Sotto il Regno d'Aragona comprese i Regni di Valenza, di Catalogna, di Napoli, Sicilia, Sardegna e le Isole Baleari, Majorica e Minorica.
Sotto quello di Portogallo, comprese Algarbe, le Regioni e le città in Affrica, l'Isole e gli altri paesi nel Mare Orientale.
Parimente istituì erede l'istesso Filippo nel Ducato di Milano e nelle Dizioni di Borgogna, ripetendo la clausola, che tutti questi Regni interamente cedano al primogenito suo erede, nè che in alcun caso possano dividersi, separarsi, ovvero pignorarsi, eccettuatone quando ciò si faccia per contratto celebrato dalle corti del Regno, secondo la forma prescritta dal Re Giovanni II, in Valladolid nell'anno 1442, e poi confermata da' Re Ferdinando ed Isabella ed ultimamente dall'Imperador Carlo suo padre, parimente in Valladolid nell'anno 1523.
Mancando Filippo senza figliuoli, gli sustituì Isabella sua figliuola, e questa parimente accadendo morire senza prole, le sustituisce Caterina e i di lei figliuoli col medesimo ordine, li quali mancando, sustituisce Maria Augusta sua sorella e i di lei figli col medesimo ordine: e finalmente, questi mancando, sustituisce colui, che dalla legge sarà chiamato alla successione, purchè però questi fosse vero Cattolico, nè macchiato di eresia, ovvero di quella sospetto[360].
Dall'unione di questi Regni ne eccettuò le Dizioni di Borgogna, sotto il nome delle quali intese la Contea, il Principato di Lucemburg e Limburg, Namur, Artois, l'Annonia, la Fiandra, Brabante, Malines, la Zelandia, Olanda, Frisia e la Gheldria, le quali all'Infante sua figlia avea destinate per dote. Per ultimo, per evitare i pericoli degl'Interregni sotto i Tutori e Reggenti, rinnovò ne' suoi Regni la legge e stabilì, che subito che il Principe successore giunga all'età di quattordici anni, si abbia come maggiore e che per se medesimo possa amministrare il Regno.
Due anni da poi, trovandosi nel Monistero di S. Lorenzo, ordinò un codicillo, nel quale confermando il testamento prima fatto, fra le altre cose raccomandò, che le sue ragioni sopra il Regno di Navarra e sopra Finale, occupato da lui non guari innanzi nel Genovesato, si rivedessero esattamente da uomini probi e periti, e trovatele forse di poco momento, affin di quietarsi la sua coscienza, si pensasse all'emenda. Nel medesimo codicillo fu destinata Gregoria Massimiliana, figliuola di Carlo Arciduca d'Austria per moglie a Filippo erede; ma questa essendo morta dopo pattuite le nozze, fu la sorella Margarita assunta in suo luogo. Parimente fu destinata l'Infante Isabella per moglie ad Alberto d'Austria, assignandosele per dote la Fiandra.
Narra il Presidente Tuano[361], che oltre di questo codicillo, si parlava ancora d'avere egli lasciati alcuni secreti precetti e ammonizioni trascritte da molte note, le quali, ordinò nel medesimo codicillo, doversi abbruciare dopo la sua morte. Infra gli altri ingenuamente confessava aver egli inutilmente consumati più milioni, nè altro averne ritratto, che il solo Regno di Portogallo, il quale reputava colla medesima facilità potersi perdere, colla quale fu perduta la speranza concepita dell'acquisto del Regno di Francia: per ciò ammoniva suo figliuolo, che stesse vigilante negli interessi de' vicini Regni e secondo le risoluzioni di quelli prendesse consiglio: che per ben governare la Spagna attendesse a due cose, alla civile amministrazione, con tenersi ben affette la Nobiltà e l'Ordine Ecclesiastico, ed alla navigazione dell'Indie: proccurasse unione e concordia co' Principi vicini, poco fidando ne' lontani. Imponeva al primogenito che sopra tutto coltivasse amicizia stretta co' Pontefici Romani, fosse a quelli riverente ed in tutte le occasioni si mostrasse apparecchiato a sovvenirgli. Si conciliasse l'amore de' Cardinali, che dimoravano in Roma, affinchè per mezzo di quelli nel Concistoro e nel Conclave acquistasse autorità. Si conciliasse parimente l'amore de' Vescovi della Germania, ed avesse pensiero, che le pensioni che loro si somministravano, non per Cesare o per li suoi Ministri, ad essi si distribuissero, come prima, ma si servisse in tutto dell'opera de' proprj Ministri. Lo persuadeva in fine, che richiamasse dalla Francia, ove era esule, Antonio Perez e lo facesse ritirare in Italia, con legge però, che non mettesse il piede nè in Ispagna, nè nelle Fiandre.
