No cerebro do marido desenrolava-se o imperio do mundo; as descobertas continuavam-se e o nome portuguez dilatava-se triumphante por toda a terra; Diogo Cão descobrira o Zaire (1484-1485), João Affonso d’Aveiro chegára á Guiné (1486) e Bartholomeu Dias dobrou o Tormentoso cabo, primeiro indicio da derrota da India.
O commercio desenvolvia-se activamente, tornando Lisboa quasi rival de Veneza. Um futuro brilhante como o fulgor de uma joia naturalmente parecia sorrir ao principe D. Affonso, esposo da herdeira de Castella e filho de D. João II e de D. Leonor; n’elle se haviam de reunir todos os potentados da peninsula e dos Dois Mundos, todas as riquezas do Oriente e do Occidente!
Havia de ser o primeiro monarcha do universo! na sua fronte repousaria a corôa que mais tarde foi cingida pela casa d’Austria. O sonho d’esta felicidade plausivel florescia perante os espinhos que o espirito vingador do rei semeára no lar domestico.
Apezar de mortificada, D. Leonor via no marido o soberano illustrado e audaz, que preparava para o filho um futuro inegualavel.
Essa creança era o espirito de conciliação que existia entre os dois; era o élo que os ligava ao commum interesse do povo. Mas como a nuvem altaneira trepa a grimpa dos montes e esconde o sol radioso, a morte surgiu a derribar o arbusto que alargava as suas raizes por todo o sólo conhecido.
Morto D. Affonso (13 de julho de 1491), o sonho idealista desappareceu e com elle a existencia do rei (25 de outubro de 1495).
Depois de viuva, D. Leonor dedicou-se á caridade e ao desenvolvimento das lettras e artes; introduziu a imprensa em Portugal;[26] fundou a Egreja da Merceana, no termo de Alemquer, o hospital das Caldas da Rainha, as Misericordias, e deu principio á construcção das capellas imperfeitas da Batalha, mais tarde mandada suspender por seu irmão el-rei D. Manuel.
No reinado d’este soberano, a rainha recebeu o lenitivo de todos os seus passados desgostos; viu o auge da prosperidade da patria, deixando-a grande e feliz quando falleceu em Lisboa aos 17 de novembro de 1525.
Jaz no convento da Madre Deus.