A tali rimproveri, come i Fiorentini lo avevano presagito, tennero subito dietro le proposizioni. Michele Rizio offrì di dar loro il possesso di Pisa per un determinato prezzo da convenirsi; ma Ferdinando il cattolico si ostinava a volere intervenire nel contratto e ritrarne profitto. Per tale motivo mandò un ambasciatore in Toscana, che prima recossi a Pisa per esortare quegli abitanti a difendersi, facendo loro sperare i soccorsi del re. In appresso quest'ambasciatore passò a Firenze, e cominciò a trattare colla signoria in concorso dell'ambasciatore francese. Così questa lunga guerra, che poteva essere terminata dalle sole armi toscane, diventava un oggetto di negoziati tra la Francia e la Spagna. Bentosto tali negoziazioni, invece di continuarsi in Toscana, si portarono a Parigi; ed i popoli d'Italia ebbero un'altra occasione di accorgersi che i proprj destini più non dipendevano da loro, poichè le proprie loro liti, sostenute colle sole loro armi e coi soli loro mezzi, dovevano decidersi dagli stranieri[430].
Frattanto, siccome la miseria di Pisa andava crescendo, i re di Spagna e di Francia, temendo di perdere l'oggetto del loro traffico, gettarono più scopertamente la maschera. I Fiorentini avevano il 25 di agosto preso al loro soldo Bardella, corsaro di Porto Venere, che pel pagamento di sei cento fiorini al mese, obbligavasi a chiudere la foce dell'Arno con tre piccoli vascelli[431]. Questi fece così bene il dover suo, che Chaumont, governatore del Milanese, scrisse in Francia di apporvi rimedio, altrimenti Pisa caderebbe da sè in mano ai Fiorentini. Il re gli ordinò subito di mandarvi Giovan Giacopo Trivulzio con trecento lance, ond'essere sicuro che la città non si arrenderebbe prima che la Francia non si fosse fatta pagare il suo assenso[432]. I Fiorentini, confusi nel vedere che Lodovico XII, senza avere riguardo all'espresso tenore dei trattati, spediva soccorsi contro di loro, suoi alleati, a que' medesimi che di fresco si erano mostrati non meno suoi nemici che nemici loro, si rassegnarono finalmente a ricomprare le proprie conquiste dalle mani di coloro che si arrogavano il diritto di venderle. Offrirono cento mila ducati divisibili tra le due corti, purchè l'una corte e l'altra si obbligasse a non attraversare la loro intrapresa. Lodovico XII non volle vendere il suo assenso a meno di cento mila ducati per la sola sua parte, e non pertanto insistette perchè Ferdinando avesse dal canto suo una somma di danaro. All'ultimo i Fiorentini promisero cento mila ducati al re cristianissimo, e cinquanta mila al re cattolico; e perchè l'ultimo non si offendesse di questa diversità posta tra di loro, la fecero oggetto di un trattato segreto, col quale si riconobbero debitori di questi altri cinquanta mila ducati sotto mentito pretesto. Questa convenzione fu sottoscritta il 13 marzo del 1509: e perchè in quell'istante tutte le potenze d'Italia erano occupate da troppo più gravi interessi in occasione della lega di Cambrai, lasciarono ai Fiorentini la libertà di proseguire la guerra contro Pisa[433].
In novembre del 1508 Bardella era stato richiamato dal servizio fiorentino per espresso ordine della signoria di Genova. Lodovico XII aveva fatto dare quest'ordine per procurare un breve respiro ai Pisani, finchè fosse terminata la sua negoziazione; ma quando ebbe venduto il suo assenso, Bardella tornò al servigio della repubblica fiorentina, e la debole sua scorta bastò per chiudere la foce dell'Arno. Dal canto loro i Lucchesi non avevan cessato di soccorrere i Pisani con armi e con vittovaglie. Il commissario della repubblica presso l'armata fiorentina ebbe ordine dalla signoria di farne vendetta. Egli entrò sul territorio lucchese, e tutto lo guastò, recando con questa spedizione alla repubblica di Lucca il danno di oltre dieci mila fiorini[434], e giovò pure a farle sentire la sua debolezza ed il pericolo di provocare ancora il risentimento dei suoi potenti vicini, e la determinò a cercare finalmente di buona fede l'alleanza di Firenze. Il trattato tra queste due repubbliche fu sottoscritto l'undici di gennajo del 1509. I Lucchesi si obbligarono d'impedire ai Pisani ogni comunicazione col loro territorio, e di impedire essi medesimi ai loro contadini, troppo parziali per Pisa, di portare soccorsi a quella città. Se questa guerra doveva prolungarsi, il trattato tra Firenze e Lucca non doveva durare che tre anni; ma se Pisa cadeva entro l'anno, l'alleanza tra i Fiorentini ed i Lucchesi doveva tenersi rinnovata per dodici anni[435].
