Intanto le armate Veneziane andavano facendo rapidi progressi. Il provveditore, Andrea Gritti, si accostò a Vicenza, e la vista delle insegne di san Marco cagionò subito una sollevazione in quella città, di cui gli furono aperte le porte il 26 di novembre. Il principe d'Anhalt, che ne aveva il comando, ritirossi nella cittadella con Fracassa di Sanseverino, ma dopo tre giorni fu costretto a capitolare[31]. Se, invece di perdere un tempo troppo prezioso nell'assedio di questa fortezza, il Gritti si fosse immediatamente recato sotto Verona, questa città, che di già tumultuava, gli avrebbe pure aperte le porte. Il vescovo di Trento, cui Massimiliano l'aveva data in guardia, ebbe tempo di farvi entrare trecento lance francesi sotto gli ordini di Daubignì, ed un grosso corpo d'infanteria spagnuola e tedesca. Non pertanto tutte queste truppe appena bastavano a contenere gli abitanti, i quali, minacciati, insultati, saccheggiati a vicenda dai soldati di tutte le nazioni che alloggiavano nelle loro case, ardentemente desideravano il paterno governo degli antichi padroni. L'armata veneziana, dopo un mal diretto attacco sopra Verona, si divise in due corpi, uno de' quali ricuperò Bassano, Feltre, Cividale e Castelnovo del Friuli, l'altro riprese Monselice, Montagnana ed il Polesine di Rovigo[32].
Questo corpo d'armata, teneva ordine di dare esecuzione contro la casa d'Este ad una vendetta che sommamente stava a cuore alla repubblica. I Veneziani non sapevano perdonare al debole loro vicino, che aveva tanto tempo vissuto sotto la loro protezione, d'essersi approfittato dei loro disastri per attaccarli, quando si trovavano oppressi da tutti i loro nemici; l'insulto de' piccoli, che abusano del momentaneo trionfo de' loro alleati, eccita assai più profondi risentimenti che le più gravi ingiurie de' potenti. Il primo uso che far voleva il senato delle sue forze tendeva a dimostrare che non era poi caduto in così basso stato da non potersi far rispettare da un duca di Ferrara. Angelo Trevisani, che aveva il comando della flotta, dopo avere incendiato Trieste proponevasi d'attaccare Ancona, Fano o le città di Ferdinando nella Puglia; ma la signoria lo richiamò, e malgrado la sua ripugnanza ad innoltrarsi nel letto di un fiume, gli ordinò di andare, di concerto coll'armata di terra, a punire il duca Alfonso nella sua stessa capitale[33].
La flotta veneziana entrò in Po per la foce delle Fornaci, bruciò Corbola, e si avanzò fino a Lago Scuro, bruciando lungo le due rive da lei percorse i palazzi, i castelli ed i villaggi. Lago Scuro è il porto di Ferrara sul Po; non è discosto più di due miglia dalla città; ed i cavaleggieri veneziani ch'erano venuti a porsi sotto la protezione della flotta, partivano da Lago Scuro per portare la desolazione in tutto il territorio ferrarese. Il gusto che aveva Alfonso, duca di Ferrara, per le arti meccaniche, gli aveva procurata la più bella artiglieria dell'Europa. La fonderia dei cannoni era stata il suo maggior divertimento, l'oggetto principale del suo lusso, ed ora giovò alla sua difesa. Egli innalzò le sue batterie a Lago Scuro, sulle rive del fiume, e costrinse la flotta del Trevisani a ritirarsi fin sotto a Polisella, ov'ella gettò l'ancora dietro una piccola isola[34].
Per porre in tale situazione i suoi vascelli in sicuro, il Trevisani alzò due bastioni sulle due rive del fiume, e gli unì con un ponte. Il 30 dicembre Alfonso tentò di sorprendere questi trinceramenti, e fu respinto con grave perdita. In questa zuffa fu fatto prigioniero dagli schiavoni Ercole Cantelmo, emigrato di Napoli, e figlio del duca di Sora; e perchè non potevano fra di loro accordarsi gli schiavoni rispetto alla divisione di così ricca preda, uno di loro gli troncò il capo con un colpo di sciabola. L'Ariosto invocò la compassione delle future età per questo giovine, uno de' più distinti cortigiani del duca, e l'amico del poeta[35].
