Giustiniano, è vero, poteva esser lieto d'aver trionfato nella questione dei Tre Capitoli, essendo riuscito a farli condannare dal Papa; ma era ben lungi dall'avere ottenuto lo scopo finale che s'era prefisso, giacchè egli non aveva guadagnato alla sua causa un solo Monofisita, e s'era invece sempre più alienato l'animo delle popolazioni italiane. La lotta religiosa da lui provocata aveva inoltre messo in chiaro, che sotto i Bizantini il Papa non era, non poteva essere libero. Per sei anni infatti Vigilio era stato costretto a fermarsi in Costantinopoli, dove risiedeva il Patriarca a lui avverso, ed era stato malmenato dall'Imperatore, che lo aveva trattato come un suo dipendente.
Certo la condotta di papa Vigilio era stata poco onorevole, e risultò a grave danno della Chiesa, che dopo di lui soffrì circa un mezzo secolo d'oscurità e di decadenza fino a che non venne a sollevarla Gregorio Magno. Ma in tutto ciò il procedere di Giustiniano fu assai imprudente, e causa non ultima della caduta del dominio bizantino in Italia e della venuta dei Longobardi. Il vero è che egli voleva ricostituire l'unità dell'Impero, ed i papi volevano invece fondare l'unità e l'autorità universale della Chiesa cattolica; ma nessuno di questi due disegni poteva essere pienamente attuato, perchè l'Oriente doveva politicamente e religiosamente separarsi dall'Occidente.
Già da gran tempo Giustiniano, chiuso nel suo studio, era talmente immerso nelle sue sottigliezze teologiche, che avrebbe per esse abbandonato anche quella guerra d'Italia, con tanto ardore da lui intrapresa, ma che con grande spargimento di sangue, con crudele rovina delle misere popolazioni, era durata assai più a lungo, che egli non avrebbe mai pensato. Se non che da tutte le parti gli si facevano premure, perchè conducesse una volta a compimento la restaurazione dell'Impero, e molti emigrati erano dall'Italia stessa venuti per deciderlo a ciò. Il problema principale per lui era allora: trovare un generale in capo, cui affidare quella unità di comando così necessaria a condurre con fortuna la guerra. A Belisario, dopo gli ultimi fatti, non era più da pensare. Elesse quindi Germano suo nipote che, avendo sposata una nipote di Teodorico, vedova di Vitige, pareva dovesse ispirare qualche simpatia anche nei Goti. Egli era ricco di suo, e per poter condurre la guerra ebbe a sua libera disposizione la cassa dell'Impero. Ben presto si vide quindi da ogni parte accorrer gente sotto le sue bandiere, non esclusi anche alcuni Goti. Ma quando aveva raccolto in Dalmazia buon numero d'armati, ed era pronto a partire, fu colpito dalla morte. L'esercito rimase perciò a svernare presso Salona (550-551).
Totila aveva intanto assediato Ancona, città assai importante per gl'Imperiali, massime quando avessero voluto fare uno sbarco dalla Dalmazia nell'Italia centrale. E per questa ragione il generale Giovanni, uomo ardito ed ambizioso, che assai bene conosceva l'Italia ed i Goti, si decise, non ostante gli ordini avuti in contrario, a muoversi dalla Dalmazia per tentar di liberare quella città dalla parte del mare. Messosi quindi d'accordo con Valeriano, che era a Ravenna, riunirono i loro navigli, e nelle acque di Sinigaglia s'affrontarono con la flotta dei Goti, i quali sul mare non avevano potuto mai tener testa ai Bizantini, e la distrussero affatto, rimanendo padroni dell'Adriatico, che liberamente poterono percorrere. I Goti allora, levato l'assedio da Ancona, si ritirarono in Osimo, e Totila s'indusse a far nuove proposte di pace, dichiarandosi pronto a lasciare la Dalmazia e la Sicilia all'Impero, cui avrebbe anche pagato un tributo, riconoscendone la superiore autorità. In questo modo, egli diceva, si sarebbe impedito che tutto finisse a vantaggio dei Franchi, i quali occupavano sempre parecchi punti importanti nell'alta Italia. Ma ormai ogni discussione era vana, perchè Giustiniano aveva già nominato il nuovo generale in capo nella persona di Narsete (551).
