Le scintille di libertà, che rimanevano tuttavia disperse in Italia, si andavano n poco a poco spegnendo. Negli stati del papa Ancona aveva conservata un'amministrazione repubblicana ed indipendente fino al mese d'agosto del 1532: essa godeva senza strepito di questa libertà, quando Clemente VII fece avvisati i magistrati di questa piccola città, che una flotta di Solimano, entrata nell'Adriatico, apparecchiavasi ad attaccarla; ed in pari tempo gli offrì l'ajuto di una piccola armata sotto gli ordini di Luigi Gonzaga. Gli Anconitani accolsero senza diffidenza le truppe del papa; ma queste, avendo occupati le porte, arrestarono tutti i magistrati, tagliarono la testa a sei di loro, disarmarono tutti i cittadini, fabbricarono una rocca sul monte San Ciriaco, e privarono la città di tutti gli antichi suoi privilegj[139].
La repubblica d'Arezzo, che era risorta in tempo dell'assedio di Firenze, non aveva durato lungamente. Dopo avere nudrita l'armata imperiale per tutto il tempo che Firenze si difese, dopo avere fatti i più grandi sagrificj, questa città fu ancor essa attaccata dai suoi vittoriosi alleati, ed il 10 ottobre del 1530 venne forzata a ritornare sotto il dominio dei Fiorentini[140]. Il conte Rosso di Bevignano, che aveva avuta tanta parte nella sollevazione d'Arezzo contro la repubblica fiorentina, e che così vigorosamente aveva assistiti Clemente VII ed i Medici, venne arrestato nello stato pontificio, dato nelle mani del duca Alessandro ed appiccato[141]. Cosimo I fece rifabbricare una rocca in Arezzo nel 1538, ed un'altra in Pistoja; fece disarmare gli abitanti delle due città, e si assicurò in tale maniera della loro sommissione[142].
La repubblica di Lucca tentava l'ambizione del nuovo duca di Firenze; egli la costrinse ad uscire dalla sua oscurità, approfittando di tutte le occasioni di offendere il di lei governo per trarla in una guerra che sperava di potere terminare colla conquista di quel piccolo stato. Si esercitarono più volte degli atti ostili tra i villani dei due dominj; e la gelosia e l'odio di vicinato scoppiarono tra di loro con un carattere che mai non avevano avuto fin ch'era durata la repubblica fiorentina. Ma i Lucchesi, conoscendo la loro debolezza, avevano riposta ogni speranza nella protezione dell'imperatore. Comperavano con ragguardevoli somme di danaro difensori nel di lui consiglio, ed in tal guisa evitarono un attacco cui probabilmente avrebbero dovuto soggiacere[143].
Furono più fortunati i progetti di Cosimo I sopra la repubblica di Siena. La prudenza, la dissimulazione e la costanza del duca trionfarono di una città indebolita da una lunga anarchia, e più ancora dalla contraria fortuna de' Francesi, che, strascinando la repubblica di Siena nel loro partito, la ruinarono coi medesimi loro soccorsi, come avevano già ruinati i Fiorentini abbandonandoli.
Sebbene la repubblica di Siena fosse da gran tempo attaccata alla parte imperiale, il trattato di Cambrai le aveva fatto, come a tutti gli altri stati dell'Italia, perdere la sua indipendenza. Carlo V la lasciava in preda senza rammarico a tutti gl'inconvenienti dell'anarchia, purch'ella gli desse una sufficiente guarenzia del costante suo attaccamento al partito imperiale. Altronde la corte, per via di quell'inclinazione naturale ai principi, ai cortigiani ed ai ministri, riservava all'aristocrazia sola tutti i suoi favori; e la repubblica di Siena, invece d'essere agitata, come nel precedente secolo, dalle tumultuose passioni del popolo, lo era allora dalle contese non meno sanguinose che violente delle grandi famiglie.
