Cosimo I aveva voluto vedere tutti i prigionieri nello stesso giorno in cui erano entrati in Firenze, ed aveva seco loro parlato con apparente moderazione; pure all'indomani il tribunale degli otto, avendone riscattati alcuni dai soldati, li fece porre alla tortura, ed in appresso decapitare sulla piazza della signoria. Nello spazio di quattro giorni ne perirono in tal modo quattro al giorno, ed era il duca intenzionato di continuare lungamente; ma, intimidito dai clamori del popolo, egli spedì gli altri, tra i quali trovavasi Niccolò Macchiavelli, figliuolo dello storico, nelle carceri di Pisa, di Livorno, di Volterra, ove perirono in breve. I prigionieri più illustri, cioè Bartolomeo Valori, Filippo suo figlio, ed un altro Filippo suo nipote, Anton Francesco Albizzi ed Alessandro Rondinelli, vennero riservati a morire il 20 d'agosto, anniversario del giorno in cui lo stesso Valori aveva, sett'anni prima, adunato il parlamento, violata la capitolazione di Firenze, ed assoggettata la sua patria alla tirannia di quegli stessi Medici, che lo ricompensavano a quel modo che i tiranni sogliono ricompensare chi li serve. Prima del supplicio vennero tutti cinque posti alla tortura, ed il duca, per seminare sospetti in tutto il partito degli emigrati, si fece carico di pubblicare che le loro deposizioni svelavano una privata ambizione e personali progetti, che ognuno di loro nascondeva sotto la maschera del patriottismo e dell'amore di libertà[132].
Filippo Strozzi era tuttavia prigioniero di Alessandro Vitelli; e questo generale aveva avuta l'antiveggenza di chiuderlo nella fortezza di cui era padrone, trattandolo colà con molti riguardi. Ricusava di consegnarlo a Cosimo, prometteva d'interporsi presso l'imperatore per la liberazione di lui, e con tali mezzi riusciva ad estorcere dal suo prigioniere ragguardevoli somme. Filippo Strozzi, sposo di Clarice de' Medici, nipote del magnifico Lorenzo, aveva contribuito al ritorno dei Medici nel 1530; aveva prestato danaro al duca Alessandro per fabbricare quella stessa rocca, ove si trovava chiuso, e non aveva abbandonato il partito di lui, che dopo avere provato come ogni grandezza, ogni vantaggiosa opinione, ogni indipendenza di fortuna, riuscivano sospette ad un assoluto padrone. L'immensa sua ricchezza non era la sola circostanza che richiamava sopra di lui gli sguardi dell'Europa; egli era rinomato pel suo sapere, pel suo gusto in fatto di arti e di letteratura, pel suo cortese contegno, per la generosità del suo carattere. Aveva date prove di quest'ultima coll'accoglimento che aveva fatto a tutta la famiglia di Lorenzino de' Medici, scacciata da Firenze e spogliata d'ogni avere. Aveva ricevuti la madre ed il fratello in propria casa, ed aveva maritate le due sorelle ai due suoi figliuoli, senz'altra dote che quella di appartenere al Bruto fiorentino[133].
Per qualche tempo Carlo V difese Filippo Strozzi contro la vendetta di Cosimo; all'ultimo, vinto dalle reiterate istanze del duca, acconsentì nel 1538, che questo illustre cittadino fosse posto alla tortura, ed in appresso mandato al supplicio; ma nello stesso giorno in cui giugneva a Firenze l'assenso dell'imperatore, ne fu dato avviso a Filippo Strozzi, il quale, temendo che il dolore lo riducesse ad accusare i suoi amici, si tagliò egli stesso la gola, dopo avere scritto sul muro della sua prigione quel verso di Virgilio: Exoriare aliquis nostris ex ossibus ultor! cui parve conformarsi l'intera vita di suo figlio Pietro, in appresso maresciallo di Francia[134].
