A questi tempi Marc'Antonio Flaminio erasi reso celebre per la sua letteratura, e per la famosa traduzione del Salterio in versi latini. Questi avendo inteso i talenti ed i progressi di Galeazzo, e ch'era disposto ad abbracciar la Riforma, gli scrisse una dotta lettera, nella quale per maggiormente animarlo a risolversi, fra le persone illustri che annoverò d'averla abbracciata, non si dimenticò di D. Vittoria Colonna Marchesa di Pescara. In tanto per li spessi viaggi, che Galeazzo faceva in Germania, veniva maggiormente ad istruirsi colla lettura di nuovi libri, che Lutero, ed i suoi seguaci incessantemente davano in Sassonia ed altrove alle stampe; e passando per Strasburg, s'incontrò con Pietro Martire, col quale riconosciutosi, ebbe lunghi colloqui e si determinò d'abbracciarla. Tornato in Napoli, pensò indi partire, per pubblicamente professarla altrove, e non farvi più ritorno; e celando al Padre ed alla moglie questo suo proponimento, raccolto qualche contante, che non oltrapassò la somma di duemila ducati, partì finalmente da Napoli a 21 marzo del 1551 d'età di 34 anni abbandonando Padre, Moglie, Figliuoli, onori, ricchezze e tutte le comodità di una Casa cotanto agiata ed illustre. Arrivato ad Ausburg, dove l'Imperadore si trovava, lo servì in Corte, fin che ivi dimorò; ma passando l'Imperadore a' 26 maggio del medesimo anno a Paesi Bassi, non volle seguirlo; sicchè Cesare partendo, egli prese il cammino verso Genevra, dove arrivò agli 8 di giugno. Quivi non trovò alcuno di sua conoscenza; eccetto, che a capo di due giorni arrivò colà un Gentiluomo di Siena nominato Lattanzio Rognoni, che l'avea conosciuto In Napoli. Questi per lo stesso stimolo di cambiar Religione erasi ritirato a Genevra, dove avendo dato sufficienti saggi de' suoi progressi, fu impiegato ne' seguenti anni al Ministero della Predicazione nella Chiesa degl'Italiani stabilita in Genevra da Galeazzo, come si dirà più innanzi. Fermatosi adunque Galeazzo in questa città, abiurò l'antica e professò la nuova Religione Riformata, e deliberò far quivi domicilio. Prese tosto amicizia con Giovanni Calvino, che la continuò fin'all'anno 1564, nel quale Calvino finì di vivere. Ebbe costui tanta stima e rispetto di Galeazzo, che ristampando i suoi Commentarj sopra la prima Lettera di S. Paolo a' Corintj, in questa seconda Edizione, li dedicò a Galeazzo; siccome si legge dalla sua lettera latina de' 23 gennaro 1556, premessa a questa seconda Edizione, nella quale cotanto commenda la sua fermezza e costanza di non lasciarsi smuovere dalla presa risoluzione, animandolo a non curare ciò, che il Mondo ignorante di se ragioni; ma di contentarsi avere Iddio per spettatore della sua probità.
La novella della venuta di Galeazzo a Genevra, e d'essersi quivi fermato, e d'aver mutata Religione, riempì la Corte dell'Imperadore e tutto il Mondo, e spezialmente Napoli di maraviglia e stupore. Il Marchese di Vico suo Padre, sua Moglie, figliuoli e tutti i Napoletani restarono attoniti.
