É que recordavam, talvez, as sessões de estudo nos palacios reaes e nos aposentos dos Infantes, onde D. João III ainda tamanino aprendera noções geographicas, arithmeticas e os prolegomenos da philosophia aristotelica; onde o Infante, depois Cardeal D. Henrique, ouvira as theorias de Ptolomeu e as correcções apresentadas áquelle systhema, pelo sabio professor; e onde o Infante D. Duarte, depois da sua licção com mestre André de Rezende, empregado com o resumir em latim o tratado De Predicabilibus e as cathegorias de Aristoteles, ou em declamar de côr o livro De officiis, de Marco Tulio, recitando-o tambem ao revez, pegando na ultima palavra e palrando todo o capitulo de deante para traz, se entregava, com a memoria ainda desarticulada por este exercicio, ás prelecções de Pedro Nunes, que lhe explicava como traduzira do latim o livro sobre a esphera, com que Sacro Bosco, o monge inglez, revolucionara a astronomia.
Tambem o sabio mestre dera prelecções de Philosophia e Mathematica ás filhas d’este Infante. Primeiramente á Senhora D. Maria que havia de vir a ser Princeza de Parma por casar com Alexandre Farnesio, creaturinha meuda e feia, mas com uma certa graça no vestir e grande applicação ás boas lettras latinas e gregas. Tão impressionavel era esta com as bellezas da poesia que, abrindo por duas vezes as obras de Petrarcha, as fechou subitamente, como castigando-se, e temendo que o seu espirito devoto fosse excessivamente captivado pelas profanidades do adorador de Laura. Para esta deviam ser apaziguamento da sensibilidade, e perservativo de tentações mundanas, as demonstrações algebricas, e os elementos de Euclides, que o mestre lhe ministrava.
Egualmente, e com proveito semelhante, recebia d’elle licções a Infantasinha D. Catharina, que depois foi Duqueza de Bragança, concorrente com Filippe II ao throno de Portugal, e avó de El-Rei D. João IV.
Dois discipulos teve ainda Pedro Nunes, cujos genios altaneiros pareciam estar destinados a reagir contra a disciplina dos raciocinios mathematicos, e a cujos animos insubmissos parecia dever repugnar o rigor das demonstrações algebricas:—El-Rei D. Sebastião, e D. Antonio, Prior do Crato.
E, comtudo, ambos aquelles espiritos se deixaram attrahir pela seducção do genio do mestre.
D. Antonio «cuja viveza era tanta que o poz em estado de encontrar no Cardeal algum desagrado» ouvira Pedro Nunes com preveito, segundo se affirma, principalmente em Logica e Metaphysica.
Emquanto a D. Sebastião, o irriquieto ephebo corôado, todo elle absorvido no maravilhoso da missão que se impuzera, levado pela attracção dos perigos que o fazia buscar a lucta com animaes ferozes, a braveza das ondas do mar em noites de temporal, as corridas doidas nos matagaes do Alemtejo, e os misanthropicos recolhimentos nos bosques sombrios de Cintra; essa alma de heroe n’um corpo desiquilibrado, symbolo de uma raça e de uma nação decadentes; esse a quem chamaram o Nun’Alvares da perdição, e que tinha a ferverem-lhe no cerebro as imagens do Rei Arthur e dos companheiros da Tavola Redonda; o capitão de Deus como a si proprio se appellidava; embora por indole pareça pouco disposto a attender com serenidade ás regras para resolver equações de segundo grau, ou a seguir as tentativas para obter o maximo divisor de duas expressões algebricas, é certo que ouvia com tão feliz resultado as lições de Pedro Nunes e que fez por sua propria iniciativa uns commentarios á Esphera de Sacro Bosco, a que Bavão no Portugal cuidadoso e lastimado, chama «muy doutos, e engenhosos os quaes vistos pelos peritos na materia não acharão que emendar».
Eram as lições dadas n’aquella sala dos Paços da Ribeira onde estava preparado um bofete preto de pau santo, com o seu tinteiro, pennas, papel e uma palmatoria de marfim, sem disciplinas. (Não reza a chronica se este delicado instrumento de fustigação e de correcção pedagogica era applicado por D. Aleixo de Menezes, ou por algum dos Padres da Companhia, ahi presentes, ás mãos nervosas do pequeno D. Sebastião. Mas era decerto á dos turbulentos moços fidalgos da chacotada d’El-Rei, que tambem recebiam lições.) Sobre o bofete a ampulheta marcava, com o correr da areia, a hora destinada á licção, emquanto n’uma cadeira de espaldas o discipulo attento escutava a palavra do cosmographo explicando-lhe o movimento das espheras. Uma parte do saber de Pedro Nunes interessaria principalmente o imaginoso Rei—a astrologia—á qual, apezar da sua probidade scientifica, o grande espirito do sabio, influenciado pelas ideias ainda imperantes, não se poude eximir completamente.
Conhecia o moço Rei talvez, e isso devia inquietar-lhe o animo, o aviso sinistro com que o Mestre prognosticára a sua Avó, a Rainha D. Catharina, desgraças para o Seu Reinado se não addiasse a solemnidade da entrega.
Conta assim o caso o chronista no seu Portugal cuidadoso e lastimado. «Convocou-se a nobreza e Prelados do Reino; e estando tudo prompto (no mez de Janeiro de 1568) para se fazer a Real funcção da entrega em terça-feira 20 do dito mez, dia de S. Sebastião com que El-Rei cumpria justamente os quatorze annos, dois dias antes veio fallar á Rainha Pedro Nunez cosmographo-mór do Reino, e mestre nas mathematicas d’El-Rei e lhe disse: que posto que elle exercitava pouco a parte da mathematica que julga de sucessos futuros pela ter por fallivel e cheia de incerteza, comtudo que o grande amor que tinha a El-Rei e o zelo do seu serviço, e bem da sua pessoa e obrigavão a sahir do seu costume, e levantar figura sobre o dia, e tempo em que se lhe havia de fazer entrega do governo, e se desvelára em apurar o juizo d’ella quanto permittia sua sciencia e as regras de mathematica e depois de muy bem conciderado o que alcançava, lhe pareceo conveniente avisar a sua Alteza que, sem dar a entender a causa porque o fazia, cuidasse muito em dilatar o acto da entrega alguns dias, ainda que não fossem mais que tres, porque elle affirmava segundo o que entendia, que se El-Rey começasse a governar n’aquelle dia, seria seu Reinado instavel, cheio de inquietação ordinaria e de muy pouca dura.»