O Dr. Eduardo Brandão, lente de cânones na universidade de Coimbra, foi o patrono do menor, e fundamentando os direitos do seu cliente, alegou que D. João Afonso era filho de Afonso de Albuquerque, nascido de mulher nobre e honesta—que seu pai no requerimento para a legitimação bem claramente se expressara dizendo: «porque a minha intenção é legitimar ao dito D. João Afonso de Albuquerque como mais posso fazer»—que o rei, deferindo, confirmara o sentido destas palavras com estoutras: «legitimo, habilito e faço legítimo como se de legítimo matrimónio fosse nascido», que o pai o escolhera para suceder-lhe pelo direito, que cabia ao instituidor sobrevivente, conforme o texto da instituição «o que derradeiro falecer poderá nomear um dos descendentes de Gonçalo de Albuquerque, meu avô, qual ele quiser», e que esta mesma disposição aproveitava ao seu cliente, único filho de Afonso de Albuquerque e descendente direto de seu avô Gonçalo.
Os direitos de D. João Afonso prevaleceram aos de D.ᵃ Catarina de Menezes, viúva de Afonso; o menor foi metido na posse do morgado, pelo menos, até 1585, porque encontro documento que o comprova; no entanto, as dúvidas suscitadas durante o litígio despertaram novos contendores.
De Gonçalo de Albuquerque e de D.ᵃ Leonor de Menezes, filha do primeiro conde de Atouguia, haviam nascido:
—Fernando de Albuquerque, primogénito;
—Afonso de Albuquerque, o Grande;
—D.ᵃ Constança, casada com D. Fernando de Noronha;
—D.ᵃ Isabel, casada com D. Pedro da Silva «o Reles»;
—Álvaro Gonçalves de Ataíde, que foi prior de Vila Verde, e
—Martins Gonçalves de Ataíde, morto pelos mouros em Arzila.