In febbrajo i Genovesi tentarono ancora di spedire a Pisa un sufficiente carico di grani per alimentare quella sgraziata popolazione fino al prossimo raccolto: si presentarono all'imboccatura dell'Arno un grande vascello, quattro gallioni, quindici brigantini e trenta barche; ma questa piccola flottiglia trovò così ben chiuse le foci del Serchio e del fiume Morto, come lo era quella dell'Arno. Tre campi trincerati erano stati stabiliti dai Fiorentini a san Piero in Grado, a Bocca di Serchio ed a Mezzana; un ponte sull'Arno e delle palafitte negli altri fiumi, con bastioni coperti d'artiglieria, chiudevano assolutamente il passo. Il corsaro Bardella dava la caccia ai più piccoli battelli che tentavano di avvicinarsi alla riva: furono presi tre brigantini genovesi carichi di frumento, e gli altri tornarono a Lerici affatto convinti che più non potevansi soccorrere i Pisani[436].
I magistrati di Pisa e coloro che mai non si erano smossi dalla risoluzione di difendere fino alla morte l'indipendenza della loro patria, più non sapevano come resistere alle grida del popolo ed in particolare de' contadini, che perivano di fame e domandavano di trattare. Per soddisfarli furono in marzo costretti di rivolgersi al signore di Piombino, implorando la sua mediazione. Giacomo d'Appiano, signore di Piombino, invitò diffatti i Fiorentini a mandargli negoziatori; ed il Macchiavelli, che di già trovavasi all'armata passò a Piombino il 14 di marzo, per trovarvi i deputati pisani; ma non tardò ad avvedersi che questi non volevano che guadagnar tempo e non avevano intenzione di conchiudere. Avevano essi chieste guarenzie pel mantenimento dell'assoluta amnistia, che loro prometteva Firenze; e quando il Macchiavelli gli strinse a spiegarsi, dichiararono che altra non ne conoscevano che quella di custodire essi medesimi la loro città, abbandonando ai Fiorentini tuttociò che era fuori delle mura. A tale inchiesta fu rotta la conferenza ed il Macchiavelli tornò al campo per affrettare gli attacchi[437].
A Pisa mancavano affatto il vino, l'olio, l'aceto ed il sale; il frumento vi si vendeva due scudi d'oro ogni stajo, o circa sessanta franchi al quintale. Più non v'era cuojo per fare scarpe, ed i soldati ed i cittadini camminavano a piedi nudi[438]. L'ora di Pisa era finalmente giunta. Dopo quattordici anni e sette mesi di guerra, sostenuta con maraviglioso coraggio, con una costanza e con una rassegnazione di cui forse non trovasi esempio in altri popoli, convenne cedere alla necessità. Le minute circostanze di questa lunga lotta non ci furono trasmesse che dai nemici dei Pisani; niuna cronaca contemporanea di quella città non fu scritta nè conservata; veruno storico ci lasciò un quadro degli sforzi interni, delle deliberazioni, de' consigli, de' sacrificj dei cittadini. Appena ci fu conservato il nome di tre o quattro Pisani in un'epoca in cui tanti uomini meritarono per il loro attaccamento, pel loro valore, per l'eloquenza, per la destrezza delle loro negoziazioni, un'eterna fama; pure a traverso alle prevenzioni nemiche di coloro che soli ci trasmisero la memoria di questi avvenimenti, si scuopre una grandezza ed un eroismo che non trovansi presso verun'altra città d'Italia.
