O assassinio do padre Luiz da Silveira foi explicado por varios modos, tanto que o cadaver appareceu, no Bêco dos Namorados, com dez punhaladas no peito.
Disse-se que os seus antigos consocios de infidelidade á patria, e contubernaes em patifarias, receiosos que elle lhes delatasse os delictos, visto que medrava na estimação dos ministros de D. João IV, o matariam para se desfazerem de um delator perigoso. Diziam outros, mais plausivelmente, que o padre acabára ás mãos dos vingadores do arcebispo Sebastião de Mattos e seus cumplices, levados ao patibulo pela delação do seu ignobil confidente. Outros finalmente accusavam sem rancor, antes com approvação, um tal licenciado Ruy Pires da Veiga, irmão da manceba do clerigo, desde que a viram abraçada ao morto, e reconheceram n'ella a menina que, dous annos antes, desapparecera de casa de sua familia honesta e abastada.
Instaurou-se a devassa.
O primeiro que mui secretamente se apresentou a fazer revelações na corregedoria foi aquelle mercieiro, primo do clerigo morto. O testemunho deste sujeito, forçado a confessar a Roque da Cunha o que ouvira respeito á esposa do escrivão do civel da corte, illucidava cabalmente a morte do padre Luiz.
No entanto, o escrivão do civel da corte continuava a exercer o seu officio, Roque da Cunha tambem, e ambos desassombradamente fruiam os seus direitos de cidadãos bem procedidos. Não succedeu o mesmo com Ruy Pires da Veiga, que se homisiou, quer envergonhado de ser o irmão da mulher teúda e manteúda do clerigo, quer receoso de que o prendessem por suspeito do homicidio.
Sabia-se, porém, e com grande espanto, que o rei mandára suspender a devassa. Os politicos inferiram d'ahi que na morte do antigo official de Miguel de Vasconcellos, e secretario particular do arcebispo de Braga, havia segredo de estado cujo rastro era perigoso farejar.
Volvido um anno sobre a morte do thesoureiro de S. Miguel de Alfama, Ruy Pires da Veiga, indigitado homicida pela maioria das opinioens, sabendo que sua irmã era já falecida de paixão em rigorosa clausura, appareceu na côrte a defender-se da calumnia. A voz publica, espicaçada por este novo estimulo, deu vida ao esquecido assumpto, concorrendo bastante o mercieiro com as suas revelações feitas em segredo, mas, a poucas voltas, divulgadas por toda a cidade.
Estes murmurios chegaram aos ouvidos de D. João IV, que de sobra sabia quem era o assassino directo ou indirecto do clerigo.
O rei estimava Domingos Leite Pereira, já pelos corajosos serviços que lhe prestára nos passos anteriores á sua acclamação, principalmente nos tumultos de Evora e recovagem de recados a Madrid e a Villa Viçosa, já pelos creditos em que o trazia abonado o seu ministro e mordomo-mór marquez de Gouvêa. E, posto que el-rei timbrasse na rigorosa execução das leis, suspendendo agora a devassa, parecia indultar Domingos Leite por que o delicto do padre, seductor da discipula, lhe era odioso; e a circumstancia da delação dos conjurados, feita por um seu confidente, não melhorava em seu particular conceito a condição perversa do traidor.
Perguntara o rei ao marquez de Gouvêa, quando se viu forçado a dar satisfação aos boatos que manchavam a justiça dos seus executores, o que sabia de Domingos Leite Pereira e de sua mulher. O marquez respondeu que o seu secretario, desde a morte do padre, nunca mais abrira um sorriso, nem dera azo a que se lhe perguntasse coisa relativa ao seu viver domestico: