Os principes reuniram-se em Schmalkald, e formaram uma liga protestante, de que Filippe de Hesse foi o membro mais activo. Os estados catholicos romanos não desejavam entrar n’uma guerra civil com os seus visinhos protestantes, e o imperador, atacado pelos francezes e pelos turcos, viu-se na impossibilidade de suffocar a revolta.
O ultimo decreto da Dieta havia estabelecido um prazo, que se estendia até á proxima primavera, durante o qual os protestantes podiam fazer a sua submissão voluntaria, e accrescentava que aquelles que não se submetessem durante esse prazo seriam exterminados. Ao chegar, porém, a primavera, reconheceu-se impotente para exterminar os protestantes. A Liga de Schmalkald havia-se tornado a mais poderosa aggremiação da Allemanha. Assim, em 1532, apoz prolongadas negociações, firmou-se um tratado de paz entre Carlos e os principes protestantes. A Paz de Nürnberg, como ficou sendo chamada, permittia aos adherentes á Confissão de Augsburgo o persistirem nas suas doutrinas, e concedia-lhes outros privilegios. Em troca, os principes protestantes, e entre elles Filippe de Hesse, offereceram-se, muito cordialmente, para auxiliar o imperador nas suas campanhas contra os francezes, os turcos e os piratas da Barbaria.
A Liga de Schmalkald continuou de pé, e outros estados, taes como o de Würtemberg, deram-lhe a sua adhesão. O imperador não podia dissolvel-a, e, comtudo, ardia em desejos de restabelecer na Allemanha a uniformidade religiosa. O exame da sua correspondencia particular revelou a perplexidade em que elle se encontrava. Tinha umas vezes a idéa da exterminação, e outras a da conciliação. Um dos seus planos consistia em promover na Allemanha um Concilio Geral da Egreja, sem consultar nem o papa nem o rei de França.
Em 1538, Held, o seu vice-chanceller, formou em Nürnberg uma Liga Catholica, com o expresso designio de acabar com o protestantismo pela força das armas. Em 1540-41, o imperador diligenciou, por meio de conferencias que se realisaram em Hagenau Worms, e Regensburgo, chegar a um certo entendimento com os protestantes em materia de religião, e chegou a ser proposta em Roma a reforma da Egreja. Foi, finalmente, publicado, em 1541, um decreto da Dieta, estabelecendo que não se podia prohibir, a quem quer que fosse, o adoptar a religião protestante.
D’estas victorias da Liga de Schmalkald resultou uma rapida propagação do protestantismo. O Würtemberg, a Pomerania, o Anhalt, o Mecklemburgo, e muitissimas cidades, tornaram-se protestantes; os bispados de Magdeburgo, Halberstadt e Naumberg deixaram de reconhecer a supremacia de Roma; e duas provincias eleitoraes, o Brandenburgo e a Saxonia Albertina, uniram-se á Liga. Os unicos estados que se conservaram na opposição foram a Austria, a Baviera, o Palatinado e as provincias ecclesiasticas do Rheno. Mas mesmo estas regiões começavam a ser influenciadas. Na Austria a religião evangelica ia ganhando terreno entre os proprietarios, os camponezes e os habitantes das cidades. Os bavaros iam-se deixando invadir rapidamente pelas novas idéas. Quanto ao Palatinado, a sua aggregação á Liga de Schmalkald parecia ser apenas uma questão de tempo.
O imperador não podia ver com indifferença este rapido progresso do protestantismo; contrariava-o immenso que os seus dominios nos Paizes Baixos ficassem separados d’elle por uma faixa de paizes protestantes; não queria ouvir fallar na possibilidade de uma maioria protestante no Collegio Eleitoral, e de um sucessor do imperio protestante. O procedimento do arcebispo-eleitor de Colonia mostrou-lhe que não havia tempo a perder. Hermann von Wied estava havia muito convencido da necessidade de reformas na Egreja, e depois da paz de Nürnberg, incitado por um grande numero de clerigos, e correspondendo ao evidente desejo de muitas outras pessoas, animou o ensino protestante na sua vasta diocese, e mostrou-se disposto a converter aquella provincia arqui-episcopal n’um estado secular protestante.
