O marquez de Montemór e o conde de Faro, logo que souberam o que se passara, fugiram para Castella. Este ultimo pouco tempo sobreviveu em Andaluzia. O outro irmão do duque, D. Alvaro de Bragança, recebeu ordem do rei para sahir do reino, prohibindo-lhe comtudo que fosse residir em Castella ou em Roma. Mas D. Alvaro, desobedecendo, deixou-se ficar em Castella.
A duqueza de Bragança, logo que soube da prisão do marido, mandou para Castella os seus tres filhos, ficando ella em Villa Viçosa com D. Margarida, sua filha.
Entretanto, o duque continuava a estar preso na guarda roupa, sem ferros, mas constantemente vigiado. Era alvo das maiores attenções por parte dos familiares do rei, e tratado com a etiqueta devida ao seu nascimento.
D. João II, por sua parte, mostrava-se pesaroso da situação em que estava o duque, e resolvia entregar o caso á justiça, para que ella julgasse.
A justiça! Bem sabia D. João II como ella procederia vergada á pressão da sua auctoridade real! Mas o caracter reservado do rei levava-o a proceder assim, sem pressa, sem precipitação, calculadamente. O facto de entregar o duque a esse como arremedo de tribunal, mas em todo o caso, apparentemente, á acção da justiça, mostrava ao povo que acima do poder real pairava, como que a defendel-o, a justiça de Deus, manifestada pela justiça da terra.
Era um homem superior D. João II.
É conhecido o final d’esta tragedia: o duque de Bragança acabou no cadafalso levantado na praça de Evora.
Diogo Pinheiro procurou rehabilitar a memoria do duque, escrevendo a sua defesa;[66] mas outro documento, modernamente dado á estampa, o tratado de Lopo de Figueiredo,[67] mostra que o duque de Bragança procurava fortalecer-se contra o odio de D. João II, entabolando negociações secretas com a côrte de Castella, e que á infanta D. Beatriz, mãe do duque de Vizeu, não repugnavam os planos do Bragança.