Peraltro non così tosto il senato ebbe avviso delle minacce fatte da Buonaparte il di 31 maggio in Peschiera al provveditor generale Foscarini, si accorse che non vi era più tempo da perdere per apprestar le difese, non già per la terra ferma quasi tutta disarmata ed occupata dai repubblicani, ma almeno pel cuore stesso della repubblica, con assicurare tutte le parti dell'estuario con armi sì terrestri che marittime. Si è narrato, come il generale repubblicano avesse affermato, con modi peggio che amichevoli, che aveva ordine dal direttorio di ardere Verona e d'intimare la guerra ai Veneziani. A tale gravissimo annunzio, pervenuto celerissimamente per messo apposta spedito da Foscarini, si adunava il senato a tutta fretta e con voti unanimi decretava, si comandasse al capitano del golfo che si riducesse tosto con tutta l'armata della repubblica nelle acque di Venezia; si levassero incontanente in Istria, in Dalmazia ed in Albania in quanto maggior numero si potessero le cerne ed ai veneziani lidi si avviassero; i reggimenti stessi già ordinati, che avevano le stanze in quelle province, senza indugio alla volta di Venezia s'indrizzassero; si chiamassero nelle acque dell'Istria tutte le navi che si trovavano nell'Ionio sotto il governo del provveditor generale da mare e con queste anche le due destinate a portare il nuovo bailo della repubblica a Costantinopoli. Queste deliberazioni furono prese il dì primo di giugno. Siccome poi l'unità dei consigli è il principale fondamento dei casi prosperi, così trasse il senato, il dì 2 dello stesso mese, provveditor delle lagune e lidi Giacomo Nani, dandogli autorità e carico di armare nel modo che più acconcio gli paresse tutto l'estuario. Gli diede per luogotenente Tommaso Condulmer, affinchè avesse cura particolare delle navi sottili allestite per custodia dei lidi e delle bocche dei fiumi. Ebbero queste provvisioni del senato presto effetto; perchè in poco tempo si videro fortificati e presidiati i posti principali di Brondolo, Chiozza, Portosecco, San Pietro in Volta, San Nicolò di Lido, Malamocco. A Brondolo specialmente, dove mettono foce i fiumi Adige, Canalbianco e Brenta, furono fatti stanziare i bastimenti più sottili. Già arrivavano, siccome quelle che erano state mandate con molta sollecitudine, in Venezia e nei circonvicini luoghi le soldatesche del mare Ionio, dell'Albania, e della Dalmazia; piene ne erano le case, pieni i conventi dei lidi, piene le isole vicine alla metropoli. Perchè poi l'erario potesse bastare a questo nuovo stipendio, fu posta una tassa sui beni stabili di Venezia e del dogado a cui diedero il nome di casatico. Per cotal modo Venezia, spinta dalla vicina guerra, si apprestava a difendere l'estuario, nel quale consisteva la vita della repubblica.
Un famoso storico franzese dei nostri tempi, lasciandosi trasportare ad una parzialità tanto più degna di riprensione quanto è diretta contro il misero, si lasciò uscir dalla penna, troppo incomportabilmente scrivendo, che queste provvisioni del senato veneziano furono fatte prima delle minaccie dei Franzesi. Al che un altro non men famoso storico italiano giustamente si oppone in questo modo: «Eppure è chiaro e manifesto a chi vorrà solamente riscontrare le date che le provvisioni medesime furono fatte dopo ed a cagione delle minaccie intimate da Buonaparte al provveditor generale Foscarini: imperciocchè minacciò Buonaparte il dì 31 maggio, deliberò il senato il dì primo e secondo di giugno. Il perchè l'allegazione dello storico è contraria alla verità, e crudele a Venezia; che se poi egli pretendesse che Venezia, sentite le mortali minaccie di Buonaparte, non doveva armarsi, staremo a vedere s'ei dirà che la Francia non doveva armarsi sentite le minaccie di Brunswick e di Suwarow. Quanto poi ai sommi geografi così franzesi come italiani, i quali sostengono l'opinione del citato storico, saria bene che ci dicessero quale maggiore distanza vi sia, o qual maggiore difficoltà di strade tra Peschiera e Venezia che tra Parigi e Roano. Saria anche bene che ci dicessero, caso che nascesse oggi in Roano un accidente che minacciasse di totale ruina lo Stato della Francia, se il governo non delibererebbe in proposito il dimane a Parigi. Veramente quando l'uomo vuol impugnare la verità conosciuta, diventa ridicolo...........
