D. Joanna, tendo conhecimento do que se havia deliberado a seu respeito, consultou o então vigario geral da ordem, fr. Antão de Santa Maria, homem de grande saber e ainda de maior virtude, se devia continuar o seu anno de provação, se despir o habito. O sabio religioso, ouvidos os padres mais qualificados, fez-lhe vêr que, visto estar tão debilitada pela doença e ser de natureza tão franzina, como manifestamente se via, não poderia cumprir com os encargos e austeridades da ordem, ficava em consciencia obrigada a deixar a pretensão, que tinha de professar n'ella. D. Joanna recebeu pesarosa a ordem do Geral; o seu espirito estava já de todo absorto em sensações mysticas, para não lhe parecer cruel uma tal determinação. Mas humilde como sempre obedeceu de prompto ao que se lhe havia ordenado.
Reunida a communidade no seu oratorio particular, apresentou-se á Prioreza, e de joelhos e banhada em lagrimas, declarou-lhe que por obediencia e não por vontade desistia de professar; e tirando o habito collocou-o sobre o altar, tudo com um respeito tão devoto, que revelava bem quanto lhe custava deixal-o, diz fr. Luiz de Sousa. Passados que foram alguns dias, tornou a vestir o habito, mostrando assim que o trazia por devoção e não por obrigação.
Nos fins da primavera de 1479 a peste oriental que havia annos já assolava Portugal, entrou em Aveiro com o seu funebre cortejo de calamidades. Havendo-se desenvolvido em Esgueira, de uma maneira verdadeiramente assustadora, principiou a fazer sentir aqui os seus horrorosos effeitos, ainda que com menos intensidade. Infelizmente, todas as condições hygienicas de Aveiro, eram de forma para fazer receiar o desenvolvimento do fatal contagio. A villa, como a maioria das povoações de então, com as suas altas muralhas e fossos profundos, com as suas ruas e viellas estreitas e immundas, cerrada por todos os lados de pantanos, estava adquada sobremaneira para a epidemia se desenvolver espantosamente, como com effeito se desenvolveu.
D. Affonso V, vendo o risco eminente que corria sua filha, permanecendo aqui, ordenou que sem demora abandonasse o convento e a villa e se dirigisse ao Alemtejo, ainda não inficcionado, e aos Bispos, de Coimbra e do Porto, bem como a varios fidalgos visinhos que se lhe apresentassem para a acompanharem. «Tendo ella escrupulisado em dar cumprimento áquella determinação, diz D. Bernarda Pinheiro, e chegando isto ao conhecimento do Provincial, veio aqui com alguns religiosos mais auctorisados, e lhe fizeram vêr, que devia cumprir o que lhe era ordenado; pois mesmo que quizesse fazer sacrificio da sua vida, cuidando que Deus lha aceitaria, tal sacrificio não era meritorio, por lhe faltar a devida obediencia, a qual devia muito escrupulisar, de não satisfazer, principalmente sendo o preceito tão justo, pois vinha de quem podia mandal-a e tinha por fim prevenir o gravissimo prejuizo, que poderia seguir-se ao reino se a sua pessoa fosse victima da peste; e podia levar comsigo, as religiosas que quizesse, mesmo a Prioreza; e n'esta occasião o dito Provincial as intimou por santa obediencia para que nenhuma se recusasse.»
Feitos os necessarios preparativos, D. Joanna deixou o convento de Jesus em 27 de setembro, e dirigiu-se a Aviz. Alem dos Bispos do Porto e Coimbra, e varios fidalgos e escudeiros, acompanharam-n'a D. Beatriz Leitão e mais algumas religiosas, e bem assim sua ama D. Mecia de Sequeira. Viajava sempre em andas[35] cerradas, cobertas de panno azul escuro, pois então entre nós ainda se não havia introduzido o uso das carruagens.
Depois de alguns mezes de residencia em Aviz, partiu para Abrantes, aonde em 3 de agosto de 1480 falleceu a Prioreza D. Beatriz que comsigo levara, e passados alguns dias depois de haver orvalhado com muitas lagrimas a sepultura d'aquella virtuosa senhora, voltava ao convento de Jesus, por haver noticia que a peste havia finalmente abandonado Aveiro.
No anno seguinte de 1481 perdia el-rei seu pae, fallecido a 28 de agosto no paço de Cintra, na propria camara que em que havia nascido. Feitas que foram na egreja do convento as exequias solemnes pelo eterno descanço do que fôra seu pae e rei, mandou alli alguns frades do convento de Nossa Senhora da Mizericordia e differentes fidalgos, cumprimentar o novo monarcha, e prestarem-lhe em seu nome juramento de fidelidade. D. João II recebeu prasenteiro e agradecido os emissarios de sua irmã, e por elles mesmos lhe fez saber que procuraria ministrar-lhe, tão depressa as circumstancias do real thesouro o permitissem, os meios de que carecesse para poder sustentar, como era mister, o decoro inherente á sua pessoa.
D. Affonso V havia declarado em seu testamento, que não instituia sua filha herdeira em cousa alguma porque, segundo o costume do reino, tudo o que possuia o rei passava a seu filho primogenito, o qual tinha o encargo de manter e agasalhar todos os outros irmãos.[36] O novo rei cumpriu cavalheirosamente as disposições testamentarias de seu pae, como mostraremos, e se não o fez logo é porque lhe foi totalmente impossivel fazel-o. A nobreza estava senhora absoluta de Portugal inteiro; quasi que todos os rendimentos do estado eram absorvidos por ella; taes haviam sido as doações, tenças e moradias concedidas por D. Affonso V. De seu filho pode-se dizer com justificada rasão, que herdou de seu pae unica e simplesmente, as estradas de Portugal.
Antes poucos dias de D. João subir ao throno, nasceu-lhe um filho illegitimo, D. Jorge de Lencastre, de D. Anna de Mendonça, mulher muito fidalga, e moça formosa de mui nobre geração, diz Garcia de Rezende.[37] Os primeiros vagidos de D. Jorge despertaram logo no coração de D. João II aquelle intenso amor que mais tarde o levaram a tentar legitimal-o, para lhe poder succeder no throno, o que não se chegou a realisar pela resistencia tenacissima que a isso oppoz a rainha D. Leonor.
Por escusar desgostos caseiros--escreveu fr. Luiz de Souza,--determinou (el-rei) tirar diante dos olhos o Principe. Este meio de tirar deante dos olhos para evitar desgostos caseiros é vulgar, diz o sr. Alberto Pimentel, em reis e vassallos. O que não é vulgar é encontrarem os bastardos de uns e outros, educadora tão carinhosa e meiga como a Princeza Santa Joanna, que no mosteiro de Aveiro recebeu e educou o sobrinho.[38]