Intanto il Duca d'Alba se ne veniva per soccorrere Civitella con ventimila fanti e duemila cavalli, con apparecchio sufficiente di munizioni e d'artiglierie, ed entrato a Giulia Nova s'attendò dodici miglia lontano dalla Piazza: alla fama della venuta di questo Capitano con sì poderoso esercito, Pietro Struzzi non perdè tempo di consigliare al Duca di Guisa, che sciogliesse l'assedio: onde dopo il travaglio di 22 giorni, verso la metà di maggio fu quello sciolto, ritirandosi il Duca ad Ascoli, seguitato dal Vicerè, il quale entrato nelle terre del Papa, occupò Angarano e Filignano.
Mentre queste cose accadevano in Apruzzo, Marcantonio Colonna con non minore felicità s'avanzava in Campagna di Roma; poichè avendogli il provido Vicerè mandati in soccorso tremila Tedeschi, de' seimila venuti coll'armata del Doria, prese la Torre vicino Palliano, Valmontone e Palestrina, e pose in fine l'assedio alla Fortezza di Palliano. Le genti Papali tentavano di soccorrerla, ed uscirono a quest'effetto da Roma il Marchese di Montebello e Giulio Orsini con quattromila fanti Italiani, duemila e due cento Svizzeri, ch'erano stati assoldati dal Vescovo di Terracina, alcune compagnie di cavalli e molti carri di vettovaglie per provvedere la Piazza; ma sopraggiunto al Colonna un nuovo soccorso di Tedeschi Spagnuoli, ed uomini d'arme, che dopo la liberazione di Civitella gli erano stati mandati dal Vicerè, si fece incontro al nemico; da picciole scaramucce si venne in fine al fatto d'arme, nel quale rimasero le genti del Papa rotte e dissipate, e Giulio Orsino ferito, fu fatto prigione[138]. Marcantonio sapendosi ben servire della vittoria, procedè innanzi; espugnò Rocca di Massimo, ed occupò Segna, senza tralasciare l'assedio di Palliano[139].
Il Papa allora sbigottito da questo successo, vedendo l'inimico avvicinarsi troppo, chiamò il Duca di Guisa alla difesa di Roma; ma il Duca d'Alba, lasciate ben munite le frontiere del Regno, e qualche numero di soldatesche al Marchese di Trivico, per guardar que' confini, passò anch'egli nella Campagna di Roma. Alloggiò tutto l'esercito sotto le mura di Valmontone, donde se ne passò alla Colonna, e volendo porre Roma in timore, spinse la notte precedente al giorno de' 26 agosto, sotto il comando d'Ascanio della Cornia, trecento scelti archibugieri, con una scorta di soldati a cavallo, e con buona provvisione di scale, affinchè assaltassero le mura di Roma vicino Porta Maggiore, e proccurassero d'impadronirsi di quella Porta, nel tempo istesso, ch'egli con tutto l'esercito sarebbe sopraggiunto per favorire l'impresa. Ma svanì il disegno, per aver ritardata la spedizione una lenta pioggia, che impedì i fanti quella notte di potersi avvicinare alle mura di Roma; onde sopraggiunto il giorno, furono costretti a ritirarsi subito, per non esporsi, faticati dal notturno viaggio, a combattere con le milizie franzesi, alloggiate nelle circostanti Terre.