«Il medesimo storico, a fine di pruovare la parzialità de' Veneziani verso l'Austria, narra come non così tosto dimostrò l'imperatore desiderio che la repubblica non conducesse a' suoi stipendii il principe di Nassau, il governo veneziano se ne rimase. Ma la verità è, che il consiglio di condurre il principe fu dato dal provveditor delle lagune Nani, e che questo consiglio era già stato rifiutato, non già dal senato, al quale non fu mai riferito dai Savi, ma sibbene dai Savi medesimi, molto innanzi che l'imperator d'Austria manifestasse il suo desiderio. Ma volontieri mi sono io indotto a parlare di questo fatto, perchè quando anche fosse vero, che è falso, non si vede come per una condiscendenza di Venezia verso l'imperatore si dovesse venire alla distruzione di lei.»
Al tempo stesso in cui il senato ordinava l'apparato militare delle lagune, temendo che la Francia s'insospettisse con credere ch'ei pensasse di portar più oltre di una legittima difesa, in caso di assalto, i suoi provvedimenti, scriveva un dispaccio al governo franzese, col quale andava esponendo che mentre la repubblica di Venezia se ne viveva tranquilla all'ombra della più puntuale neutralità e della sincera e costante sua amicizia verso la repubblica Franzese, erano gli animi del senato rimasti vivamente trafitti dal colloquio avuto dal generale Buonaparte col provveditore generale Foscarini, dal quale si poteva argomentare un'alterazione nell'animo del direttorio contro Venezia; che dal canto suo il senato si persuadeva di non aver dato occasione a tale alterazione: che era conscio specialmente di non meritare alcun rimprovero per l'occupazione di Peschiera contro di cui non era restato alla repubblica disarmata e solo fondantesi sulla buona fede delle nazioni sue amiche, altro rimedio che la più ampia e solenne protesta e la più efficace domanda della restituzione, siccome infatti non aveva omesso nel momento stesso di fare; potere lo stesso generale Buonaparte rendere testimonio dello aver trovato inermi e tranquille le città veneziane, e della prontezza con la quale i governatori veneziani ed i sudditi somministravano, anche in mezzo alle angustie dei viveri, quanto era necessario al suo esercito. Aggiungeva a tutto questo il senato, essere suo costante volere il conservare la più sincera amicizia colla Francia, e pronto a dare quelle spiegazioni ed a fare quelle dimostrazioni dei sentimenti proprii, che fossero in suo potere per confermare quella perfetta armonia che felicemente sussisteva fra le due nazioni.
Frattanto il ministro Lallemand, e questa fu una nuova ingiuria fatta a Venezia, domandava al senato perchè ed a qual fine si apprestassero quelle armi, come s'ei non sapesse che il perchè erano le minacce di Buonaparte a Foscarini, e che il fine era il difendersi in una guerra che lo stesso Buonaparte aveva dichiarato dover fare fra pochi giorni a Venezia. Si maravigliava inoltre il ministro che simili apprestamenti guerrieri allora non si fossero fatti quando instavano presenti gli Austriaci sul territorio della repubblica, come se egli non sapesse, che l'Austria non aveva mai minacciato di guerra Venezia come la Francia per mezzo di Buonaparte aveva fatto. Richiedeva finalmente si cessassero quelle armi dimostratici di una diffidenza ingiuriosa e contraria agl'interessi ed alla dignità della repubblica Franzese; il che significava che si voleva far guerra a Venezia, e che non si voleva ch'ella si difendesse.
Rispondeva pacificamente il senato, le armi che si apprestavano essere a difesa, non ad offesa; voler solo tutelare l'estuario, non correre la terra ferma; pacifica esser Venezia, volere vivere amicizia con tutti; in mezzo ad opinioni tanto diverse, a discorsi tanto infiammativi, a moltitudine sì grande di forastieri che abbondavano nella città, dovere il governo pensare alla quiete ed alla sicurezza del pubblico: a questo fine essere indrizzati i nuovi presidii ed a fare che, siccome l'intento suo era di non offendere nissuno, così ancora nissuno il potesse offendere: sperare che il governo franzese meglio informato dei veri sensi della repubblica, deporrebbe qualunque pensiero ostile contro di lei e persevererebbe, ora che la Francia tanto era divenuta potente, in quella stessa amicizia che il senato le aveva costantemente ed a malgrado di tutte le suggestioni ed instigazioni contrarie conservata, quando la Francia medesima era pressata da tutte le potenze d'Europa; che finalmente pel senato non istarebbe che un sì desiderato fine si conseguisse: a questo tutti i suoi pensieri, a questo tutti i suoi consigli, a questo tutte le sue operazioni dirizzare.
