Não nos transmitte a historia os feitos d'armas que elle praticou n'esta viagem; é comtudo certo que ella lhe serviu, como as subsequentes, para alargar os seus estudos geographicos, como affirmam todos os escriptores que de Magalhães se tem occupado.
A segunda viagem encetou-a Fernão de Magalhães em 5 de abril de 1508, partindo de Lisboa na frota de Diogo Lopes de Sequeira, composta de quatro naus, com objecto de novas descobertas e conquistas no Oriente. Malaca era uma das terras mais cubiçadas pelas riquezas que tinha, e Sequeira ia encarregado de estabelecer relações com aquelle povo.
A viagem foi bem succedida até Madagascar, mas, proseguindo para Ceylão, um grande temporal obrigou os navios a arribar a Cochim, onde residia o vice-rei da India D. Francisco d'Almeida. Aqui augmentou Sequeira a sua frota com mais um navio e a guarnição com mais 60 homens, largando de Cochim a 18 de agosto de 1509.
Chegou Diogo Lopes de Sequeira a Malaca depois de ter reconhecido a ilha de Sumatra. Foi, porém, desgraçado o fim d'esta viagem, porque os malayos, que a principio receberam bem os portuguezes, não tardou muito que conspirassem contra os nossos,{26} tentando assassinar Sequeira, tentativa de que Magalhães teve conhecimento e conseguiu frustrar, assim como com esforçado valor defendeu seus companheiros de morrerem traiçoeiramente ás mãos d'aquelle povo, salvando quantos poude dos que se encontravam em terra. Entre estes nomea-se Francisco Serrano, ou Serrão, seu companheiro e, parece, parente.
Sequeira voltou para a Europa no melhor navio da frota, tendo mandado queimar dois por falta de gente para os tripular, e ordenando que os outros officiaes e resto de tripulação fossem para Cochim nos dois navios restantes, d'onde depois seguiriam para Portugal.
Assim se observou; porém, a má sorte quiz que os navios se perdessem no archipelago de Laquedivas, desfazendo-se nos recifes de Padua, logrando salvar-se a tripulação para um ilheu deserto, esperando passar a terra povoada.
N'esta conjuntura revela-se a grandeza de animo e o coração generoso de Fernão de Magalhães, porque, embarcando-se os seus companheiros nas lanchas para procurarem terra hospitaleira, elle se ficou com os restantes correndo o risco de, embora perecer, mas nunca os abandonar. Assim esperou que os companheiros lhe enviassem o auxilio{27} necessario, e, chegado elle, se passou a Cananor, onde encontrou Affonso de Albuquerque, que ia de viagem para Ormuz com gente de guerra a dilatar suas conquistas na Persia e seguir até o mar Roxo e Egypto.
Recebeu Affonso de Albuquerque a Fernão de Magalhães e aos companheiros, que embarcou em sua armada, os quaes o ajudaram a submetter Goa e a dominar a costa de Malabar, e depois a tentar nova guerra contra Malaca, que é um dos feitos mais gloriosos das armas portuguezas no Oriente e o inicio de novos descobrimentos como os das ilhas de Banda e das Molucas, centro das ricas e procuradas especiarias.
No regresso d'esta viagem (1512), em que tanto se distinguiu Fernão de Magalhães, teve este em recompensa de seus serviços o cargo de moço fidalgo do paço, com a pensão de mil réis mensaes com moradia. Esta pensão lhe foi melhorada pouco tempo depois, o que muito lhe accrescentou o valor e importancia na côrte, como se deprehende dos documentos achados por Muñoz no archivo de Lisboa.
A recompensa dada por el-rei D. Manuel a Fernão de Magalhães foi incentivo bastante para o bravo portuguez voltar á guerra, procurando na sorte das armas augmentar{28} o lustre do seu nome já então galardoado.