Il Padre gli spedì un Giovane suo parente per ridurlo; ma giunto che fu costui a Genevra, con tutti i suoi sforzi, preghiere e lusinghe non potè smoverlo: sicchè essendosi affaticato in vano, se ne ritornò a Napoli infruttuosamente. Intanto non meno il Fisco Regio di Napoli, che la Congregazione del S. Officio di Roma, cominciarono a fabbricar processi contra Galeazzo. Ma quello che maggiormente angustiava l'infelice padre era, che dal Fisco se gli minacciava la confisca de' beni, con intento di dichiarare incapaci i suoi nepoti, figliuoli di Galeazzo della successione dei Feudi, dopo sua morte, a cagion del delitto di lesa Maestà Divina del loro padre, che inabilitava anche i figliuoli alla successione; sicchè il dolente Marchese per riparare un colpo sì fatale per la sua discendenza risolvè portarsi a piedi dell'Imperadore e ricorrere alla clemenza del medesimo per liberarsi dalla molestia fiscale. Risoluto adunque di partire, e dovendo passare per Venezia, fece intendere a Galeazzo, che desiderava nel passaggio vederlo: al che egli non ripugnando, fu destinata la città di Verona per l'abboccamento; avendogli il padre per indurlo a venire con sicurezza fattogli spedire salvo condotto dalla Republica di Venezia. Partì adunque Galeazzo da Genevra a' 29 di aprile del 1553 preparato a sostener gli assalti del Padre, a' quali andava incontro. Si videro e parlarono lungamente insieme. Il Marchese adoperò ogni arte ed industria, dissegli il pericolo nel quale eran i suoi figliuoli d'essere esclusi dalla successione de' suoi feudi, ma tutto indarno: onde vedendo di non poterlo rimuovere, lo pregò che almanco non ritornasse in Genevra, ma si fermasse in Italia nello Stato Veneto, ove sarebbe sicuro, finchè egli trattasse nella Corte dell'Imperadore di poter mettere in salvo i suoi figli. In questo Galeazzo l'ubbidì, e si fermò a Verona, dove si trattenne sino ad agosto: nel qual mese ebbe riscontro, che il Marchese dalla clemenza di Carlo V avea ottenuto quanto desiderava per i suoi nepoti. Mentre Galeazzo dimorava in Verona, Girolamo Fracastoro celebre Medico, Filosofo e Poeta di quei tempi volle provare se per mezzo della sua fama e dottrina potesse ridurlo: lusingandosi di poter con suoi argomenti convincerlo. Ma si adoperò indarno: Galeazzo stette fermo e deluse le speranze di Fracastoro. Tornato adunque a Genevra stabilì in questa Città la Politia Ecclesiastica per le famiglie Italiane. Andò poi in compagnia di Calvino a Basilea, e ridusse Massimiliano de' Conti Martinenghi di Brescia, e tornato a Genevra, con l'approvazione del Magistrato stabilì il Corpo della Chiesa Italiana con i suoi regolamenti, alla quale il Conte Massimiliano fu eletto primo Ministro, il quale predicava in lingua Italiana: onde rimane ancora l'istituto di farsi ivi le prediche in lingua Italiana.
Essendo stato nel 1555 eletto Pontefice Paolo IV fratello dell'Avola sua materna, il marchese padre concepì qualche speranza, che col favore del medesimo potesse ottenere al Figlio, non pur perdono, ma grazie per i di lui figliuoli: ma dovendosi cominciare dalla riduzione di Galeazzo, gli scrisse che dovendo fare un viaggio per Lombardia, si facesse trovar a Mantova per vederlo. Galeazzo fidando a se stesso, volle pure ubbidirlo, e partendo da Genevra a 15 di giugno, si portò a Mantova, ove trovò il Marchese Padre, il quale promettendogli molti favori, che avrebbe dal nuovo Papa conseguiti, se ritornasse nel primiero ovile, almanco riguardasse il bene che si sarebbe fatto a' propri figliuoli, i quali non potevano certamente profittarsi della parentela del Papa, avendo il padre eretico. Lo pregò, lo scongiurò, ma al fine vedendo la fermezza di Galeazzo, proruppe alle maledizioni ed alle onte, e tornossene in Roma, e narrando al Papa l'infruttuoso suo viaggio, in Napoli fece ritorno.
Galeazzo parte anche egli da Mantova, e va a Ferrara, dove per mezzo di Francesco Porto (uomo celebre per erudizione, il qual fu poi professore di lingua Greca nell'Accademia di Genevra) fu introdotto a far riverenza alla Duchessa di Ferrara, Renée de France figliuola del Re Lodovico XII, la quale gli dimandò di Calvino, volle esser intesa della Chiesa Italiana istituita in Genevra, e di vari articoli di Religione, e de' punti più principali di controversie.
