Il terrore, che questa catastrofe sparse in tutta la Morea, consigliò gli abitanti di Pilos e di Corone ad arrendersi senza fare resistenza. Il generale turco attaccò in appresso Napoli di Malvasia: fece condurre sotto le mura di quella città Paolo Contarini da lui fatto prigioniere a Modone, e lo minacciò di condannarlo al più crudele supplicio se non eccitava gli assediati ad arrendersi. Il Contarini cercò di parlare a quegli abitanti, ma mentre gli arringava, vedendo che le sue guardie distratte non lo tenevano d'occhio, spronò il suo cavallo, e sottraendosi a loro, varcò con un salto la prima fossa delle fortificazioni e giunse in città senz'essere colpito dai dardi o dalle palle che i Turchi facevano piovere sopra di lui; e contribuì potentemente alla difesa di Napoli dove si era rifugiato[234].
Il consiglio dei Dieci aveva incaricato Benedetto Pesaro del comando della flotta veneziana. Questo nuovo capitano la trovò scoraggiata, indebolita e dispersa da una burrasca che aveva sofferta. La riunì a Corfù ed a Zante, vi ristabilì la disciplina, severamente gastigando gli ufficiali che avevano mal fatto il loro dovere, ed in appresso la condusse in traccia di quella dei Turchi; ma era in tempo che questi, soddisfatti degli ottenuti vantaggi, si ritiravano a Costantinopoli. Il Pesaro, rimasto padrone del mare, occupò Egina, saccheggiò Mitilene e Tenedo, prese molte navi da trasporto della flotta turca, e condannò a morte tutti i loro equipaggi, lasciandoli appesi alle forche piantate sulle due rive dell'Europa e dell'Asia, affinchè tutte le navi che attraversavano i Dardanelli vedessero gli effetti della sua crudeltà, ch'egli credeva di giustificare col nome di rappresaglie. Prima di lasciare quelle acque ridusse l'isola di Samotracia sotto il dominio della repubblica[235].
La flotta che Ferdinando ed Isabella avevano armata a Malaga sotto gli ordini di Gonsalvo di Cordova, e che destinavano a fare la conquista del regno di Napoli, sebbene volessero ancora per qualche tempo nascondere i loro disegni, era arrivata a Messina, indi passata a Zante, ove dietro l'invito di Gonsalvo doveva trovarsi Benedetto Pesaro. Colà i due generali furono di parere di attaccare l'isola di Cefalonia, ed approfittando di un vento favorevole entrarono a forza ne' due porti di quell'isola, sbarcarono le loro truppe e strinsero d'assedio la capitale. Era questa difesa dall'epirota Gisdar, che sostenne il loro attacco con valorosa costanza. Gli Spagnuoli soffrirono e fame e malattie crudeli; ma diedero in quest'assedio una prima prova di quella costanza e di quella confidenza nel loro capo che due anni più tardi doveva a Barletta farli trionfare de' loro nemici. Finalmente Pietro Navarra fece una larga breccia nelle mura di Cefalonia con una mina caricata; la città fu presa d'assalto il 1.º di novembre del 1500, e la guarnigione fu passata a fil di spada. Zonchio o Pilos si ricuperò parimenti per sorpresa; ed il Pesaro avrebbe voluto attaccare anche Modone, quando si seppe che i Turchi vi avevano mandati gagliardi rinforzi; onde il Cordova dichiarò di essere costretto a ricondurre la sua flotta ne' porti della Sicilia. Non pertanto, volendo la repubblica mostrarsi grata ai di lui servigj, lo fece inscrivere nel libro d'oro tra i nobili veneziani[236].
