I Sienesi non erano disposti ad esporsi ai pericoli di un assedio al solo oggetto di salvare il Petrucci; ma nello stesso tempo diffidavano del papa e del suo figliuolo, ed erano determinati a difendersi fino all'ultimo sangue, se sotto pretesto di scacciare un tiranno Cesare Borgia voleva entrare nella loro città, o faceva qualche tentativo per rendersene padrone. Pandolfo Petrucci approfittò di questa disposizione per negoziare e non cedere alla burrasca che a seconda del bisogno. Acconsentì di uscire da Siena, purchè il duca Valentino, che si era avanzato fino a Pienza, uscisse in pari tempo dal territorio della repubblica. Questa convenzione si eseguì il 28 di gennajo: Pandolfo Petrucci si ritirò a Lucca con Gian Paolo Baglioni, e gli avanzi delle truppe dei Vitelli; ma i suoi partigiani continuarono ad esercitare in Siena la suprema autorità, mentre che il Valentino ricondusse la sua armata alla volta di Roma, per approfittare della carnificina di Sinigaglia, e terminare l'abbassamento degli Orsini[192].

Il papa si era dato tutto l'impegno di assecondare i delitti di suo figlio; dietro i suoi avvisi dell'accaduto in Sinigaglia fece invitare il cardinale Orsini a portarsi al Vaticano per un abboccamento. Il cardinale aveva avuta l'imprudenza di tornare a Roma; viveva senza sospetti, e niente sapeva dell'arresto de' suoi due parenti; onde recossi a palazzo, ove fu subito imprigionato. Nello stesso tempo Alessandro VI fece prendere nelle loro case Rinaldo Orsini, arcivescovo di Firenze, il protonotajo Orsini, l'abbate d'Alviano, fratello di Bartolommeo e Giacomo di Santa Croce. Questi prigionieri, spaventati dalle minacce del papa, acconsentirono di dargli tutte le loro fortezze, ed a tale prezzo riebbero la libertà, ad eccezione del cardinale; perchè Alessandro voleva obbligare questi a consegnargli tutti i suoi beni. Il papa aveva di già fatta occupare la di lui casa a Monte Giordano, e trasportarne gli effetti ed i mobili tutti al palazzo pontificio. Esaminando i libri delle ragioni del cardinale, trovò che questi aveva un credito di due mila ducati verso qualcuno il di cui nome non era stato scritto; vide inoltre che aveva acquistata pel prezzo di due mila ducati una perla che non si trovava. Perciò il primo di febbrajo fece vietare l'ingresso della prigione del cardinale a coloro che gli portavano da mangiare per parte di sua madre, dichiarando che questo sciagurato prelato più non mangerebbe finchè non si rinvenissero que' due effetti. La madre del cardinale pagò subito col proprio danaro i due mila ducati, e l'amica di lui, vestita da uomo, andò in persona a consegnare al pontefice la perla che aveva ricevuta dal prelato. Alessandro acconsentì allora che si portassero al cardinale i cibi che gli venivano mandati, ma prima gli fece dare una bevanda avvelenata che lo trasse a morte il 22 di febbrajo[193].

Ma non tutti gli Orsini erano caduti nelle mani del pontefice o di suo figliuolo; la loro famiglia era assai numerosa, perchè tutti i figli cadetti, appigliandosi al mestiere delle armi, trovavano sempre una carriera aperta: Giulio Orsini con molti suoi parenti si afforzava a Pitigliano; Fabio, figliuolo di Paolo Orsini, strozzato a Sinigaglia, ed Organtino Orsini adunavano la loro cavalleria a Cervetri. Muzio Colonna era tornato dal regno di Napoli, ed era entrato in Palombara che aveva tolta al papa. I Savelli si erano rappattumati cogli Orsini, di modo che tutta l'alta nobiltà di Roma faceva causa comune contro i Borgia. Gian Girolamo Orsini era in allora ai servigj del re di Francia, nel regno di Napoli; Niccolò, conte di Pitigliano, al servigio dei Veneziani; e questi due capitani interessavano alla loro difesa i potenti padroni per cui guerreggiavano. Il Borgia volle tentare di opprimerli prima che potessero ottenere assistenza, persuaso che gli riuscirebbe più facile la giustificazione, quando non vi fosse più rimedio per coloro che voleva distruggere. Ma sebbene riuscisse ad impadronirsi di Palombara e di Ceri, le altre fortezze degli Orsini gli opposero una resistenza abbastanza lunga da dare tempo ai Veneziani ed al re di Francia di dichiarare altamente, che prendevano Gian Giacomo Orsini ed il conte di Pitigliano sotto la loro protezione[194].

Le minacce del re determinarono Cesare Borgia a levare l'assedio di Bracciano, ma non senza lagnarsi amaramente della Francia; mentre che Alessandro VI faceva condannare dai tribunali ecclesiastici tutti gli Orsini come ribelli. Lodovico XII, vedendo che i Borgia cominciavano a mancare di rispetto alla sua autorità, e perchè nello stesso tempo era di già inquieto rispetto agli affari di Napoli, risolse di mettere fine al rapido ingrandimento della potenza del duca Valentino; prevedendo che, quando sentirebbe la propria indipendenza, si farebbe pagare a troppo caro prezzo la sua amicizia. Parvegli più di tutto importante di porre in salvo la Toscana da nuovi attentati; a tale oggetto trovò opportuno di formare un'alleanza tra Firenze, Siena, Lucca e Bologna, ed incaricò di negoziarla Francesco Cardulo di Narni, protonotajo apostolico. Questi presentossi il giorno 14 di marzo alla balìa di Siena, ed offrì ai partigiani di Pandolfo Petrucci di ricondurre nella città loro questo capo di parte coll'assenso de' Fiorentini, ai quali si prometteva la restituzione di Montepulciano. L'alleanza venne sottoscritta, e Pandolfo tornò a Siena il 29 di marzo del 1503, senza che la rivoluzione che l'aveva scacciato, o quella che lo richiamava, fossero accompagnate da verun disordine[195].

