E corse a Venezia, ove ebbe il comando supremo dell'esercito. Pareva in sulle prime che sui campi di battaglia esultasse la vendetta italiana. I volontari toscani due volte presso Mantova respingevano le sortite nemiche: i piemontesi vincevano a Goito e a Pastrengo: Vicenza si difendeva e ributtava gli assalti eroicamente: i lombardi ricacciavano gli austriaci fino al Trentino. E molte delle province lombarde e venete univano i propri destini a quelli del Piemonte.
Anche l'Assemblea di Venezia fu chiamata a decidere sulle sorti della metropoli.
Il Manin, ripudiante da ogni aiuto di re, era fidente nelle sole forze del popolo. Non era ancora in lui chiaro il concetto unitario, che alla sua vigorosa mente balzò luminoso nella solitudine dell'esilio. Era soprattutto veneziano, con l'anima tutta assorta nel bel sogno glorioso della vecchia repubblica. Ma s'egli rifuggiva dall'omaggio cortigiano, non sentiva ira di settario. Si mostrò irresoluto, e fu la sola volta nel suo breve ma gagliardo governo.
Ma come giudicare con i criteri dell'oggi le idee d'allora? Chi, anche fra le intuite idealità lontane, avrebbe mai potuto sognare un istante, che dopo pochi anni sarebbe incominciata l'età dei prodigi, e che un gran Re, bene innestato sull'arbore italico, raccolta la infranta corona a Novara, avrebbe fatto passare incolumi, a traverso la bufera della rivoluzione, le libere istituzioni; avrebbe fatto uscire il magnanimo concetto del Mazzini dai recessi delle congiure ai campi di battaglia, e con l'aiuto di un eroe popolare, la cui figura sembra rapita al poema d'Omero, di un uomo di Stato, che sembra modellato nella creta onde Tacito plasmò le sue figure immortali, avrebbe riunita la penisola tutta da un estremo all'altro sotto una sola bandiera?
Non opponendosi all'unione col Piemonte, il Manin confessò di fare un sacrifizio. Si mise il partito dell'annessione e fu vinto con voto quasi universale. Il Manin rieletto ministro, rifiutò.
Gli austriaci intanto ridivenuti padroni di quasi tutto il Veneto, s'erano accampati sui margini della laguna per costringere Venezia a darsi per fame.
Pepe conduceva tratto tratto i suoi soldati al paragone delle armi con gente usa alla guerra.
In tali combattimenti di lieve momento si addestravano le armi inesperte dei volontari, quando giungevano infauste notizie.
Carlo Alberto, sconfitto a Custoza, abbandonava senza difesa Milano, dove il Radetzky, il 6 agosto, rientrava con 30,000 uomini. Dopo tre giorni si firmava l'armistizio Salasco, per cui l'esercito e l'armata sarda abbandonavano al nemico anche Venezia.
Il popolo veneziano, guidato dal Sirtori e dal Mordini, scese allora tumultuante sulla piazza, al grido di Abbasso il governo regio, e ricorse al Manin, che parve ancora il genio custode della città.