I Genovesi, costernati da questo secondo disastro, spedirono al re Stefano Giustiniani e Battista Rapallo per offrire di capitolare. Il cardinale d'Amboise loro dichiarò che Lodovico era determinato di non riceverli che a discrezione; che peraltro voleva promettere di rispettare le private proprietà. Mentre che si stava negoziando, una numerosa truppa che vedeva con dolore la vergogna che questa capitolazione apparecchiava alla sua patria, scese dalle alture di Castellaccio verso di Belvedere, per tentare di riconquistare quel ridotto; ma dopo una zuffa di tre ore, sostenuta con grande valore, fu costretta a rinunciare alla sua intrapresa. Andato a vuoto questo tentativo, i magistrati spedirono altri deputati a Lodovico, con facoltà di accettare tutte le condizioni, che vorrebbe imporre; mentre che il doge Paolo di Novi e tutti coloro che avevano troppo figurato nelle passate turbolenze per isperare perdono, si ritirarono a Pisa[396].
Il re voleva domare i Genovesi e loro inspirare un durevole timore; ma non ruinarli. Quando gli furono consegnate le porte, ne affidò la guardia ad uomini d'armi francesi, e non voleva che gli Svizzeri, cui non avrebbe potuto impedir di rubare, entrassero in città. Egli stesso fissò di farvi il suo ingresso il 29 di aprile[397], e lo fece a cavallo, armato di tutto punto, tenendo la spada sguainata in mano. I magistrati, che si erano avanzati ad incontrarlo, lo ricevettero in ginocchioni, supplicandolo di condonare alla loro città una ribellione che non era contro di lui diretta. Le loro preghiere e quelle delle donne e de' fanciulli, che chiedevano grazia portando in mano tralci d'ulivo, parve che lo commovessero: dichiarò ai Genovesi che loro perdonava; ma era un perdono di re. S'innalzarono patiboli in molte parti della città, e molti cittadini furono appiccati dopo una processura sommaria: un falso amico, cui Paolo di Novi erasi confidato a Pisa per gire a Roma, lo vendette ai Francesi; questo rispettato doge fu ricondotto a Genova per esservi giustiziato; la sua testa fu posta in cima ad una picca sulla torre del Pretorio, e le sue membra divise in quarti vennero esposte sulle porte della città. La massa de' cittadini fu condannata ad una contribuzione militare di trecento mila fiorini, che il re poscia ridusse a dugento mila. Si edificò alla Lanterna una rocca inespugnabile, e tale da signoreggiare nello stesso tempo l'ingresso del porto e la città; finalmente tutti i privilegi di Genova, ed il suo trattato col re di Francia si bruciarono pubblicamente. Per altro Lodovico rendette alla comune un governo municipale, ma come una concessione fatta di suo beneplacito e non come un diritto, e vi ristabilì i nobili nella metà degli onori pubblici. Questa sentenza fu da tutti i cortigiani celebrata come un monumento della clemenza del re, e trovasi registrata da tutti gli storici come un testimonio della maravigliosa sua bontà[398].
Lodovico XII trovavasi solo in Italia alla testa di una formidabile armata, mentre che tutti gli altri potentati erano disarmati; ma egli ben sapeva quanto così eccitasse la loro gelosia, ed in particolare quella di Massimiliano e de' principi tedeschi; onde per calmare i loro timori si affrettò di licenziare le sue truppe, ed il 14 di maggio passò a Milano, aspettando avviso che Ferdinando il Cattolico, con cui doveva avere un abboccamento in Savona, si fosse imbarcato a Napoli.
Ferdinando era stato accolto nel regno di Napoli colle più vive speranze; non erasi dubitato che non ritornasse la pace alle province, e non ponesse fine ai disordini ed alle intollerabili estorsioni sotto cui gemevano. Ma Ferdinando era povero, ed inoltre era avaro; si era obbligato di restituire ai baroni angiovini i poderi confiscati da lui e da' suoi predecessori; e siccome in appresso erano stati cotesti poderi donati o renduti ad altri gentiluomini del partito arragonese, che Ferdinando non osava spogliare, era costretto a ricomprarli; perciò talvolta non li pagava che per metà, o non li rendeva che incompletamente; e per farlo era pure forzato di raddoppiare tutte le imposte, e di opprimere il popolo con insolite estorsioni; di modo che scontentava egualmente le due classi dei gentiluomini, e tutti i contribuenti[399].
Ferdinando non aveva meglio saputo cattivarsi l'amore dell'unico suo vicino, Giulio II, che de' suoi proprj sudditi. Gli aveva chiesta un'investitura piena ed intera di tutto il regno in suo proprio nome, sebbene a seconda del suo trattato colla Francia, l'Abbruzzo e la Campania, ch'erano stati ceduti a Lodovico XII col trattato di Granata, dovessero risguardarsi come formanti la dote di Germana di Foix, sua consorte. Inoltre chiedeva Ferdinando che il censo annuale, che il regno doveva alla Chiesa, fosse per lui ridotto come lo era stato per i suoi predecessori: per lo contrario Giulio insisteva per l'intero pagamento del tributo com'era regolato dalle antiche investiture. Questi punti controversi non erano ancora stati definiti, quando Ferdinando risolse di partire dal regno di Napoli per tornare a Barcellona. Salpò dalla sua capitale il 4 di giugno, e non volle approdare ad Ostia, sebbene sapesse che il papa lo stava colà aspettando per avere con lui un abboccamento[400].