Quando in Roma videro i perigli esser così vicini, cominciaron tutti ad esclamare contro al Papa, ed a far sì, che si trattasse d'accordo, e si proccurò la mediazione de' Principi vicini a trattarlo; furono per ciò impegnati il Duca di Fiorenza e la Repubblica di Venezia, i quali portarono i loro ufficj al Re Filippo II per indurlo alla pace. Il Re Filippo allora, che per la vittoria ottenuta contro a' Franzesi nella giornata di San Quintino, stava ben pago e soddisfatto d'aver contra i medesimi presa vendetta, come Principe pio, e che mal volentieri sofferiva questa guerra, rispose alla Repubblica Veneta, dandole parte della vittoria di S. Quintino, ed insieme dichiarando, che non fu mai sua voglia di continuar guerra contro alla Chiesa e che molto volontieri accettava la sua mediazione, acciò che s'interponesse per la pace tra 'l Pontefice e 'l Vicerè, soggiungendole, che quante volte fosse insorta nel conchiuderla qualche controversia, avesse ella preso l'assunto di superarla; giacchè si rimetteva a quanto avesse ella determinato. Scrisse parimente al Vicerè con questi medesimi sentimenti, imponendogli di soddisfare al Pontefice in tutto quello, che avesse desiderato, purchè non ne sentissero pregiudicio i suoi interessi, nè quelli de' suoi servidori ed amici. All'incontro il Papa, vedendo l'esito della guerra poco felice, e che il Re di Francia, per quella gran rotta ricevuta presso S. Quintino, richiamava il Duca di Guisa d'Italia con le genti che aveva, dandogli libertà di pigliar quel consiglio, che gli paresse per se più utile[140]; vedendo svanita l'invasione del Regno, e ridotte di nuovo l'arme sopra le Terre dello Stato Ecclesiastico, non si mostrò punto alieno come prima, d'acconsentire alla pace; voleva però, che si fosse conchiusa con riputazione della Sede Appostolica, e che in tutti i modi il Duca d'Alba dovesse andar personalmente a Roma a dimandargli perdono, e ricever l'assoluzione, dicendo che più tosto voleva veder tutto il Mondo in rovina, che partirsi un filo da questo debito; che non si trattava dell'onor suo, ma di Cristo, al quale egli non poteva nè far pregiudicio, nè rinunziarlo.
Il Cardinal di Santa Croce, veduta l'inclinazion del Papa, spedì tosto Costanzo Tassoni al Duca di Fiorenza, ed al Vicerè Alessandro Placidi, affinchè il trattato si cominciasse, e mandò parimente al Vicerè le proposizioni fatte dal Papa, le quali si riducevano, oltre a venir il Duca a dimandargli perdono, a dimandare la restituzione dell'occupato; promettendo egli all'incontro di licenziare i Franzesi, e perdonare l'ingiurie ricevute.
Il Duca d'Alba, che non avea ancora esperienza della gran differenza, ch'è tra 'l guerreggiar con gli altri Principi e con gli Papi, co' quali finalmente niente si guadagna, anzi si perdono le spese, sentendo queste proposizioni, s'alterò non poco, rispondendo, essere tanto stravaganti, che peggiori non si sarebbero potute fare da un vincitore al vinto. Ma la Repubblica di Venezia, che con molto vigore avea intrapresa la mediazione, per persuadere il Duca alla pace, spedì al medesimo a quest'effetto un suo Segretario; dall'altra parte si mossero da Roma Cardinali Santa Fiore, e Vitellozzo Vitelli per trattarla col Vicerè[141]. Vi si portò ancora il Cardinal Caraffa, il qual fu ricevuto dal Duca con grand'onore nella Terra di Cavi, dove dibattutosi l'affare per alquanti giorni, finalmente a' 14 settembre fu la pace conchiusa, con queste condizioni.
Che il Vicerè in nome del Re Cattolico andasse in Roma a baciare il piede a sua Santità, praticando tutte le sommessioni necessarie per ammenda dei disgusti passati; e che il Papa all'incontro dovesse riceverlo con viscere di clementissimo padre.
Che il Pontefice dovesse rinunziare alla lega fatta col Re di Francia, con rimandarne i Franzesi, e dovesse in avvenire far le parti di padre e di comun pastore.
Che si restituissero Anagni e Frosolone e tutte le Terre occupate della Chiesa, e vicendevolmente tutte l'artiglierie che dall'una parte e dall'altra fossero state prese nel corso di questa guerra.
Che si rimettessero da amendue le parti tutte le pene e contumacie incorse da qualsivoglia persona o Comunità, eccettuandone Marcantonio Colonna, Ascanio della Cornia ed il Conte di Bagno, i quali dovessero rimanere nella lor contumacia a libera disposizione del Pontefice[142].