Sono altre volte banchi a fior d'acqua, o poco sotto il livello della superficie, pericolosissimi ai naviganti, della stessa natura degli atolli e delle scogliere, vale a dire fatti da animaletti della famiglia di quelli che producono il corallo, onde il nome di polipi coralligeni che venne loro dato. Furono poi chiamati in particolare madrepore certi polipi che costituiscono la maggior parte di quelle formazioni, che perciò furono chiamate formazioni madreporiche in generale, isole e scogliere madreporiche e banchi madreporici.
Fin dal 1702 un viaggiatore inglese, del resto poco conosciuto, il signor Strachan, aveva osservato come i coralli riescano a formare grandi masse di rocce. Giovanni Rinaldo Forster, l'ingegnoso compagno di Cook, nel 1780 dimostrò positivamente che un grande numero di isole del mare del sud devono la loro esistenza a grandi agglomeramenti di coralli. Poco dopo questa dimostrazione fu confermata e sviluppata da Flinders e da Peron.
Due errori si produssero contemporaneamente a quella dimostrazione di un fatto vero.
Quei primi osservatori credettero e fecero credere che le formazioni madreporiche si incominciassero a produrre a grandi profondità sottomarine salendo poi a mano a mano fino alla superficie e abbastanza rapidamente. Questa credenza diede luogo a strani timori. Si calcolò che in un dato tempo una grande parte dello spazio occupato dalle acque marine avrebbe finito per essere riempita dalle formazioni madreporiche, e che le acque avrebbero quindi dovuto riversarsi e sommergere isole e continenti producendo modificazioni profonde sulla superficie della terra e nella vita delle piante, degli animali e dell'uomo. Ciò ora è dimostrato falso. Gli scandagli praticati dagli ufficiali del Beagle e riferiti dal Darwin, che ne fu testimone oculare, dimostrano che la profondità consueta al disotto della superficie dove i polipi coralligeni cominciano le loro costruzioni è a diciotto metri. A trentasei metri se ne trova appena traccia, non se ne trova più traccia al disotto di cinquantaquattro metri.
L'altro errore fu la credenza che i polipi facciano le loro costruzioni per mettersi al riparo dei marosi e campar quetamente dalla parte di dentro dell'atollo, mentre appunto è vero l'opposto.
Per spiegare il modo della formazione degli atolli si suppose che essi fossero venuti su sopra i crateri di monti vulcanici sottomarini. La forma cerciniforme dei crateri, costituiti appunto da un anello incompiuto, o, come si disse, in foggia di ferro di cavallo, e la forma somigliante degli atolli, spiegano come siasi potuto fare una tale supposizione, che si trova anche nelle prime edizioni dei principii di geologia di Carlo Lyell.
Questa supposizione, siccome ha dimostrato il Darwin, non regge quando si consideri la forma e la mole di alcuni atolli, il numero, la vicinanza, la posizione relativa di altri; così:
«L'atollo Svadiva ha il diametro di 44 miglia geografiche in una linea e 34 in un'altra; Rimacko è lungo 54 miglia con 20 di larghezza, e ha un margine stranamente foggiato; l'atollo Bon è lungo trenta miglia e in media è largo solo sei miglia, l'atollo Munchiroff è fatto di tre atolli uniti o attaccati insieme. Questa teoria, inoltre, è al tutto inapplicabile agli atolli settentrionali Maldiva nell'oceano indiano (uno dei quali ha 88 miglia di lunghezza e 10 a 20 di larghezza), perchè non sono circondati come gli atolli soliti da strette scogliere, ma da moltissimi e piccoli atolli separati fra loro; altri piccoli atolli sporgono dalle grandi lagune centrali.»
Nessuno aveva cercato poi, mentre tutti si occupavano degli atolli, di spiegare la formazione delle scogliere madreporiche e dei banchi.
Il Darwin studiò diligentissimamente le formazioni madreporiche così numerosamente sparse lungo la via tenuta dal Beagle, e cercò dopo il suo ritorno tutti i possibili documenti intorno a quelle che egli non aveva vedute, ma che altri aveva visitato e descritto; dall'esame diligente e profondo fatto, venne nella conclusione che sostanzialmente la causa principale di tutte le formazioni madreporiche, atolli, scogliere, banchi, fosse un lento abbassamento del suolo per modo che, mentre il suolo andava scendendo, i coralli si andassero elevando. Questa sua teoria egli corredò di tante dimostrazioni e di tante prove che quando nel 1842 pubblicò in proposito il suo volume intitolato Coral reefs, avvenne un fatto veramente raro, questo cioè, che subito i geologi accettarono la sua spiegazione la quale, salvo piccole e non sostanziali modificazioni, corre anche oggi.