Questo celebre eunuco aveva allora circa settantatrè anni, era curvo e piccolo della persona. Fino a sessant'anni era stato sempre nell'amministrazione, acquistando in essa gran nome e grande perizia. Estremamente accorto ed ambizioso, era cattolico ardente, ed aveva la reputazione d'essere sotto la diretta protezione della Vergine, per la quale professava un culto speciale. Giustiniano, col suo istinto divinatore, lo aveva nominato generale la prima volta, quando era già arrivato a sessant'anni, senza aver mai avuto occasione di dare una prova qualunque delle grandi qualità militari che poi mostrò di possedere, e delle quali nessun altro s'era fino allora accorto. Mandato in Italia quando v'era sempre Belisario, non aveva potuto allora far conoscere il suo valore, perchè, venuto subito in urto col comandante in capo, aveva più che altro recato danno all'esito della guerra. Pure dimostrò un singolare ascendente non solo sui soldati, ma anche sui generali suoi compagni d'arme. Questo valse sempre più a confermar l'Imperatore nella grande opinione che di lui s'era come per istinto formata. E perciò lo mandava ora nuovamente in Italia, generale in capo, a rialzare le sorti della guerra e dell'Impero. Narsete, che era anch'egli ricchissimo, e sapeva come cavar danari dall'Impero, pensò innanzi tutto di porre insieme un grosso esercito, non parendogli punto sufficiente quello che era stato già riunito in Dalmazia. Fece quindi leva di uomini a Costantinopoli, nella Tracia, nell'Illirico. Raccolse anche 2500 Longobardi, i quali menaron seco altri 3000 armati, ed erano comandati da Audoino, padre di quell'Alboino, che sedici anni più tardi occupò coi suoi l'Italia; raccolse 3000 Eruli; ebbe a suo comando Gepidi, Unni, perfino Persiani. E con queste genti si recò nella Dalmazia, per unirsi a coloro che già v'erano, ordinarli, organizzarli tutti, e partire poi per l'Italia.
Sebbene gl'Imperiali fossero ora padroni dell'Adriatico, pure non avevano naviglio capace di trasportare un grosso esercito. In ogni caso dava pensiero il pericolo d'una possibile tempesta o d'un improvviso assalto dei nemici contro navi da trasporto, cariche d'uomini e di materiale da guerra. Narsete decise quindi d'avanzarsi per terra, lungo la costa, accompagnato per mare da navi con vettovaglie, e di esse si giovò anche per traversare i grossi fiumi come il Tagliamento, l'Isonzo e la Brenta. Continuando il suo cammino, evitò i luoghi fortificati, e le terre occupate dai Franchi. Verona, che era tenuta dai Goti, sotto il comando del valoroso generale Teja, si trovava assai lontana. E così gl'Imperiali poterono arrivare sicuri fino a Ravenna, poi a Rimini, ove, disfatta una parte della guarnigione che uscì a sfidarli, ucciso il generale che la comandava, continuarono verso il sud per la via Flaminia. L'abbandonarono però nel punto in cui essa, allontanandosi dal mare, ripiega verso l'Appennino, che traversa al passo detto del Furlo o di Pietra Pertusa. È questo una specie di tunnel naturale, fortificato e tenuto allora dai Goti, difficilissimo quindi a sforzarlo. Narsete lo evitò, proseguendo la sua marcia lungo il mare, e volgendo poi a destra, raggiunse di nuovo la via Flaminia. Passato che ebbe l'Appennino, pose il campo là dove si distende una vasta pianura, tra Scheggia e Todino, che distano fra loro circa quindici miglia: ivi dette la sua prima grande battaglia.
Totila si trovava allora presso Roma, aspettando che le genti di Teja lo raggiungessero. Ed arrivata che fu la più parte di queste genti, s'avanzarono insieme contro gl'Imperiali, sebbene li sapessero in forze preponderanti. Narsete, esaminato il luogo, mise un manipolo di 50 uomini sopra un piccolo colle da lui riconosciuto come il punto strategico del campo. Quei pochi militi, durante una giornata intera, difesero il colle con un valore, con un eroismo degno degli antichi Romani, respingendo i ripetuti assalti della cavalleria gota. Narsete aveva messo nel centro i barbari, dei quali poco si fidava, ordinando che, scesi da cavallo, combattessero a piedi, acciò più difficilmente, per paura o tradimento, potessero darsi alla fuga. A sinistra ed a destra erano i Romani, ed in ciascuna delle due ali si trovavano 4000 arcieri che, contro l'uso adottato da Belisario, combattevano anch'essi a piedi. Cinquecento cavalieri erano a sostegno dell'ala sinistra, distendendosi verso il colle, che abbiam visto già occupato come punto strategico del campo. Mille altri cavalieri eran tenuti in riserva, pronti ad ogni evento.
