I Valdesi però eran più radicali dei Ghibellini, e benchè si dicessero e credessero nel cuor loro sinceri cattolici, pure interpretavano la parola evangelica in senso molto più rigido ed unilaterale che non fosse consentito dalla tradizione cattolica, e si attribuivano il diritto di predicarla senza averne ricevuto alcun mandato dalle autorità ecclesiastiche. Ben per tempo quindi furono ripresi dal vescovo di Lione e dal papa Alessandro III, e più tardi Lucio III li scomunicò, nè Innocenzo III revocò il decreto del suo predecessore. Espulsi così dalla Chiesa, i Valdesi non potevano continuare se non a patto di scegliere nel proprio seno chi facesse le veci dei sacerdoti cattolici. E così semprepiù allontanandosi dall'ortodossia, proclamavano aver la facoltà di spezzare il pane eucaristico chiunque di loro sia di cuor puro, e in luogo della confessione auricolare valer meglio una confessione in pubblico a tutta la comunità dei fedeli; non essere necessario un luogo speciale per rivolgere la sua preghiera al Cielo; e infine anticipando la riforma, negavano potersi il sacrifizio eucaristico applicare ai defunti, e toglievano di mezzo il purgatorio. Per tal guisa l'eresia valdese tornava non meno pericolosa della catara, e si diffondeva da per tutto con maggiore facilità.
Contro tutte queste eresie, la catara, l'arnaldistica, la valdese, non valevano più nè le vecchie armi delle scomuniche e degli interdetti, nè le nuove ancor più terribili della tortura, del rogo. Più si perseguitavano gli eretici, e più si ringagliardiva la loro fede, e molti andavano incontro alla morte lieti e cantando degli inni, come nei primi tempi delle persecuzioni cristiane. Per vincere o almeno svigorire la propaganda di questi intrepidi e convinti novatori, bisognava opporle un'altra propaganda non meno operosa ed efficace. Non era più il caso di chiudersi nel silenzio degli eremi o nella quiete dei conventi. Per combattere le dottrine degli eretici bisognava imitarne le pratiche e le virtù ed accettare la povertà evangelica da loro inculcata, e ramingare come loro, accattando dovunque la vita e dovunque predicando la parola del Vangelo. Così nacquero gli ordini mendicanti. Il primo a bandire come suprema regola la povertà assoluta fu San Francesco di Assisi, il fondatore di un nuovo sodalizio di frati, che per umiltà si dissero minori, ma ben presto per i servigi resi alla Chiesa apparvero maggiori fra tutti. E certo il prestigio di questi nuovi apostoli della povertà fu tale, che anche altri ordini religiosi ebbero ad adottarne le massime. E si dichiararono mendicanti i seguaci di San Domenico o frati predicatori, che da principio avevano abbracciata la regola agostiniana; mendicanti i diversi ordini, che da Alessandro IV furono riuniti in un solo sotto il nome di Eremiti di Sant'Agostino; mendicanti infine i Carmelitani, il cui ordine fondato nel 1156 dal crociato Bertoldo, nel 1245 trasformò i suoi romitaggi in cenobii. Nella vita povera ed umile parve in quei giorni consistere la perfezione evangelica, e si faceva a gara a chi potesse condurla con maggior rigore.