Il Pesaro continuò tutto l'inverno la guerra contro i Turchi. Prese o distrusse molti loro vascelli che si stavano fabbricando alla Prevezza, nel golfo d'Ambracia[237]; tentò di bruciare una parte della loro flotta nel fiume di Loüs, ma venne respinto con molta perdita di gente[238]; finalmente accettò la sommissione d'Alessio che si arrese alla repubblica. Dall'altra banda la città di Zonchio e di Durazzo furono di nuovo prese dai Turchi: e tutti questi prosperi avvenimenti o perdite venivano accompagnati da atroci crudeltà tanto per parte de' Cristiani che dei Turchi. Si rendevano responsabili della sorte della guerra gli sventurati abitanti, ai quali, benchè mal difesi dalle guarnigioni, facevasi rendere conto, riprendendoli, dell'infortunio, cui davasi il nome di ribellione; e rispetto ai soldati prigionieri perivano quasi tutti in mezzo ai supplicj[239].
I Veneziani, minacciati di perdere quasi tutti i loro possedimenti d'oltremare, avevano chiesti soccorsi a tutti i principi della Cristianità; tutti risguardavano tuttavia come un dovere la guerra contro gl'infedeli; tutti convenivano intorno alla necessità di soccorrere Venezia nella lotta disuguale in cui si era posta; pure sembravano più disposti a salvare l'onor loro con un momentaneo servigio, che a somministrare ai loro alleati una reale assistenza. Alessandro VI fece armare venti vascelli, de' quali diede il comando a Giacomo Pesaro, vescovo di Pafo, che li condusse in rinforzo della flotta veneziana; ma il più efficace soccorso proveniente dal papa fu la cessione del prodotto delle indulgenze vendute nello stato veneto, che ammontò ad 80,000 ducati[240]. Il Ravenstein, governatore di Genova a nome della Francia, condusse a Zante una flotta francese destinata a secondare quella della repubblica; ma non era stata pagata che per tre mesi, due e mezzo de' quali erano di già scorsi prima che giugnesse ne' mari di Grecia, onde si ritirò senza rendere ai Veneziani verun servigio. Anche una flotta portoghese comparve nello stesso luogo, ma il suo comandante non volle prendere parte negli assedj, dichiarando di avere soltanto ordine di porsi nella linea di battaglia de' Veneziani, e si ritirò ancor essa quando vide che nel presente anno i musulmani non sembravano intenzionati di venire a battaglia[241].
Prima che terminasse l'anno, Filippo di Ravenstein ricondusse la flotta francese in ajuto de' Veneziani; attaccò di concerto con loro l'isola di Mitilene, ma l'indisciplina de' suoi soldati lo costrinse ad abbandonare l'intrapresa quando era quasi sicura la vittoria[242]. Tutti questi efimeri ausiliarj avevano probabilmente impedito alla Porta di far uscire in quest'anno dai Dardanelli la sua flotta, ma non avevano procurato veruno stabile vantaggio ai Veneziani. Lo stesso non deve dirsi dell'attacco di Uladislao, re d'Ungheria e di Boemia, ai confini de' Turchi; perciocchè le scorrerie degli Ungheri costrinsero Bajazette II a mandare le sue armate verso il Danubio. Dal canto loro i Polacchi cominciavano a porsi in movimento, ed il loro re aveva promesso alla repubblica di Venezia di fare una diversione in di lei favore. La morte di questo re impedì, a dir vero, la guerra della Polonia, ma la sola voce de' suoi apparecchi era stata utile ai Veneziani[243].