Frattanto Chaumont, non volendo lasciar perire il duca di Ferrara, venne a Verona, e diede voce di marciare sopra Vicenza, con che sforzò l'armata veneziana ad allontanarsi dalla flotta per difendere gli stati della repubblica; il cardinale d'Este, approfittando della circostanza che il Trevisani non era più padrone della campagna intorno alla Polisella, fece di notte trasportare un grosso treno d'artiglieria in faccia alla flotta. Le acque del fiume erano in modo cresciute per le dirotte piogge, cadute in que' giorni, che le navi sorgevano quasi a livello delle dighe. Il cardinal d'Este fece in queste praticare alcune aperture, e collocarvi con grandissimo silenzio parecchi cannoni al dissopra ed al dissotto della flotta. Il rumore delle acque, che in allora scorrevano impetuose oltre l'usato, celarono i lavori del nemico al Trevisani, il quale non aveva altronde preveduto che il subito innalzamento del fiume permetterebbe di collocare l'artiglieria a fior d'acqua. Il 22 dicembre allo spuntare del giorno fu risvegliato dal continuo fuoco di queste batterie a lui ignote, ed alle quali le sue navi non potevano sottrarsi nella lunghezza di tre miglia. Non avendo sufficienti truppe da sbarco per attaccarle ed impadronirsene, perdette il senno, ed in cambio di far tagliare la diga del fiume, per la quale operazione, spargendosi le acque sul territorio ferrarese, sarebbersi in modo abbassate nell'alveo del fiume, che la flotta non sarebbe stata così esposta al fatal fuoco della batteria, egli, credendo la cosa affatto disperata, fuggì sopra una piccola barca in principio dell'azione. Quasi tutti gli equipaggi de' vascelli seguirono l'esempio del loro capo, quando videro una galera bruciata e due altre colate a fondo. Quasi due mila persone perirono sotto i colpi del nemico, o furono sommerse; e furono dal cardinale d'Este condotte in trionfo a Lago Scuro quindici galere, molte piccole navi, e sessanta bandiere. Il Trevisani avrebbe dovuto pagare colla sua testa tanta imprudenza e tanta viltà; ma così grande era il numero dei gentiluomini che avevano prevaricato nell'ultima campagna, che formavano un partito nello stato, e reciprocamente si difendevano, onde il Trevisani non fu punito che coll'esilio di tre anni[36].
Per tal modo la campagna del 1509 terminava pei Veneziani con una disfatta quasi egualmente strepitosa quanto quella che avevano avuta in principio. Ma la distruzione della flotta alla Polisella non ebbe le funeste conseguenze di quella dell'armata di terra a Vailate. Da niun canto trovavansi avere addosso nemici in istato di trarne vantaggio. I Francesi vendevano la loro protezione a Massimiliano, e si facevano cedere il castello di Valleggio sul Mincio, che solo mancava alla loro linea di difesa. Spedivano inoltre a Verona soldati e danaro per pagare la truppa tedesca, a condizione però che occuperebbero le principali fortezze di quella città; ma nemmeno con tali sussidj i generali tedeschi erano in grado di tenere la campagna. Bajardo, che coi Francesi era entrato in Verona, non sapeva trovare pascolo alla sua attività che combattendo cogli stratagemmi e colle sorprese il suo antagonista Gian Paolo Manfrone; ed intanto macchiava la sua gloria con frequenti crudeltà, ricordate con ostentazione dal suo leale servitore, perchè non venivano esercitate che sopra soldati ignobili, ai quali i gentiluomini non credevano dovuta niuna compassione[37].
Il duca di Ferrara era ancora meno degli altri a portata di approfittare dei suoi vantaggi: il papa, che non perdeva veruna occasione di far sentire che questo duca era feudatario della Chiesa, e che di già pensava a riconciliarlo coi Veneziani, da loro chiese ed ottenne, che non spingerebbero più oltre le loro vendette contro Ferrara, e che restituirebbero ad Alfonso la città di Comacchio presa e bruciata il 4 di settembre. Il duca si riputò felicissimo di potere a tal prezzo sospendere le ostilità[38].
In principio del seguente anno 1510, i Veneziani perdettero il supremo comandante delle loro armate, che tanto si confaceva col suo pacato e cauto carattere alla prudenza del senato, sebbene a motivo della sua lentezza e diffidenza potesse forse accagionarsi della disfatta di Vailate. Niccolò Orsini, conte di Pitigliano, sfinito dalle fatiche sostenute nella difesa di Padova, si era fatto portare a Lonigo, nel territorio di Vicenza, ove morì di lenta febbre in sul finire di febbrajo in età di sessantott'anni. La signoria fece trasferire il suo cadavere a Venezia, e gl'innalzò un magnifico mausoleo con statua equestre nella Chiesa de' santi Giovanni e Paolo[39].
Frattanto i Veneziani avevano acconsentito a tutto quanto loro chiedeva il papa: avevano rinunciato all'appello al concilio generale; promesso di non frapporre ne' loro stati ostacoli alla giurisdizione ecclesiastica; rinunciato al diritto di nominare un visdomino in Ferrara, e per ultimo dato licenza a tutti i sudditi della Chiesa di navigare e di commerciare liberamente nel mare Adriatico[40]. Avevano mandata a Roma un'ambasciata composta di sei de' più riputati cittadini della repubblica, ed il pontefice loro accordò il 24 febbrajo del 1510, seconda domenica di quaresima, l'assoluzione dalle censure, senza imporre ai loro ambasciatori altra penitenza che quella di visitare le sette basiliche di Roma; levò inoltre dal ceremoniale d'assoluzione i colpi di bacchetta, che il papa ed i cardinali in tempo della recita del Miserere dovevano dare agli scomunicati, colpi che in alcune fresche circostanze eransi scambiati in dura flagellazione sulle spalle de' penitenti spogliati di tutte le loro vesti[41].