Il duca d'Amalfi, Alfonso Piccolomini, discendente da un nipote di Pio II, era stato prescelto mediante l'influenza dell'imperatore, in maggio del 1538, per capo della repubblica di Siena[144]. D'allora in poi era stato il principale agente di Carlo V presso di questo stato; ma perchè era egli medesimo poco capace di governare, erasi totalmente abbandonato ai consiglj di Giulio Salvi e de' sei fratelli di costui, la di cui famiglia si era sollevata ad un cotal grado di potenza e di arroganza, che sprezzava tutte le leggi ed assoggettava alla sua tirannide le sostanze, le mogli e le figlie dei cittadini. I Sienesi portarono le loro lagnanze all'imperatore, che ritornava dalla sua spedizione di Algeri; e Cosimo de' Medici diede a queste maggior peso, denunciando a Carlo V un supposto trattato, ch'egli pretendeva d'avere scoperto tra Giulio Salvi ed il signore di Montluc, in allora segretario d'ambasciata a Roma pel re di Francia. Lo scopo di questo trattato doveva essere quello di dare Porto Ercole in mano de' Francesi, di que' tempi in procinto di ricominciare la guerra contro l'imperatore, d'introdurli da quel porto in Toscana, di attaccare la repubblica di Siena alla loro alleanza, e di dar loro il mezzo in tal modo d'influire nuovamente negli affari d'Italia[145].
Infatti i Francesi cercavano avidamente l'occasione di rinnovare qualche negoziazione coll'Italia, e di ricuperarvi qualche considerazione; e l'imperatore si adoperava con egual zelo a precludere loro ogni comunicazione con que' piccoli stati. Carlo V incaricò il Granvella di riformare il governo di Siena; questi recossi in questa città colla guardia tedesca di Cosimo de' Medici; ed affidò la sovranità ad una balìa, o stretta oligarchia di quaranta membri, trentadue dei quali vennero nominati dai diversi Monti, ossia ordini de' cittadini, ed otto dallo stesso Granvella. La presidenza de' tribunali fu riservata ad un suddito dell'imperatore, da nominarsi ogni tre anni dal senato di Milano o da quello di Napoli. Tale era la libertà che Carlo V lasciava alle repubbliche sue più antiche alleate, quando acconsentiva di proteggerle[146].
Siena era scontenta assai di questa nuova costituzione, e senza le truppe che Cosimo I aveva ai confini, questa repubblica non avrebbe tardato ad iscuotere il giogo[147]. Nella guerra che si era riaccesa tra la Francia e l'impero, Pietro Strozzi e suo fratello Leone, priore di Capoa, sempre meditando di vendicare il loro padre Filippo e di rovesciare dal suo trono Cosimo I, cercavano una piazza d'armi in Toscana, ove potere unire i soldati che loro dava la Francia ai malcontenti sempre apparecchiati ad assecondarli. Lo stato di Siena sembrava loro eminentemente opportuno a ricevere i loro sbarchi; e perchè Francesco I aveva fatto contro Carlo V alleanza coll'impero turco, e che la flotta francese si univa tutti gli anni a quella del famoso Barbarossa, queste due flotte unite attaccarono più volte i porti dello stato sienese, ed all'ultimo il Barbarossa occupò nel 1544 Telamone e Port'Ercole, ed assediò pure Orbitello che gli fece resistenza. I Sienesi erano atterriti, vedendo i Turchi sbarcare sulle loro coste; pure loro riuscivano ancora più sospetti gli ajuti offerti da Cosimo I. Un tale stato di alterni sospetti e pericoli si protrasse fino al trattato di Crespi, del 18 settembre 1544, col quale per poco tempo si ristabilì la pace tra la Francia e l'impero[148].
Dopo la pace don Giovanni de Luna continuò a tenere a Siena una piccola guarnigione spagnuola sotto colore di mantenere l'ordine in città, ma infatto per mantenerla dipendente dal partito imperiale. Carlo V però mai non mandava danaro ai suoi soldati, ed in tempo di pace lasciava che vivessero a discrezione nelle province suddite o alleate, le quali perciò non soffrivano meno dalla crudele avidità degli Spagnuoli, che non un paese nemico in tempo di guerra[149]. Il malcontento cagionato dalle ruberie degli Spagnuoli era di già arrivato all'estremo, e venne accresciuto dal costante favore che don Giovanni de Luna, d'accordo con Cosimo I, mostrava all'aristocrazia. Volevano questi due che ogni potere fosse concentrato nella nobiltà e nel monte dei nove, che quasi colla nobiltà si confondeva; e mostravano agli altri ordini quel disprezzo che i borghesi soffrivano nelle monarchie. Il popolo, spinto agli ultimi estremi, sollevossi il 6 di febbrajo del 1545; furono uccisi circa trenta gentiluomini, e gli altri cercarono rifugio in palazzo presso don Giovanni de Luna. Cosimo I, che teneva le sue truppe apparecchiate ai confini per approfittare di questo tumulto, cui forse ebbe qualche parte, voleva che don Giovanni le lasciasse entrare in città; ma questi mancò di risoluzione o di antiveggenza; lasciò licenziare la propria guarnigione spagnuola, ed all'ultimo fu costretto ad uscire egli medesimo di Siena il 4 di marzo del 1545 con un centinajo di membri dell'aristocrazia; nello stesso tempo tutto il monte dei nove venne privato d'ogni partecipazione al governo[150].
