Com o decorrer do tempo e as sucessivas enchentes do rio Mondego muito grave se tornou a vida monástica no convento fundado pela Rainha Santa. Como as invernias ameaçassem sepultar nas areias daquele rio as paredes do convento, as religiosas reciavam, e com razão, ficar sepultadas sob os seus escombros, perdendo-se neles todas as preciosidades que enriqueciam a Igreja e entre as quais devemos destacar o precioso corpo da Rainha Santa.
Em vista, pois, dos graves e constantes perigos a que estava sujeita a comunidade do velho mosteiro, dignou-se El-rei D. João IV ouvir os rogos das religiosas claristas e mandou erigir no monte da Senhora da Esperança um novo convento para sua habitação.
As obras deste grandioso edificio, que se prolongaram durante muito tempo, foram iniciadas no dia 5 de julho de 1649 e só no dia 29 de Outubro de 1677,{17} 28 anos depois, êle estava apto a receber as referidas religiosas.
Por ordem do Principe regente D. Pedro, 2.º filho de D. João IV, procedeu-se no dia 27 de Outubro daquele ano á abertura do túmulo da Rainha Santa, assistindo a este acto alguns representantes da Côrte, 8 Bispos. Professores da Universidade e muitos religiosos das diversas ordens de Coimbra. Como se verificasse que o caixão que guardava o corpo da Rainha Santa estava um tanto deteriorado, logo se procedeu á construção dum outro que o substituisse e para o qual foi mudado o corpo da veneranda Padroeira de Coimbra. Durante esta operação quiz o acaso que se soltassem algumas pregas das roupagens que envolviam os despojos de Santa Isabel, podendo assim todos os presentes ver a mão direita desta virtuosa Rainha, alva como a neve, e em tão perfeito estado de conservação que logo provocou o natural e piedoso desejo de ser osculada, como o foi com efeito, por todos aqueles que tiveram a suprema felicidade de ali estar reunidos.
Duraram os preparativos da trasladação para o novo convento ainda 2 dias e, em 29 de Outubro, foi a Rainha Santa para ali conduzida procissionalmente, acompanhada de muitos milhares de pessoas, e tendo de atravessar por entre duas alas compactas de povo que se estendiam até ao novo convento.
Como a essa data não estivesse ainda concluida a Igreja que hoje admiramos, foi o corpo da Rainha Santa conduzido para uma pequena sala existente ao fundo do côro, colocando-se então no precioso e riquíssimo túmulo de prata (fig. 2) que D. Afonso de Castelo Branco, um dos mais notaveis Prelados desta diocese, mandara fabricar, e no qual ainda hoje se guarda o{18} precioso tesouro que Coimbra venera com o maior respeito e o mais devotado amor!
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Concluida que foi a Igreja de Santa Clara, procedeu-se no dia 3 de julho de 1696 a nova trasladação da Rainha Santa para a tribuna da Capela-mór, lugar em que esteve durante muitos anos e donde teve de mudar-se por causa da invasão dos francêses.
(Fig. 2)