Ferdinando era sollecitamente richiamato in Ispagna dal bisogno di provvedere al governo del regno di Castiglia. La di lui figlia, Giovanna, dopo la morte di Filippo, suo sposo, era oppressa dal dolore; e pareva che non comprendesse se non ciò che risguardava il perduto suo sposo, e non si poteva intorno a qualsiasi altro argomento ottenere da lei risposta. Sebbene la sua condotta sembrasse frequentemente straordinaria, ed eccessivo il suo dolore, non perciò erasi ancora conosciuto che aveva perduta la ragione. Un tale sospetto presentasi sempre tardi ai cortigiani, ed è lungamente respinto malgrado l'evidenza. Pure la regina non voleva dare verun ordine, non voleva sottoscrivere decreti, e l'inalterabile attaccamento de' Castigliani alle loro forme legali gettava il regno in una assoluta anarchia. La nobiltà di ogni paese era divisa in fazioni, che cominciavano a farsi giustizia da loro colle armi alla mano; la nazione non era per anco accostumata all'orrore delle procedure dell'inquisizione stabilita da Isabella, e Cordova erasi sollevata per iscuotere il giogo degl'inquisitori[401]. Ferdinando era da tutti i partiti richiamato in un regno, da cui era stato espulso pochi mesi prima; pareva che la sola sua mano potesse mettere fine all'anarchia.
Ferdinando più non doveva trovare in Ispagna il celebre avventuriere che vi aveva fatto condurre prigioniero. La libertà del duca Valentino, Cesare Borgia, era stata da Ferdinando rifiutata al re di Navarra, di cui egli aveva sposata la sorella, al duca di Ferrara che aveva sposata la sua, e che si faceva garante pel Valentino, finalmente ai cardinali spagnuoli debitori della loro elezione ad Alessandro VI[402]. Ma il Borgia aveva potuto salvarsi colla fuga, valendosi di una scala di corda per iscendere dalle mura della fortezza di Medina del Campo dov'era stato chiuso, ed erasi rifugiato presso suo cognato Giovanni d'Albret, re di Navarra. Questi, che in allora trovavasi in guerra col conte di Lerin, credette di non poter confidare a miglior capitano il comando della sua armata. Pure Cesare Borgia il 10 di marzo fu tratto da un corpo di cavalleria, che fuggiva innanzi a lui, in un'imboscata che gli si era apparecchiata in vicinanza di Viane; rovesciato da un colpo di lancia dal suo cavallo, continuò ancora a difendersi valorosamente a piedi, finchè, oppresso dal numero, fu ucciso. Quest'uomo, renduto celebre da tanti delitti, non era privo di virtù; valoroso, eloquente, accorto, prodigo de' suoi beneficj senza mai sbilanciare le sue finanze, zelante per la conservazione della giustizia ne' suoi stati, abbastanza illuminato per dar loro un'amministrazione che li fece in poco tempo prosperare, egli seppe rendersi caro ai suoi sudditi ed a' suoi soldati, mentre era l'orrore e lo spavento de' principi suoi vicini e di coloro che non erano a lui soggetti[403].
Ferdinando arrivò a Savona il 28 di giugno, e vi trovò Lodovico XII, che lo stava attendendo, e colà i due sovrani si trattennero quattro giorni in segrete famigliarissime conferenze. Lodovico XII era stato il primo a visitare Ferdinando sulla sua galera; lo ricevette in appresso a vicenda in casa sua; e l'Italia non poteva concepire come questi due monarchi, tanto tempo nemici, e di così poco dilicata parola, si fidassero alternativamente l'uno dell'altro. Gonsalvo di Cordova accompagnava il re cattolico, che non aveva voluto lasciarlo solo a Napoli; Lodovico XII, pieno di ammirazione pel generale che gli aveva fatto tanto male, volle che solo degli uomini privati fosse ammesso alla mensa a cui mangiavano i due re e la regina. Tutta la corte di Francia mostrava lo stesso rispetto per Gonsalvo; ma fu questo l'ultimo giorno di trionfo di quel gran capitano: tanti onori non servirono che ad accrescere la diffidenza di Ferdinando, il quale, ricusandogli la carica di gran maestro di Compostella, cercando di scemare la sua ricchezza, di abbassare la sua famiglia, di perderlo nell'opinione de' suoi amici, lo ritenne a Loxa, lontano 10 miglia da Granata, in una specie d'esilio fino al 2 di dicembre del 1515, in cui Gonsalvo morì di doppia febbre quartana nell'età di sessantatre anni[404].