Affonso V, envergonhado de si proprio, deixou inteira liberdade de acção ao filho. Pungia-o a consciencia dos seus erros. Sentia-se prostrado, de mais no mundo... e talvez no reino. O seu tempo passara; o pobre rei era o cadaver de si mesmo, apenas amortalhado nos trophéos conquistados em Africa, e manchados em França.
No principio do anno seguinte, de 1480, a peste, essa cruel e duradoira peste que por tantos annos devia assolar Portugal, principiou a brandir o seu gladio desolador. D. Joanna recebeu ordem de retirar-se do convento de Santa Clara, de Santarem, para o de Evora, por fugir ao morticinio, e, todavia, talvez que ella houvesse preferido ser uma das victimas do terrivel flagello, que parecia mais apiedado da sua triste sina do que o coração do principe D. João, seu primo.
Elle, porem, queria poupar-lhe a vida, para não ver partir-se-lhe nas mãos um poderoso instrumento de ambição politica. Se Castella procurasse algum dia illudir as estipulações do tratado, D. Joanna serviria como ameaça, a questão dos seus direitos renasceria das proprias cinzas... Era, pois, preciso que a Beltraneja vivesse. Porisso, invadida Evora pela peste, levaram D. Joanna para o Vimieiro, e do Vimieiro para Santa Clara, de Coimbra.
Graças a um documento por nós encontrado na Torre do Tombo, onde aliás fizemos muitas outras investigações infructiferamente, conhecemos o teor de negociações entaboladas entre Portugal e Castella para retirar de Evora, quando a peste alli entrou, D. Joanna, já então officialmente appellidada a Excellente Senhora.
Esse documento (existente na cella M, ms. 1163, fl. 518) é uma carta do principe D. João para Rodrigo Affonso, embaixador de Portugal em Castella, escripta de Beja.
Eis o seu conteúdo:
«Rodrigo Affonço Amigo, nós o Princepe vos inviamos muito saudar: nos soubemos hora per o Doutor Mestre Rodriguo como foi dito a hum frade em confição que nesta villa fallecerão hora dous moços deste mal que anda, e assim houvemos recado do Conde de Abrantes ha dous dias como em Evora fallecerão hora duas outras pessoas desta morte em huma casa a qual logo foi cerrada, e taypada a rua, e que estavão em grande sospeita, e temor de o mal ser mais, por o qual os da Cidade se fasião prestes para se sahir della se mais alguma couza acontecesse pedindo nos que lhe mandassemos diser a maneira que terião com a muy Excellente Senhora minha prima acerqua de sua estada alli ou partida para outra parte sobre o que acordamos de vos logo escrever e vos faser saber como nosso fundamento he se a couza mais for antes de vermos vosso recado se com a dita Senhora nom podermos acabar que se venha aqui a esta Villa sendo seguro de a poremos em algum lugar desta Comarqua, acerca donde nós estivermos ataa veremos vosso recado do que lá acabais neste feito, per que se aos Reys aprouver que se a dita Senhora esté fora dos sinco Mosteiros na cappitulação limitados trabalharemos como esté em algum luguar desta Comarqua porque nella nom ha mais luguares que tenhão Mosteiros de Freiras tirando Evora e esta Villa, que Estremoz e Portalegre, e poderia ser segundo este mal anda espalhado muito neste Reyno que nestes tambem morrerião como já agora morrem em Souzel que he antre ambos como sabeis e tam acerqua delles, compre que saibamos se em tal caso lhes prazeria á dita Senhora estar em algum outro lugar desta Comarqua posto que Mosteiro de Freiras nom tenha, estando com freiras e encerrada em forma de Relligião e com sua guarda assim como a deve ter estando em cada hum dos cinco Mosteiros porque nom prazendo aos Reys de dar seu consentimento tal que proveja a dita Senhora minha prima poder estar nesta Comarqua e Luguares della segundo vay aqui apontado sem nosso pejo com relevamento do passado segundo forma da instrucção que levastes será necessario que se vá a Coimbra como comvosco fallamos e para isto cumprir que muy trigosamente hajais despacho, e nolo invieis logo a mais andar, ou se já fordes despachado nolo traguais.»
Havia-se completado um anno desde que D. Joanna vestira o habito; restava-lhe professar ou entrar em terçaria.
Ella ou alguem por ella optou pelo convento. De Castella vieram embaixadores assistir á profissão, para assegurar-se d’esta parte do tratado, diz um escriptor hespanhol, isto é, para levarem a Fernando e Isabel a certeza de que as pretensões de D. Joanna á côrte de Castella ficavam para todo o sempre encarceradas dentro das grades de um mosteiro, e amortalhadas no burel de uma pobre freira, cujos laços mundanos parecia deveriam, desde esse momento, ficar partidos de vez. Não aconteceu inteiramente assim, como veremos.
É certo ter D. Joanna dicto aos embaixadores castelhanos que sin ninguna premia, salvo de su propria voluntad queria vivir en religion e facer profesion e fenescer en ella. Seria, porem, completamente essa a sincera expressão da sua alma? Não por certo. Essas palavras são transparentes, revelam bem a altivez da mulher ferida no seu orgulho: ha n’ellas um mixto de fel e de lagrimas. Ao pronuncial-as, o coração da Beltraneja devia despedaçar-se. Mais do que nunca se denuncia então o justo desespero com que ella se revoltava contra os repetidos sacrificios que exigiam da sua fraqueza.