Mostravasi il ministro di Francia appagato della risposta, avendo affermato a Francesco Pesaro, destinato dalla repubblica a conferire con esso lui sulle facende comuni, ch'egli era grato al senato per la gentile e soddisfacente risposta fattagli; ch'ella non poteva essere nè più sincera nè più appagante; che incontanente l'aveva spedita a Buonaparte, e che sperava che una sì solenne manifestazione dei pubblici sentimenti avesse ad essere una pruova irrefragabile di quanto egli aveva sempre rappresentato: insomma egli si chiamava contento intieramente e tranquillo. A questo modo parlava Lallemand il 10 luglio; eppure questo medesimo giorno egli scriveva al ministro degli affari esteri a Parigi, che il senato armava gli stagni col fine di far odiar dal popolo i Franzesi; che il generale Buonaparte, richiesto di rimborsi, aveva con ragione risposto che i Franzesi erano entrati nei diritti dei Ferraresi sopra i paesi della repubblica, e che avevano per cosa propria Peschiera, Brescia e gli altri luoghi occupati. Tanta poi è la forza della verità anche in coloro che vorrebbero servire ad interessi contrarii, che il medesimo Lallemand, scrivendo pochi giorni dopo a Buonaparte, affermava che era verissimo che il governo veneziano si era mostrato molto avverso alla rivoluzione franzese ed aveva nutrito con molta cura nel cuore dei sudditi l'odio contro i Franzesi; ma che in quel momento era vero del pari che sincere erano le sue protestazioni di neutralità e di buona amicizia verso la Francia; che le male impressioni lasciavano poi luogo alla considerazione de' suoi veri interessi; che quanto all'armare, quantunque dubbiosi potessero essere i motivi, pareva a lui che, tale qual era, non potesse far diffidare della fede veneziana; che troppo le armi apprestate erano deboli da dare giustificata cagione di temere; che con gli occhi suoi proprii vedeva, che i preparamenti che si facevano, non avevano altro fine che di custodire le lagune ed i lidi vicini, e che insomma tutto quell'apparato non aveva in sè cosa che fosse ostile contro la Francia. Quest'era il testimonio di Lallemand che ocularmente vedeva. Pure gridossi per questo medesimo fatto dell'armamento delle lagune, guerra e distruzione a Venezia. Così Venezia, segno di tanti inganni, se armava era stimata nemica, se non armava, perfida; i tempi tanto erano perversi che anche in chi conosceva la verità, si annidava la calunnia; la pace non le era più sicura della guerra, nè la guerra della pace; l'estremo fatto già la chiamava.
Tali erano i pensieri e le opere di Buonaparte e del direttorio verso la repubblica di Venezia; ma questi insidiosi disegni furono interrotti da una nuova calata d'armi imperiali in Italia.
Sempre più si scoprivano i pensieri del vincitore generale della repubblica indiritti a turbare tutta l'Italia. Si è già descritto, come per quel principal fine dell'aver la pace coll'imperadore il direttorio di Parigi e Buonaparte, mandato Clarke, offerivano patti di diversa natura ora all'imperadore medesimo, ora alla repubblica di Venezia, ora a quella di Genova, ed ora al re di Sardegna. L'Austria, inquieta per le calamità a cui era stata sottoposta, non si mostrava aliena se non di conchiudere, almeno di negoziare, e per questo aveva mandato a Vicenza il generale San Giuliano, acciocchè si abboccasse con Clarke. Anche l'Inghilterra, mossa dal pericolo dell'imperadore e dalla forza della repubblica franzese, che ogni di più pareva insuperabile, si era piegata, benchè mal volontieri, a voler trattare, ed aveva mandato a questo fine lord Malmesbury in Francia. Tutti pretendevano voci di voler rimuovere tanto incendio dalla Europa afflitta e di aver a cuore lo stato salutifero dell'umanità. Ruppero questi negoziati le vittorie dell'arciduca Carlo in Germania, che compensarono le sconfitte di Beaulieu e di Wurmser in Italia. Imperò gli alleati si fecero più renitenti, e di nuovo convenne venire al cimento delle armi. Solo la Sardegna, che era ridotta piuttosto in potestà della Francia che nella propria, aveva concluso un trattato di lega difensiva, avendo il re costantemente ripugnato ad una lega offensiva a motivo della guerra imminente col papa; il quale trattato il direttorio non volle ratificare.
Adunque il direttorio, trovata tanta fermezza nell'Austria, nell'Inghilterra e nel papa, che continuamente si preparava alla guerra, e dubitando che questo modo potesse estendersi più oltre, perchè non si fidava di Napoli, si consigliava di voler provare se il timore delle rivoluzioni potesse sforzare i potentati a far quello che il timore dell'armi non aveva potuto.