Ma non sì tosto trovossi Pandolfo in Siena, che chiese dilazione alla restituzione di Montepulciano. Pretese che i Sienesi fossero in modo attaccati a questo possedimento da non voler comperare a sì alto prezzo l'amicizia de' Fiorentini; questi dal canto loro, malgrado le istanze del ministro francese, non volevano entrare nella lega che a tale condizione; onde non potevasi avere la ratifica del trattato, senza del quale sembrava che la Toscana rimanesse in balìa del duca Valentino[196].

Altronde gli affari di Pisa, che da quasi dieci anni avevano sempre riaccese guerre vicine a spegnersi, eccitavano nuovamente la diffidenza e l'animosità dei popoli toscani. I Fiorentini avevano fatto capitano delle loro armate il balivo d'Occan, capitano francese, il quale coll'assenso del re aveva condotte cinquanta lance; eransi lusingati che le bandiere francesi sarebbero per loro una salvaguardia contro le intraprese del papa e di suo figlio, dalle quali non li guarentiva la santità dei trattati. Avevano mandata la loro armata nello stato di Pisa per guastare le messi, sperando che quella città si ridurrebbe colla fame, se perdeva per più anni consecutivi i suoi raccolti: e di già nel precedente anno avevano distrutto prima che maturasse tutto il frumento dei Pisani. Questa volta ruinarono soltanto le campagne del Val d'Arno, non avendo potuto penetrare nella vallata del Serchio meglio difesa[197].

Intanto il balivo d'Occan, poi che ebbe guastato il paese, condusse la sua armata sotto Vico Pisano, difeso da cento fanti svizzeri al soldo dei Pisani. Il balivo li minacciò di farli appiccare se portavano le armi contro un re alleato della loro nazione; nello stesso tempo i Fiorentini loro offrirono del danaro, onde gli Svizzeri, atterriti o corrotti, il 16 di giugno aprirono le porte della fortezza che dovevano difendere. Il loro tradimento spianò ai Fiorentini la strada della fortezza assai più importante della Verrucola, che, attaccata dal lato fin allora inaccessibile di Vico Pisano, si arrese il 18 di giugno. Questa signoreggiava il piano di Pisa, e così bene lo scopriva tutto intero, che nulla entrar poteva o sortire dalle porte della città senz'essere veduto dalla Verrucola. E quanto questa posizione era stata utile ai Pisani per prevenire gli attacchi dei loro nemici, altrettanto poteva riuscirle fatale dopo ch'era venuta in mano de' Fiorentini[198].

Questa perdita risvegliò l'interesse de' Sienesi e de' Lucchesi a favore de' loro vicini. Scordarono gli uni e gli altri la lega toscana, sebbene Pandolfo Petrucci andasse debitore ai Fiorentini del fresco suo ristabilimento in patria, e spedirono ajuti ai Pisani, i quali dal canto loro fecero fare l'offerta al duca Valentino di darsi a lui. Veruna città era da questo principe più ardentemente desiderata, risguardandola egli come quella che gli darebbe modo di conquistare tutta la Toscana. Ma finchè il re di Francia trovavasi in Italia onnipotente, il Valentino per non esporsi alla sua collera non aveva osato di accettare una così seducente offerta. Ma da qualche tempo pareva che la fortuna abbandonasse le armi francesi, ed il Valentino, che mai non era l'ultimo ad allontanarsi da coloro cui la fortuna volgeva le spalle, cominciava a prendere coi generali di Lodovico XII un più audace contegno; trattava segretamente con Gonsalvo di Cordova e colla Spagna, temporeggiava coi Pisani, si armava, metteva la sua alleanza a più alto prezzo, e non pertanto aspettava per prendere una definitiva decisione un ultimo esperimento delle forze dei due re, che pareva dover essere imminente[199].

Ferdinando il cattolico aveva lasciato, in tutto il primo anno della guerra, il suo generale, Gonsalvo di Cordova, senza soccorsi. I rinforzi che aveva per lui apparecchiati non lo raggiunsero che quando era già cominciata la campagna del 1503. Anche prima che questi giugnessero, il generale Spagnuolo ricevette a Barletta un sollievo dovuto soltanto all'imprudente avarizia de' generali francesi. Ivone d'Allegre aveva presa la città di Foggia, dove aveva trovati grandissimi magazzini di grani, formati coi raccolti di quella ubertosa provincia. Invece di acconsentire che si vendessero a credenza ai Napolitani, che ne avevano urgente bisogno, o di tenerli custoditi per l'armata, la mancanza di danaro lo consigliò a venderlo ad alcuni mercanti veneziani che lo trasportarono a Barletta[200]. Subito dopo l'ammiraglio spagnuolo, Liscano, ottenne presso alla punta della terra di Otranto, ossia l'antico promontorio Japiga, una vittoria sopra il signore di Prejan, che aveva il comando della flotta francese, la quale sarebbe stata interamente distrutta, se non avesse trovato un rifugio nel porto d'Otranto che apparteneva ai Veneziani, ed era egualmente rispettato dalle due nazioni belligeranti. Dopo questa vittoria il mare rimase libero ai vascelli spagnuoli e siciliani, che poterono trasportare senza pericolo soldati, vittovaglie e danaro a Barletta. Le quali cose si facevano senza che i Francesi potessero impedirle, anzi senza che niente sapessero di ciò che accadeva in mare[201].