Ma non diversamente da tutti gli altri ideali anche quello della povertà assoluta doveva rompere contro non pochi ostacoli. E l'ordine religioso, che più tenacemente degli altri gli restò fido, ebbe a patire i più crudeli disinganni, e ne andò travolto in dissensi e lotte funeste, le quali composte per poco dall'autorevole voce di San Francesco, non tardarono a divampare alla di lui morte, e più ancora al tempo del generalato di frate Elia. Questi, già stato vicario di San Francesco nel governo dell'ordine, volle erigere in onore di lui un tempio che per mole e splendore vincesse tutti. E radunate le offerte, che piovevano in gran copia da ogni parte della Cristianità, dette così vigoroso impulso ai lavori, che in breve tempo sorse quella mole grandiosa, detta a ragione il tempio dell'arte rinata. Ivi infatti l'architettura seppe trarre dallo stile gotico nuovi e meravigliosi effetti; ivi Cimabue dipinse quegli affreschi, che segnarono il principio della riscossa contro le tradizioni bizantine e gli detter fama di tener lo campo nella pittura; ivi Giotto tentò più arditi voli, sì che la fama di colui oscura. Ma le meraviglie dell'arte nuova non sedussero gli entusiasti della povertà, che se avessero potuto avrebbero colle loro stesse mani distrutto quell'insigne monumento, dove tante ricchezze di marmi o d'oro eran profuse. E fieramente rimproveravano a frate Elia di essersi allontanato dalla regola di San Francesco, che vieta rigorosamente il lusso così nella cella dei frati come nella casa del Signore; e di avere accettato lasciti e doni, vietati ai seguaci del santo mendico, e allentati i freni della disciplina, permettendo ai frati di non vestire il saio di tela di sacco, sdruscito e rattoppato, e di aver gettato via il bastone del pedestre pellegrino, per cavalcare su ben pasciute e ben bardate giumente. Così si formarono nel sodalizio francescano due partiti, l'uno degl'intransigenti, l'altro dei moderati; l'uno che volea rispettata la regola nella sua rigidità, l'altro che permetteva temperamenti secondo i bisogni e le convenienze dell'ordine. La lotta fra i due partiti fu lungamente e fieramente combattuta. Il moderato rimproverava all'intransigente di mirare alla rovina dell'ordine, il quale se avesse acconsentito a seguitare la vita oscura dei primi tempi, sarebbe stato ben presto sopraffatto dagli ordini rivali, non guardanti così per la sottile. E il partito intransigente di rimando ritorceva il rimprovero contro i suoi avversarii, accusandoli di togliere all'ordine il suo carattere proprio, e quell'aureola di santità, di povertà e di umiltà, principale cagione delle sue fortune. I moderati che alla salute dell'ordine del convento principalmente intendevano, presero il nome di Conventuali, gl'intransigenti, quando le dottrine dell'abate Gioacchino furon da loro conosciute ed adottate, presero altro nome. Perchè secondo le divinazioni a cui accennammo del profeta calabrese il mondo deve passare per tre età, la prima fu il regno del Padre, la seconda è quella del Figlio, la terza sarà dello Spirito Santo. Nella prima dominava l'antica legge, legge del terrore e dell'odio tra i popoli di cui un solo era l'eletto e gli altri consacrati all'ira di Jeova; nella seconda domina la nuova legge di carità e di fratellanza, ma più a parole che a fatti; nella terza infine la nuova legge riporterà il suo pieno trionfo e sarà intesa non secondo la lettera ma nel vero suo spirito. Gli uomini, che pur vivendo nella seconda età anticipano nei loro costumi e coi loro voti la futura, debbono a ragione dirsi spirituali. E spirituali si chiamarono gl'intransigenti francescani.
Non occorre dire che questi intransigenti si misero con molto amore a studiare e commentare le opere principali di Gioacchino. E uno di loro, fra Gherardo di San Donnino, non senza la collaborazione di un generale stesso dell'ordine, fra Giovanni da Parma, le ripubblicò a nuovo con introduzione e commenti addimandandole con nome non ignoto a Gioacchino, l'Evangelo eterno, vale a dire l'Evangelo inteso nel suo vero spirito, e che non perirà come quello letterale dell'età seconda. Questi nuovi intransigenti, che mescolavano le dottrine della povertà assoluta con le mistiche dell'abate Gioacchino, miravano come si vede ben più alto degli antichi. Perchè Gioacchino avea profetato essere per cessare nella terza età tutte le distinzioni tra clero e laicato, e tutti i figli d'Adamo dover comporre una società sola informata alla più austera castità e alla povertà più rigorosa. Dalle quali profezie gl'intransigenti minoriti non tardarono a inferire che fra non molto la regola loro, distendendosi ed imperando su tutti, avrebbe trasformato la cristianità intera in un vasto cenobio francescano. Fortuna per noi che il profeta calabrese e i suoi seguaci non ebbero la vista lunga, e che il loro sogno non s'avverasse nè nel 1260, l'anno fatale indicato da Gioacchino, nè per i secoli che gli successero; e non è probabile per fermo che sia mai per avverarsi.