Tarlatino, che con tanto valore comandò la guarnigione di Pisa, avendo il venti di maggio fatto chiedere salvacondotti al campo fiorentino, quattro deputati di Pisa si recarono presso i tre commissari della repubblica, domandando loro passaporti per dodici ambasciatori, che la loro patria aveva finalmente determinato di spedire a Firenze per capitolare. Questi deputati non lasciarono dubbiezze intorno alla sincerità delle loro intenzioni; ed i tre commissarj, Antonio Filicaja, Alamanno Salviati e Nicola Capponi, che colla instancabile loro attività avevano ridotta Pisa a tali estremi, furono altresì i primi a far conoscere ai Pisani che il loro ardore per la riuscita poteva combinarsi coll'umanità e colla più nobile generosità. Le negoziazioni, trattate ora in Firenze ora nel campo, durarono diciotto giorni, nei quali i Pisani sotto mille pretesti visitavano il campo fiorentino, onde ottenere alimenti dall'ospitalità dei soldati e portarli alle loro famiglie[439].
Finalmente il trattato sottoscritto a Firenze il 4 di giugno e ratificato a Pisa da tutto il popolo, il 7, ebbe esecuzione nel susseguente giorno. L'armata fiorentina entrò in Pisa l'8 di giugno del 1509 e restituì l'abbondanza agli assediati estenuati. Non solo furono perdonate tutte le offese e restituiti ai Pisani tutti i loro poderi; ma la signoria fece ancora pagare ad ogni cittadino le rendite, i frutti ed il prezzo degli annui affitti, che erano stati percetti sul territorio pisano. Lo storico Giacomo Nardi, che fu egli stesso incaricato di regolare questi conti, ci accerta che la signoria fiorentina lo fece con tanta liberalità, che pareva piuttosto ricevere che dare la legge[440]. La capitolazione fu egualmente liberale per ogni rispetto; confermò tutti gli antichi privilegj e tutte le magistrature indipendenti del comune di Pisa; restituì ai Pisani la franchigia del commercio e delle manifatture di cui erano stati in addietro privati; loro aprì un appello per le cause criminali avanti ai medesimi tribunali che giudicavano i Fiorentini, ed alleviò, per quanto poteva farlo una capitolazione, il dolore di perdere la loro indipendenza[441].
Ma nè l'orgoglio de' Pisani, nè il loro patriottismo potevano accomodarsi alla servitù. Tutti coloro che pel loro nome godevano di qualche considerazione all'estero, che colle loro ricchezze potevano conservare qualche indipendenza, o che coi loro talenti militari e col loro valore potevano acquistare la ricchezza che loro mancava, abbandonarono una patria fatta serva. I Torti, gli Alliati e molti altri rifugiati passarono a Palermo, ove dopo tale epoca trovaronsi quasi tutti i nomi della nobiltà pisana; i Buzzacarini, ramo della casa Sismondi, passarono a Lucca con molti loro concittadini; altri cercarono un asilo in Sardegna; e finalmente un numero ancor maggiore andò a raggiugnere l'armata francese, che aveva di già invaso il territorio veneziano. Rinieri della Sassetta e Pietro Gambacorti avevano adunati cento cinquanta fanti pisani in Lombardia[442]. Una folla di altri, tra i quali un ramo di Sismondi, si posero sotto le medesime insegne. Rinnovando coi capitani francesi quei legami d'ospitalità, che con tacito studio avevano essi cercato di stringere in occasione del passaggio di Carlo VIII, e che avevano più volte rendute inutili le negoziazioni del gabinetto e salvata Pisa per opera delle armate medesime che l'assediavano, si fecero una patria del campo francese, rimpiazzarono la libertà civile coll'indipendenza delle armi, trovarono nella gloria qualche conforto al loro esilio, e senza avere un sicuro domicilio continuarono a sentirsi come a casa loro in tutta l'Italia, fino all'epoca in cui l'armate francesi ne furono scacciate, ed in cui queste proscritte famiglie andarono a cercare nelle province meridionali della Francia una immagine del bel clima della Toscana cui esse avevano rinunciato[443].