Mentre che in Toscana omai più non restava orma dell'antica libertà, che tutta l'Italia aveva perduta la sua indipendenza, e che veruna potenza estera pareva in istato di soccorrerla, un gonfaloniere di Lucca formò l'audace disegno di richiamare in vita tutte quelle antiche repubbliche, di unirle con una confederazione, di scuotere il giogo dell'imperatore, in allora trattenuto in Allemagna dalla lega di Smalcalde, di schivare d'assoggettarsi a quello della Francia, e di riconquistare nello stesso tempo l'indipendenza dell'Italia, la libertà politica dei cittadini e la libertà religiosa, di cui ne aveva a Lucca inspirato il desiderio la predicazione della riforma. Francesco Burlamacchi, autore di questo progetto, era uno de' tre commissarj dell'ordinanza ossia milizia del territorio di Lucca. Aveva sotto il suo comando circa mille quattrocento uomini, e poteva portarli a due mila senza dare sospetto. Secondo l'usata pratica di ogni anno, contava di farli passare in rassegna sotto le mura di Lucca, e quando le porte della città si chiuderebbero dopo la rassegna, voleva sotto finto pretesto condurre la sua truppa, a traverso al monte di san Giuliano, a sorprendere Pisa che non aveva guarnigione, ed ove il comandante della rocca era con lui d'accordo; voleva rendere ai Pisani quella libertà per la quale avevano combattuto quarant'anni prima con tanto valore; unirli ai suoi Lucchesi per marciare insieme sopra Firenze, ed approfittare dell'universale malcontento dei popoli, e della sicurezza dei tiranni, per dilatare ovunque la rivoluzione. Un altro corpo di truppe doveva incamminarsi verso Pescia e Pistoja, ove lo spirito di fazione aveva mantenute le abitudini militari. Arezzo che di fresco aveva mostrato il suo attaccamento alle idee repubblicane, Siena che temeva il risentimento dell'imperatore, Perugia che nel 1539 aveva pure cercato di scuotere il giogo del papa[151], Bologna che lo sopportava impazientemente, dovevano entrare nella nuova lega, la quale doveva ad ogni città guarentire la rispettiva libertà e tutti i necessarj mezzi di resistenza. I due fratelli Strozzi avevano promessi trenta mila scudi in effettivo danaro, i soccorsi della Francia, e l'attiva cooperazione degli emigrati fiorentini; ma essi persuasero il Burlamacchi a differire l'esecuzione del suo disegno per aver tempo di conoscere i risultamenti della guerra incominciata dall'imperatore contro i protestanti della Germania: intanto un Lucchese, che i congiurati volevano associarsi, andò a Firenze a darne avviso al duca Cosimo I. Il Burlamacchi era in allora gonfaloniere; e sebbene la sua carica non potesse sottrarlo al gastigo meritato da una tanto ardita impresa, fatta senza l'assenso della sua patria, avrebbe ancora avuto tempo di fuggire quando seppe che il suo disegno era stato rivelato a Cosimo, se le generose cure ch'egli volle avere per alcuni emigrati sienesi che temeva di avere compromessi, e che lo denunciarono ai consiglj di Lucca, non fossero stati, trattenendolo, cagione del di lui arresto. Cosimo I persuase l'imperatore a domandare un prigioniere che aveva voluto sollevare tutta l'Italia. I Lucchesi non ebbero il coraggio di ricusarlo: e il Burlamacchi fu tradotto a Milano, posto alla tortura, poi condannato all'estremo supplicio[152].