Con queste disposizioni e ricordi, morto Filippo, fu il suo cadavere con poca pompa seppellito nella Chiesa di S. Lorenzo, vicino al corpo della Regina Anna sua ultima moglie, come egli avea prescritto. E nel medesimo giorno il Re Filippo, che di qui avanti lo diremo III, scrisse al Pontefice, dandogli con molte lagrime insieme ed ossequio, avviso della morte del Re suo padre, chiedendogli in tanta mestizia qualche suo conforto, e due giorni da poi partì con la sorella e si portarono in Madrid, mentre s'apparecchiavano ivi le esequie con regal pompa e fasto. Il giorno di San Lucca nel Convento di S. Girolamo s'erse il mausoleo: ed assisterono a questi lugubri uffici il Re e la sorella: gli Ambasciadori del Papa, di Cesare e del Senato di Venezia: gli Ordini delle Religioni militari: i Reggenti de' Consigli di Castiglia, d'Aragona, dell'Inquisizione, d'Italia, dell'Indie ed altri Signori e Grandi di quella Corte.
In Napoli giunse la mestissima novella di sua morte nel principio d'ottobre di quest'istesso anno 1598, ed il Re Filippo III non mancò di scrivere agli Eletti di lei avvisandogli, com'era piaciuto al Signore di chiamare al Cielo suo padre, e però voleva, che con l'usata fede attendessero al suo servizio, eseguendo quanto in suo nome avesse loro comandato il Conte di Olivares, che confermava suo Vicerè e supremo Ministro, com'era stato fin allora del Re suo padre. Si congregarono per ciò i Baroni nel regal Palagio con la maggior parte della Nobiltà ed Ufficiali, dai quali accompagnato a' 11 del medesimo mese d'ottobre cavalcò il Vicerè per Napoli, e coll'usate cerimonie e solennità si gridò il nuovo Re per tutta la città e principalmente nelle cinque Piazze de' Nobili ed in quella del Popolo. Il giorno appresso si vide tutta la città in lutto e s'ordinarono dal Vicerè superbi funerali. Si diede ordine, che il mausoleo s'ergesse nella Chiesa Cattedrale, dove si dovessero celebrare l'esequie con pompa regale e conveniente ad un tanto Principe. L'ultimo di gennajo del nuovo anno 1599 fu il dì destinato a tanta celebrità, nella sera del quale si cominciarono, e finirono nella mattina del dì seguente con tanta magnificenza e pompa, che Napoli non ne vide altra volta nè pari, nè maggiori: fu data dal Vicerè la cura d'attendere all'invenzioni ed agli ornamenti, così del mausoleo, come anche della Chiesa ad Ottavio Caputi di Cosenza, il quale, oltre avere adempite le parti a se commesse, diede poi alle stampe un volume, dove minutamente furono queste pompe funerali descritte, colle composizioni, che vi s'affissero di varj ingegni Napoletani, e per la maggior parte de' Gesuiti, presso i quali allora era in Napoli quasi che ristretta la letteratura.
Il Re Filippo II, non meno che i suoi Luogotenenti, per li quali e' governò questo Regno, lasciò a noi molte utili e provvide leggi, che per lo corso di quarantaquattro anni del suo Regno, secondo le varie occasioni, egli mandò a dirittura di Spagna, perchè fossero osservate, essendo cominciate sin dal primo anno 1554, quando gli fu fatta la cessione dall'Imperador Carlo suo padre, e per tutto il penultimo anno del suo Regno 1597, le quali possono osservarsi nella Cronologia prefissa al tomo primo delle nostre Prammatiche.