A agitação era grande em ambos os paizes, e n’um e n’outro os especuladores de occasião tratavam de tirar todo o partido possivel das circumstancias, mirando á ganancia. Este estado de coisas, se era grave para Portugal, não deixava comtudo de inquietar Fernando e Isabel. Então, negociações secretas foram entaboladas para a paz, chegando a avistar-se na villa de Alcantara, em Castella, a rainha D. Isabel com sua tia a infanta D. Beatriz, de Portugal, viuva do infante D. Fernando.
N’essa entrevista foi tratada a primeira combinação das pazes entre os dois reinos. Mais tarde uma nova entrevista se realizou no Alemtejo entre plenipotenciarios de Portugal e Castella, assentando-se que as pazes seriam perpetuas. As condições estipuladas foram estas:
1.ª Que D. Affonso deixaria de intitular-se rei de Castella e Leão, e Fernando e Isabel, reis de Portugal;
2.ª Que D. Joanna perderia todos os titulos de que se apossara, não se chamando nem rainha nem infanta, salvo se viesse a casar com o principe D. João de Castella, como ficou para resolver mais tarde;
3.ª Que o antigo tratado de pazes feito com D. João I seria convenientemente revisto e modificado;
4.ª Que as cidades, villas e castellos que de um reino a outro houvessem sido tomados, e assim os prisioneiros, seriam restituidos, soltos e perdoados;
5.ª Que em relação a determinadas pessoas e cavalleiros se fariam capitulações especiaes, e que as fortalezas que nas fronteiras de um e outro reino haviam sido construidas, seriam derrubadas;
6.ª Que o senhorio da Guiné, desde o cabo de Nam e o Bojador até aos indios inclusivamente, com todos os seus mares adjacentes, ilhas, costas descobertas e por descobrir, com seus tratos, pescarias e resgates, assim a ilha da Madeira e dos Açôres, Flores, Cabo Verde, e a conquista do reino de Fez ficassem in solidum, e para sempre, ao rei de Portugal, e que as ilhas das Canarias, e o reino de Granada ficassem in solidum aos reis de Castella, e seus successores, para sempre;
7.ª Que para maior segurança d’este tratado, o infante D. Affonso, neto de Affonso V, logo que fosse em edade de sete annos, casasse com a infanta D. Isabel, filha primogenita dos reis de Castella, estabelecendo qual o dote da princeza, e o modo de pagamento;