Fin qui Galeazzo mostrando sua fermezza dava a tutti meraviglia di sua costanza; ma da ora avanti dava stupore; poichè vedendo il Marchese Padre, che egli nulla profittava, sapendo il debole di Galeazzo, il quale teneramente amava D. Vittoria sua moglie, fece che la medesima cominciasse a dargli stimoli, e mettesse in opra ogni industria e lusinga per ridurlo. Cominciò ella a più frequentemente scrivergli, aggiungendo lettere sopra lettere, ed ambasciate sopra ambasciate; alla fine gli scrisse che ardeva di desiderio di vederlo, e perciò che s'eleggesse una città de' Veneziani più prossima al Regno, dov'ella si sarebbe portata. Vinto Galeazzo dalle preghiere della moglie, fu di comun consenso eletta Lesina Isola della Dalmazia, ovvero Schiavonia nel Mar Adriatico appartenente a' Veneziani, la quale è posta dirimpetto a Vico Baronia del Marchese suo Padre. Andò Galeazzo a Lesina, aspettò lungo tempo D. Vittoria, la quale non comparve; onde pien di collera se ne tornò in Genevra. Appena che fu quivi arrivato, ecco che viene nuovamente sollecitato da D. Vittoria, pregandolo che si portasse colà, perchè ella in tutte le maniere dovea parlargli per uno scrupolo, che inquietava la sua coscienza; ed adduce più scuse, perchè non potè andare a Lesina.
Galeazzo si arrese, e partì di nuovo da Genevra li 7 di marzo del 1558, ed andò a dirittura a Lesina. Arrivato colà ebbe subito avviso, che il Marchese suo Padre, D. Vittoria e suoi Figliuoli s'erano frettolosamente portati a Vico, onde concepì speranza, che dovessero colà portarsi. Ma ebbe poi Lettere con nuove preghiere, che non avendogli attesa la parola un Nobile Veneziano, il quale l'avea promesso di portarla co' suoi figliuoli a Lesina dentro una Galea della Repubblica, lo pregavan di venire egli a Vico, dove l'aspettavano.
Galeazzo per gran desiderio di veder sua moglie si arrischia d'andare a Vico; qual risoluzione non fu approvata da' savj per non esporsi a' pericoli ed a nuovi assalti, che dovea superare: arrivò dunque a Vico, dove in quel Castello fu ricevuto con segni di molto giubilo da tutti. Il Padre cominciò a persuaderlo; ma vedendo che niente profittava proccurò che D. Vittoria gli dicesse, che il suo Confessore per scrupolo di coscienza le avea detto, che non poteva aver più con lui commercio, se non lasciava l'eresia. Galeazzo non per ciò si scosse, ma con intrepidezza grande gli rispose, ch'era contento del divorzio, e cominciò a parlar di partire. Quando videro ciò, cominciarono il Padre, la Moglie ed i Figliuoli, che se l'inginocchiarono avanti, a piangere, e ad usar ogni sforzo per ritenerlo. Non fu possibile. Egli partì frettolosamente, ed arrivò a Lesina e di là passò a Venezia, indi alla Valtellina a Chiavenna, e si restituì a Genevra.
Poco dopo Galeazzo consultò con Calvino del divorzio; ma Calvino non volle esser solo a risolverlo: fece che si consultasse il caso con altri Ministri nei Svizzeri e Grigioni, sopra tutti con Pietro Martire Vermiglio che si trovava allora a Zuric, e si mandarono a tutti lettere circolari. Unitosi il Concistoro Ecclesiastico, ed anche il Magistrato secolare, fu risoluto che potesse Galeazzo divertire dalla prima moglie, ed avesse libertà di contrarre nuovo maritaggio con altra.
Questo caso fu consultato con i migliori Teologi di que' tempi; ed il famoso Girolamo Zanchio di Bergamo, Professore di Teologia a Strasburgo nell'ottavo tomo delle sue opere porta le ragioni di questo divorzio. Portò la congiuntura, che in Genevra pure per causa di Religione erasi ritirata una Dama Franzese di Rouen chiamata Anna Fremery, vedova, ed in età di circa 40 anni: adunque a' 16 di Gennaro del 1560 Galeazzo si maritò colla medesima: colla quale visse in una perfetta concordia ed unione.