Alina Mazurkiewicz doprowadziła do włazu na Wareckiej tylu rannych, ilu przejęła wtedy na Starówce. Dwudziestu pięciu.
Ewakuacja Mokotowa jednak wyglądała inaczej niż na Starówce. W związku z ogromnym tłokiem i otwarciem bocznych kanałów szybko uformował się jeden, niekończący się pochód, rozrywany eksplozjami granatów, spychany na boki, blokowany przez tych, którzy już nie chcieli iść, tamy budowane ad hoc przez Niemców i wreszcie — przez sprzeczne plotki, rozkazy, wieści. Płk. „Karol” w kanale pod ulicą Górnośląską spotkał idący mu naprzeciw niewielki, około trzydziestoosobowy oddział Tadeusza Perdzyńskiego „Tomira”160 wysłany jako odsiecz dla Mokotowa wraz z rozkazem od „Montera”, żądającym kategorycznego przerwania ewakuacji kanałami i powrotu na Mokotów w celu obrony na miejscu. To wprowadziło dodatkowy chaos, ponieważ część Powstańców zawróciła kanałami na Mokotów, część zaczęła szukać innych dróg dojścia do Śródmieścia. „Karol” podjął decyzję o kontynuacji odwrotu i wyszedł z kanału włazem u zbiegu ul. Wilczej i Al. Ujazdowskich. Generał Antoni Chruściel „Monter” nie przyjął żadnych ustnych wyjaśnień od dowódcy Mokotowa i zażądał natychmiastowego wejścia z powrotem do kanału wraz z wysłaną na pomoc grupą „Tomira”. Do dowódcy reszty sił mjr „Zrywa” na Mokotowie jeszcze o 13:00 27 września dochodzi depesza via Londyn ze Śródmieścia:
„Wstrzymać ruch do Śródmieścia. Dowódca Wasz i Komendant stąd wraca. Będziecie się bronić na Mokotowie w pozycjach dotąd trzymanych. Wachnowski”.
Płk. „Karol” wszedł z powrotem do kanału. W kanale doszło do spotkania ze skrajnie wyczerpaną grupą pod dowództwem ppłk Pawła Zagórowskiego „Góry”161, który przekazał informację — był to już 27 września — że Mokotów kapituluje. Faktycznie od 8:00 trwały uzgodnienia kapitulacyjne, mimo tego, że walki trwały do 13:30. Grupa płk „Góry” była ostatnią zorganizowaną grupą, jaka dotarła do Śródmieścia po blisko dwudziestotrzygodzinnym błądzeniu w kanałach. Razem z nią zawrócił płk. „Karol”. „Monter” będzie próbował oddać go pod sąd wojskowy, do czego ostatecznie nie dojdzie, ale zła opinia o obronie Mokotowa zostanie. Nikt z obrońców Mokotowa nie dostanie w czasie wojny awansu ani odznaczenia.
Kanałami z Mokotowa do Śródmieścia dotrze około 950 osób. Nie wiadomo, ile osób rozpoczęło te drogę i pozostało w kanałach na zawsze jako zaginieni w czasie walki. W kanałach błąkały się grupy oszalałych ludzi, którzy mieli halucynacje, strzelali do siebie nawzajem, obrzucali się granatami, nawoływali, śmiali, płakali, a konstrukcja kanałów wzmacniała te odgłosy. Dochodziło do przypadków indywidualnych i zbiorowych samobójstw. Dwie grupy Powstańców błądzące w kanałach około godziny 10:00 27 września znalazły się pod terenem zajętym przez Niemców w okolicach ulicy Dworkowej. Początkowo Niemcy zaczęli wrzucać do kanału granaty, ale potem nad włazem kanału pojawiła się dłoń z białą chustką. Pierwszego Powstańca, który wyszedł z kanałów, Niemcy zastrzelili na miejscu, kolejnych pobili, następnie oddzielili kobiety i cywilów od żołnierzy, którym kazali klęknąć na skarpie przy ul. Dworkowej. Podobno jeden z żołnierzy miał się rzucić na niemieckiego konwojenta z okrzykiem „Nie dajmy się zarżnąć jak barany!”, na co Niemcy otworzyli ogień i zamordowali wszystkich, około 140 jeńców, w tym co najmniej 4 kobiety. 40 ocalałych osób, głównie łączniczki i sanitariuszki, trafiło do KL Stutthof162. W tym samym czasie przy ul. Dworkowej 5 wyszła z włazu inna grupa, około 40 Powstańców, która także została rozstrzelana. Wszyscy zabici pochodzili prawdopodobnie z kompanii łączności oraz kompanii B-1 i B-3 Pułku AK „Baszta”. Wielu nazwisk zabitych wówczas nie ustalono. Powszechnie ze zbrodnią na ul. Dworkowej łączy się kilka najbardziej emblematycznych zdjęć Powstańców, wyciąganych z kanałów przez Niemców, jednak krytycy zwracają uwagę, że w 1944 roku po ulicy Dworkowej nie jeździł tramwaj, zaś na zdjęciach wyraźnie widać, że Powstańcy wychodzą z włazu umieszczonego między szynami tramwaju. Łączna liczba ofiar egzekucji przy ul. Dworkowej jest szacowana na nie mniej niż 140 osób, ale nie więcej niż 200.
Na Mokotowie, jak we wszystkich innych wypadkach upadających dzielnic, pozostały szpitale pełne rannych. Niemcy deklaratywnie zobowiązywali się do przestrzegania międzynarodowych konwencji prawa wojennego, von dem Bach drżał zapewne w swoim religijnym uniesieniu, gdy podpisywał akt kapitulacji. Bo von dem Bach wierzył, że jest narzędziem samego Boga w Warszawie. Zbrodnie jednak miały miejsce, chociaż na Mokotowie nie miały charakteru tak masowego jak na Starówce czy na Czerniakowie, ale jak pokazuje przykład zbrodni na ulicy Dworkowej — zdarzały się, a ich ofiarom było zapewne wszystko jedno, czy giną w ramach ogólnej rzezi, czy jednostkowego przypadku. W szpitalu przy Al. Niepodległości 117 wraz z kilkunastoma ciężko rannymi została sanitariuszka Ewa Matuszewska ps. „Mewa”163. Mimo zaledwie 25 lat miała charyzmę i poważanie, kierując w najtrudniejszych momentach całym personelem szpitala, załatwiając, często z narażeniem życia, środki opatrunkowe, lekarstwa, ba, czasem nawet mydło do umycia rannych. 26 września 1944 roku została wezwana do ewakuacji. Odpowiedziała tylko:
„Jestem sanitariuszką — moim obowiązkiem jest pozostać tutaj — z rannymi”.
Gdy w styczniu 1945 r. matka dotarła w Aleje Niepodległości, zwłoki córki leżały jeszcze na schodach piwnicznych, trzymała w dłoniach bandaż, którego nie zdążyła użyć.
Tego samego dnia, kiedy upadł Mokotów, 27 września 1944 roku, dowódcy Żoliborza żądanie kapitulacji złożył dowódca 19 Dywizji Pancernej. Żądanie zostało, tak jak wszystkie inne — odrzucone. Po wojnie Von Dem Bach miał mówić o płk Mieczysławie Niedzielskim „Żywicielu”:
„Chciałbym zwrócić uwagę na dowódcę odcinka z Żoliborza. Z nim w ogóle nie mogłem rozpocząć negocjacji. Każda jego odpowiedź była dla mnie obraźliwa. [...] Ten człowiek był fanatykiem”.