Lorenzino de' Medici non si trovava cogli emigrati che s'innoltrarono fino a Montemurlo contro Cosimo: egli non ignorava d'essere nello stesso tempo perseguitato dal duca di Firenze e dall'imperatore, e che la sua vita era dovunque in pericolo. Perciò da Venezia, dove si era da principio riparato, passò in Turchia; di là tornò in Francia, ma non facendosi conoscere, e stando sempre in guardia contro le insidie; poi ritornò a Venezia, ove all'ultimo fu assassinato, nel 1547 col suo zio Soderini, per ordine di Cosimo[135].
Il nuovo duca di Firenze non si era per anco liberato che dai suoi nemici; ma non erano costoro ch'egli più temesse o più odiasse. Sapeva che mentre una repubblica non ha ragioni di temere coloro che l'hanno istituita o salvata, un tiranno può compensare i servigj, ma perdonare i beneficj non mai. Andrea Doria poteva tutto ripromettersi dall'amore e dalla riconoscenza de' Genovesi, ma Cosimo doveva sempre paventare coloro che avevano contribuito a collocarlo sul trono. E siccome questi non potevano essere persuasi d'avere fatta una buona azione, così non potevano in sè medesimi trovare la costanza di mantenerla. Cosimo colla battaglia di Montemurlo e col patibolo erasi di già liberato dalla maggior parte di coloro che nel 1530 avevano chiamata la casa de' Medici alla sovranità di Firenze; ma egli temeva inoltre coloro che direttamente gli avevano trasmessa l'eredità di Alessandro, e che credevano con tale segnalato beneficio d'avere acquistati diritti alla sua gratitudine; questa rivoluzione era stata l'opera del cardinale Cibo, di Alessandro Vitelli e di quattro Fiorentini, Francesco Guicciardini, Francesco Vettori, Roberto Acciajuoli e Matteo Strozzi; onde egli pensò a disfarsi a poco a poco ancora di questa gente.
Il cardinale Cibo si era presa la cura di educare i figli naturali di Alessandro. Scoprì, o credette di scoprire, che uno speziale, chiamato Biagio, era stato sedotto dai ministri del duca per avvelenare Giulio, il maggiore di que' fanciulli, e quello stesso ch'era stato a bella prima proposto per successore ad Alessandro. Egli ne fece lagnanza, e Cosimo si dolse ancora più altamente col cardinale di un'accusa, com'egli diceva, affatto calunniosa, tanto lo minacciò che lo costrinse a ritirarsi a Massa di Carrara presso la marchesa sua cognata[136].
Alessandro Vitelli aveva forzato il senato ad eleggere Cosimo col terrore de' suoi soldati, ed aveva in appresso consolidato il di lui trono colle vittorie. Vero è che se n'era fatto ampiamente pagare; che aveva ammassati grandissimi tesori in occasione delle rivoluzioni di Firenze; e che, quantunque bastardo della sua casa, era più ricco che i capi della linea legittima. Si era inoltre impadronito per sorpresa della fortezza di Firenze, e ne aveva dato il possesso all'imperatore piuttosto che a Cosimo. Questi si adoperò molto tempo invano per iscreditare il Vitelli presso l'imperatore; finalmente ottenne nel 1538 che gli fosse dato per successore don Giovanni de Luna nel comando della fortezza di Firenze, e ch'egli fosse allontanato da questa città[137].
I quattro senatori fiorentini che avevano innalzato Cosimo sul trono, sentivansi ad un tempo esposti al disprezzo ed all'odio dei loro compatriotti, ed alla gelosa diffidenza del tiranno, che li teneva lontani da tutti gli affari: costoro, abbandonati ai loro rimorsi, non tardarono a cadere vittime del loro pentimento. Francesco Vettori più non uscì dalla sua casa dopo la morte di Filippo Strozzi, con cui aveva avuta la più stretta famigliarità, per essere portato al sepolcro. Il Guicciardini ritirossi colmo di dolore nella sua villa, ove morì nel 1540 non senza sospetto di veleno. Roberto Acciajuoli e Matteo Strozzi lo seguirono in breve. Maria Salviati, madre di Cosimo, morì nel 1543. Francesco Campana, intimo di lui segretario, che aveva avuta grandissima parte nella di lui elezione, morì pure disgraziato; ed in allora Cosimo sentì finalmente che non aveva più amici e che cominciava a regnare[138].