Il concetto di Narsete era: attendere l'assalto del nemico, il quale, trovando più debole il centro, avrebbe contro di questo diretto lo sforzo maggiore, e così, avanzandosi, sarebbe stato facilmente circondato dalle due ali. Totila che aveva allora indugiato, per aspettare altri aiuti da Teja, giunti che furono gli ultimi 2000 uomini, cominciò la battaglia. Gli arcieri imperiali fecero grande strage dei Goti. I Longobardi e gli Eruli, dopo un momento di esitazione, assalirono anch'essi con gran vigore il nemico, che volse le spalle. E la cavalleria gota, su cui Totila aveva fatto il maggiore assegnamento, si dette a così precipitosa fuga, che molti dei fanti morirono calpestati dai cavalli. Egli stesso, ferito gravemente, si dovè ritirare dal campo, e morì nella capanna d'un villaggio, detto allora Caprae, ora Caprara, a quindici miglia dal luogo della battaglia, fra Gubbio e Tadino (552).
I barbari dell'esercito imperiale, sopra tutto i Longobardi, insofferenti della disciplina, si dettero ad ogni eccesso, saccheggiando, bruciando le capanne dei contadini, violando le donne, suscitando un tale malcontento, che Narsete, il quale non era di certo nè mite, nè pietoso, si dovette decidere a disfarsi dei Longobardi. Mediante buona somma di danaro li indusse quindi a tornarsene a casa, col loro seguito, per la via delle Alpi Giulie, accompagnati da Valeriano. Questi voleva nel ritorno assediare Verona; ma vi si opposero i Franchi, che occupavano molte terre nella parte orientale della regione transpadana, e che agl'Imperiali preferivano i Goti, più deboli assai ed aspramente combattuti ora nell'Italia meridionale. Oltre di che, avendo i Goti appunto consentito che i Franchi occupassero le terre che ora tenevano in Italia, poteva a questi sembrare atto di buona e leale politica il favorirli, ben inteso, fino a quando il proprio interesse non avesse consigliato altrimenti. Valeriano perciò, non volendo suscitare una seconda guerra, quando non era anche finita la prima, si fermò, cercando solo d'impedire che i Goti, i quali s'andavano raccogliendo sempre più numerosi nel nord, andassero verso Roma a rinforzare i loro compagni d'arme ora che nuovi scontri parevano inevitabili al sud. Dopo la disfatta e la morte di Totila, essi s'erano andati adunando a Pavia, la quale sin da quando perdettero Ravenna, era divenuta una delle loro principali città, e colà elessero a loro re il valoroso Teja, che venne accettato con favore universale. Questi cercò subito d'assicurarsi la sempre incerta amicizia dei Franchi; ma riuscì solo ad ottenere che restassero neutrali, ed anche ciò l'ottenne abbandonando ad essi il tesoro dai re Goti raccolto a Pavia. Certo ai Franchi metteva conto di starsene ora a guardare, aspettando che i due rivali si consumassero a vicenda, per dar poi addosso al vincitore.
Intanto le città dell'Italia centrale e meridionale s'arrendevano rapidamente ai Bizantini. Così fecero Narni, Spoleto, Perugia, così fece anche la guarnigione di Pietra Pertusa. Narsete già camminava verso Roma, occupata dai Goti, i quali s'erano concentrati presso la Mole Adriana, che Totila aveva fortificata. Essi non erano in numero tale da poter difendere le mura della città, ma gl'Imperiali non erano sufficienti a circondarla. Si venne perciò da capo ad una serie d'assalti e difese alla spicciolata, fino a che uno dei capitani di Narsete, essendo riuscito a scalar le mura in un punto dimenticato, potè aprire le porte ai suoi, che entrarono rapidamente. I Goti si dettero allora alla fuga, e quelli che erano chiusi nella Mole Adriana, poco dopo s'arresero. Così furono di nuovo mandate a Giustiniano le chiavi di quella Roma invitta, che cinque volte, sotto questo solo imperatore, era stata presa e ripresa.