Nel susseguente anno 1502 un nuovo, e più dei precedenti inaspettato, ausiliario recò pure qualche sollievo alla repubblica. Fu questi Ismaele Sofì, che armò la Persia contro Bajazette II, invase la parte dell'Armenia soggetta ai Turchi, e richiamò in Asia le armi del Sultano[244]. Il Pesaro, che aveva ricevuti alcuni soccorsi dai cavalieri di Rodi, dal re di Francia e da Alessandro VI, volle approfittarne per attaccare l'isola di Leucade o di Santa Maura, che fu da lui conquistata[245]. Questa fu press'a poco la sua sola intrapresa in quest'anno. I Turchi, distratti da due potenti diversioni in Europa ed in Asia, più non diressero i principali loro sforzi contro la repubblica. Ma questa, ancora atterrita dai passati pericoli, e temendo di vedere ogni anno invaso il Friuli, e consumata la conquista del Peloponneso, evitava di provocare maggiormente la collera del Sultano. In sul finire di quest'anno la repubblica ricevette da Achmet, uno de' Pascià di Bajazette II, alcune aperture di pace, che partecipò al re d'Ungheria; e siccome questi non volle acconsentirvi, non ricusò di trattare sola. Andrea Gritti, uno de' mercanti che i Turchi avevano arrestati in principio della guerra, e che in allora trovavasi nelle prigioni di Costantinopoli, trattò a nome della sua patria; avendo la fortuna destinato questo uomo, che non era meno distinto per nobiltà, per la bellezza della persona, e per la forza del suo corpo, che per i militari e politici talenti, a conchiudere in tempo della sua prigionia due de' più importanti trattati che facesse la repubblica. Il Gritti, che alquanto più tardi acquistò tanta gloria nella guerra della lega di Cambray, e che dopo riconciliò la sua patria colla Francia; che all'ultimo, salito sul trono ducale, l'occupò quindici anni, e sottoscrisse il trattato di pace che in principio del 1503 riconciliò la repubblica di Venezia coll'impero turco, e che non fu rotto prima del 1537. I Veneziani restituirono Santa Maura o Leucade ai Turchi, rinunciarono ai loro diritti sopra Lepanto, Modone e Corone, che avevano perdute nel corso della guerra, ed ottennero invece soltanto la restituzione delle private proprietà che dal sultano erano state confiscate in principio della guerra[246].
Questo trattato, che Andrea Gritti non portò a Venezia che in novembre del 1503, fu ricevuto con esultanza dalla repubblica, sebbene sanzionasse la perdita di alcune delle sue migliori fortezze possedute in Levante. Ma finchè era durata la guerra, i Veneziani eransi trovati in faccia ai principi cristiani loro vicini in uno stato di costante umiliazione e d'inquietudine. Ora erano stati forzati ad assecondare gli ambiziosi progetti di Lodovico XII, spesso a soffrire l'insolenza de' suoi luogotenenti, talvolta a chiudere gli occhi sulle pratiche del duca Valentino. Essi nè avevano potuto dar peso alle loro raccomandazioni, nè far rispettare i proprj interessi; e lo stato di crisi in cui erasi trovata l'Italia ne' precedenti anni, non pareva vicino a terminare. La guerra di Napoli aveva accesa l'ambizione di tutti gli oltremontani, ed i sovrani della Francia, della Spagna, della Germania, manifestavano più apertamente che mai le loro pretese sulle province della penisola.
Il re di Francia non poteva darsi pace della perdita del regno, che così rapidamente gli era stato rapito dalla mala fede del re cattolico. Egli si doleva all'arciduca Filippo, che gli avesse legate le mani con una ingannevole negoziazione di pace. Questi, che aveva lealmente trattato, e che trovavasi investito de' più estesi poteri di suo suocero, lagnavasi che il suo onore fosse stato crudelmente compromesso. Ferdinando ed Isabella avevano da prima cercati pretesti per ritardare la ratifica del trattato conchiuso dal loro genero; ma quando ebbero sicuri avvisi de' vantaggi ottenuti da Gonsalvo di Cordova, ricusarono assolutamente di sottoscrivere il trattato, accusando Filippo di avere ecceduti i suoi poteri. Pure proponevano ancora altre negoziazioni per ingannare di nuovo Lodovico XII[247]. Ma questo monarca, conoscendo finalmente che con principi senza fede la sola forza può dare qualche valore ai trattati, risolse di attaccare nello stesso tempo la Spagna dalla banda di Bajona e di Fontarabia, e dalla banda del contado di Rossiglione; di far guastare le coste della Catalogna e di Valenza da una flotta francese, finalmente di mandare nel regno di Napoli un'armata tale da restituirgli la perduta superiorità[248].