveva pubblicato in Roma, e per dichiarare d'essere sempre disposto a difendere colla sua armata il nipote ed il più caro alleato del suo padrone. Queste proteste gli servirono a calmare le province ch'egli voleva attraversare, ed a facilitargliene l'occupazione: e soltanto dopo che l'armata francese toccò i confini del regno, Gonsalvo, confessando la vergognosa sua commissione, spedì sei galere a Napoli per levare le due vecchie regine, una sorella, l'altra nipote dei suo re[117].
I mezzi di resistenza che Federico aveva apparecchiati più non bastavano contro questa doppia aggressione. I suoi soli alleati, i Colonna, erano dal canto loro attaccati ad Alessandro VI, ed avevano preso il necessario partito di abbandonare tutte le loro terre, ad eccezione di Amelia e di Rocca di Papa, nelle quali avevano poste guarnigioni[118]. La ribellione era di già scoppiata in san Germano e ne' vicini luoghi, non perchè Federico non fosse amato più che i Francesi, ma perchè i suoi sudditi non volevano prender parte in una guerra che loro non lasciava veruna speranza. Federico, tuttavia incerto sul partito cui doveva appigliarsi, e non potendo mantenersi in campagna, chiuse le sue truppe nelle migliori piazze, per darsi tempo di prendere più maturi consiglj. Fabrizio Colonna, cui fu dato per compagno il conte Rinuccio di Marciano, entrato recentemente al servizio di Napoli, fu incaricato della difesa di Capoa con trecento uomini d'armi, alcuni cavalleggeri e tre mila fanti; don Federico occupò Aversa con un'altra parte della sua armata, e Prospero Colonna prese sopra di sè la difesa di Napoli[119].
Frattanto il d'Aubignì aveva, avanzandosi, bruciato Marino, Cavi ed altri castelli dei Colonna, per vendicare alcuni baroni, partigiani della Francia, che questi avevano fatto uccidere in Roma. Giulio Colonna, che doveva difendere Montefortino, abbandonò quella piazza in un modo poco onorevole, e l'armata francese si trovò padrona di tutto il paese di confine fino al Volturno. Questo fiume sarebbesi difficilmente passato in faccia a Capoa, ma il d'Aubignì, avvicinandosi alle montagne, lo attraversò a minore distanza dalla sua sorgente, ed occupò Aversa, da cui Federico dovette ritirarsi, indi sottomise Nola e tutto il paese fino a Napoli. In seguito ripiegò verso Capoa e la investì contemporaneamente dalle due bande del fiume. La guarnigione rispinse valorosamente il primo assalto dato dai Francesi, ma si trovò molto danneggiata: aveva veduto da vicino il pericolo, e temeva di soggiacere in un altro attacco; di modo che il 24 di luglio del 1501 domandò di capitolare. Il conte di Cajazzo venne ricevuto sul bastione ad un abboccamento con Fabrizio Colonna, per trattare intorno alle condizioni della resa. La guarnigione, che già da otto giorni veniva chiamata alla custodia delle mura, credette non essere più necessaria tanta vigilanza, quando erano omai convenute le condizioni della resa; e mentre si stava trattando, i Francesi penetrarono in città. Assicurasi che un borghese ne aprì loro le porte, ma che fu all'istante ucciso dai vincitori. Capoa, sorpresa mentre credeva di arrendersi, venne trattata con tutta la crudeltà in allora propria delle guerre degli oltremontani in Italia: furono uccisi sette mila abitanti nelle strade[120], tutte le proprietà saccheggiate, e tutte le donne abbandonate alla brutale libidine de' soldati; ma tanto grande era l'orrore che inspiravano, che non poche matrone si precipitarono nei pozzi per sottrarsi colla morte al disonore. Nè più degli altri luoghi furono rispettate le chiese ed i conventi, e finchè agli sventurati Capoani rimase qualche cosa da perdere, i generali francesi, che in faccia a que' nuovi sudditi pretendevano di rappresentare il legittimo sovrano, non li coprirono colla loro protezione. Finalmente il saccheggio era cessato, il soldato era calmato e ristabilita la disciplina, quando si seppe che una torre della città aveva servito di rifugio a molte donne. Cesare Borgia le fece tutte condurre presso di sè, e dopo averle diligentemente esaminate, scelse le quaranta più belle e le mandò nel suo palazzo di Roma per formare il suo serraglio[121].
Fabrizio Colonna, don Ugo di Cardone, e più altri distinti capitani rimasero tra i prigionieri. Il conte Rinuccio di Marciano, ferito da una freccia, era pure rimasto in mano de' soldati del Valentino, ma morì il secondo giorno; e fu creduto che Vitellozzo Vitelli avesse fatte avvelenare le sue ferite, sovvenendosi che la rivalità di questo capitano con suo fratello Paolo era stata una delle cagioni del di lui supplicio[122].
La perdita di Capoa portò l'ultimo colpo alla di già vacillante fortuna di Federico. Egli abbandonò la sua capitale, che più non poteva difendere, si chiuse in Castel Nuovo, e permise alle città di Napoli e di Gaeta di aprire, senza essere attaccate, le porte ai Francesi. La prima si riscattò dal sacco con una contribuzione di sessanta mila ducati; ed il 25 di agosto, sei giorni dopo l'ingresso dei Francesi in Napoli, don Federico consegnò loro anche Castel Nuovo. Egli convenne col d'Aubignì di porlo pacificamente in possesso di tutto ciò che ancora possedeva in quella parte del regno di Napoli, che dava ai Francesi il trattato fatto con Ferdinando il Cattolico, riservandosi soltanto l'isola d'Ischia che per lo spazio di sei mesi non potrebbe essere attaccata. Nello stesso tempo stipulò un'amnistia per tutti coloro che si erano dichiarati contro la Francia dopo la conquista di Carlo VIII, e riservò ai cardinali Colonna e di Arragona il godimento delle rendite ecclesiastiche che avevano nel regno[123].