Ammesse queste idee apocalittiche, non parrà strano che dal labbro dei minoriti uscissero contro il clero le stesse rampogne che correvano di bocca in bocca fra gli eretici del tempo. E la Chiesa se ne insospettì, nè solo condannò l'Evangelo eterno, ma fece rinchiudere il suo autore in una perpetua prigione, e il generale frate Giovanni, deposto dal suo ufficio, fece relegare come in esilio in un lontano ed ignorato monastero. Ma non per questo furono soppresse le idee spiritualistiche, le quali ebbero nuovi e arditi difensori in frate Pier di Giovanni Olivi per la Provenza, e per l'Italia in frate Ubertino da Casale, quello stesso ricordato da Dante, là ove dice il vero religioso francescano non essere
... nè da Casal nè d'Acquasparta
Là onde vengono tali alla scrittura
Che l'uno la fugge, l'altro la coarta.
Dante librandosi sui due partiti opposti, lo spirituale rappresentato da Ubertino, e il moderato dal generale Matteo d'Acquasparta (più tardi cardinale e legato del papa a Firenze) li condanna entrambi. E giustamente mette le surriferite parole in bocca a Bonaventura, perchè questo santo francescano, successo nel generalato a fra Giovanni da Parma, fu capo d'un terzo partito, che accettava in parte le dottrine sulla povertà assoluta, ma respingeva affatto le idee Gioacchinitiche e le conseguenze che ne derivavano. A questo partito si accostarono in Italia alcuni degl'intransigenti medesimi, i quali, sebbene anch'eglino avessero fede nelle profezie di Gioacchino, le mettevano in seconda linea, e quello su cui fortemente insistevano era soltanto la stretta osservanza della regola. E non che pretendere che tutto il mondo abbracciasse l'assoluta povertà, confessavano invece che una gran parte dei minoriti stessi non si sarebbe mai piegata ad adottarle. Domandavan quindi d'essere riconosciuti come una corporazione a parte, e sottratti al dominio dei conventuali. Così la pensavano alcuni frati di Toscana capitanati da frate Enrico di Ceva, ed altri di Romagna guidati da fra Liberato e frate Clareno. E par che tutti fossero conosciuti sotto il nome di fraticelli, in quanto per umiltà e nello spirito della regola francescana si credevano ancor minori dei minori, e portavano degli abiti corti o di rozzo panno, e vivevano una vita austera di stenti e di sacrifizii.
In seguito alla quale scissura l'ordine francescano andò diviso non più in due ma in tre parti: i moderati o Conventuali, i seguaci dell'Olivi o Spirituali, e i seguaci di frate Enrico e di fra Liberato o fraticelli. Il destino di questi partiti fu diverso. Quando dopo alternative di trionfo e di disfatte gl'intransigenti furono percossi fieramente da papa Giovanni XXII, che ordinò di sottoporli all'Inquisizione e di punire i ricalcitranti col rogo, la maggior parte dei frati si disdisse. Non in tutti era la stoffa eroica dei quattro di Marsiglia, arsi vivi nel 1317 per non aver voluto sconfessare le loro dottrine, e a poco a poco le credenze spiritualistiche cessarono nel primo ordine francescano, ma si conservarono intere nel terzo, i cui membri vivendo nel seno delle proprie famiglie erano meno esposti ai sospetti ed alle minacce.