Resolvido o sensato plano, partiu o conde de Villar Maior (8 de dezembro de 1686) para Heidelberg, capital dos estados do Eleitor Palatino do Rheno, pae da princeza Maria Sophia de Neuburg, á qual a escolha do monarcha designára para nova rainha. A 22 de maio do anno seguinte assignou-se o contracto, estipulando-se que a noiva fosse dotada por seu pae com cem mil florins e pelo rei de Portugal com a casa e estado das soberanas suas predecessoras. Realisado o consorcio (2 de junho) seguiu D. Maria Sophia a sua viagem para Lisboa, onde chegou a 11 d’agosto; sendo, n’essa mesma tarde, abençoados os conjuges pelo arcebispo, no meio das acclamações enthusiasticas d’um povo que, fóra da capella, saudava inconscientemente uma mãe carinhosa de todos os seus subditos.
E na verdade, d’esta vez os applausos não foram lançados em vão. D. Maria Sophia, como D. Filippa de Lencastre, compensou as leviandades da primeira mulher de seu marido. Reinou, mas não governou, conservou-se na sua esphera, dedicando-se á educação dos filhos e em adquirir o amor de D. Pedro, que, possuido sempre da lembrança da primeira consorte, nunca soube apreciar os rarissimos dotes da nova companheira.
Para quem fosse menos beneficiada da conformidade imposta pelo dever, a indifferença régia seria pezarosa; porém, a princeza soube mostrar que era allemã: o seu temperamento, frio como o norte, não era inclinado a paixões; conformou-se com a sorte, limitando-se unicamente ás lides domesticas.
O rei, ao que parece, desejava ser um heroe e talvez mesmo se convencesse de que o era. Queria a fronte aureolada, como o irmão, o victorioso; sentia a nostalgia do triumpho, apesar de pacifico, como lhe chamava a Historia.
Terminada a guerra da independencia, desapparecêra o campo dos louros, e a paz firmada com Castella (13 de fevereiro de 1668)[43] ainda na vida de D. Affonso veiu cortar quaesquer probabilidades de adquirir glorias proprias. Ao tempo, D. Pedro só tinha por si a quéda d’um throno; de mais cousa alguma a posteridade fallaria d’elle, ficando sujeito a desigual partilha nos fastos da realeza.
Vago o throno de Castella pela morte de Carlos II (1 de novembro de 1700) foi acclamado rei o duque d’Anjou, neto de Luiz XIV, com o nome de Filippe V; D. Pedro reconheceu-lhe a soberania, continuando assim a paz; mas a influencia franceza assombrava a Inglaterra, a Hollanda e Allemanha que, além d’isso, pretendia a corôa para o archiduque Carlos, filho do imperador Leopoldo I. Portugal mudou de rumo e acompanhou a politica europeia na sua opposição ao francez; D. Pedro procedeu assim obrigado pela Inglaterra, que o amarrára no tractado de Methwen, e pelo desejo ardente da fama conquistada pela força das armas.
Dispostas as cousas d’este modo, o archiduque chegou a Lisboa (7 de março de 1704) n’uma esquadra ingleza e hollandeza e fez d’aqui o ponto de partida para as suas operações.
O nosso exercito, tendo á sua frente o principe e o conde das Galveias, Diniz de Mello e Castro, entrou no territorio hespanhol, e tomando Salvaterra, Valença e Albuquerque, retirou para Lisboa, d’onde o archiduque saiu outra vez (24 de junho de 1705) com destino a Barcelona, que depois d’um combate naval se rendeu a 9 de novembro do mesmo anno. No seguinte, em 2 de junho, o marquez das Minas penetrava em Madrid, onde fez acclamar o austriaco com o nome de Carlos III. Até esta epocha o destino parecia secundar, á custa de pesados sacrificios e derrotas internas, os marciaes desejos de D. Pedro II; o successo era na apparencia prospero e o rei zeloso do seu nome e pouco dos povos, contente de si, só tinha que se queixar do nenhum repouso da consciencia attribulada, porque no mais tudo lhe corrêra ás mil maravilhas. Esta illusão acompanhou-o ao tumulo; D. Pedro, doente, gasto, moribundo, succumbiu (9 de dezembro de 1706), cinco mezes após a victoria, que foi seguida pela retirada do marquez, batido por Berwick a 25 de abril de 1707.