A posição dos arcebispos e bispos da Allemanha era, nos dias da Reforma, um tanto singular. Não eram simplesmente bispos, mas tambem barões, e, como todos os outros grandes barões sujeitos ao imperador na Allemanha, eram principes soberanos. Os arcebispos de Kõln, Trier e Metz tinham sobre alguns territorios um governo egual ao que João, o Constante, tinha sobre a Saxonia eleitoral, e Filippe, o Magnanimo, sobre Hesse. Eram as supremas auctoridades civicas, com os seus tribunaes, os seus exercitos, os seus cobradores de impostos. O decreto de 1526 era-lhes tão applicavel como aos principes seculares. Podiam fazer-se protestantes, dominar nos seus territorios, como principes seculares, e declarar «que tomavam ante Deus e sua magestade imperial a responsabilidade do seu modo de viver, do seu systema de governo e das suas crenças».
Alguns bispos do norte da Allemanha tinham-n’o feito já: a opportunidade era de tentar: podiam, aproveitando-se d’este decreto, libertar-se da obediencia a Roma, casar, e legar a seus filhos o que possuiam. Carlos viu tambem o alcance de aquella opportunidade, mas durante muito tempo foi-lhe impossivel intervir. Todas as vezes que tentou pôr em pratica os seus planos via-se contrariado, ou pelo papa, ou pelo rei de França, ou pelos turcos. Quando lhe constou que parecia estar proxima a conversão de Hermann von Wied, reconheceu-se impotente para luctar com a Liga de Schmalkald. Por fim, em 1544, conseguiu derrotar os francezes, com os quaes tratou, depois, da paz em condições vantajosas para elles, impondo-lhes, porém, a clausula de uma união dos dois exercitos para combater os protestantes. Na Dieta de Spira, que se reuniu no mesmo anno, mostrou-se contemporizador, propondo que se suspendessem hostilidades até á convocação do Concilio Geral; isto ao passo que por outro lado trabalhava para desviar da liga protestante o maior numero de principes que lhe fosse possivel.
A morte de Luthero, e a guerra de Schmalkald.—No entretanto Luthero, que soffria havia bastante tempo de uma doença do coração, morria em Eisleben, em 18 de fevereiro de 1546, perecendo com elle aquella forte reluctancia dos protestantes em tentarem a sorte das armas. Não estavam, porém, tão bem preparados para a guerra como n’outro tempo. O bom exito que a liga tivera ao principio fez com que elles confiassem demasiadamente n’ella; além d’isso, surgiram rivalidades entre os estados e as cidades, e entre os principes. Filippe de Hesse era o unico chefe competente, mas tinha o defeito de ser um principe de pouco elevada estirpe. Tinham ficado tambem muito prejudicados com o facto de Mauricio ter succedido ao duque Jorge da Saxonia, o grande inimigo de Luthero e da Reforma. Mauricio era sobrinho do duque Jorge, havia sido educado no lutheranismo, e desposou a primeira filha de Filippe de Hesse. Por occasião de elle assumir a chefia, a Saxonia Albertina, como era chamada, confirmou o seu lutheranismo, que durante a vida do duque Jorge se havia propagado clandestinamente, e que se havia tornado a religião reconhecida do paiz quando o duque Henrique, pae de Mauricio, succedeu a seu irmão. Todas estas coisas faziam com que os principes protestantes não podessem prescindir do concurso de Mauricio, apezar do joven não lhes inspirar muita confiança. De facto, Mauricio foi o primeiro de aquelles principes allemães protestantes para quem a Reforma era simplesmente uma arma politica de que lançassem mão quando lhes fosse vantajosa. Mais tarde, durante a guerra dos Trinta Annos, o seu numero augmentou consideravelmente, graças ás interminaveis disputas dos theologos, que, interessados apenas em que as suas insignificantes doutrinas ácerca da ubiquidade e da presença real fossem correctamente definidas, se mostravam quasi indifferentes perante a grande quantidade de sangue derramado e o grande numero de lares desgraçados. Nos primeiros tempos da Reforma, porém, os principes protestantes eram homens sinceramente christãos e que não obedeciam a fins interesseiros, não obstante a sua forçada camaradagem com Mauricio.
O imperador quiz aproveitar a opportunidade, e com esse intuito fez algumas propostas a Mauricio. Este começou por abandonar a liga. Era um bom protestante, disse elle, e estava prompto a defender a religião, mas não queria ajuntar-se com aquelles que se oppunham ao seu soberano. O imperador, cobrando animo com esta declaração, deu os ultimos toques aos seus preparativos. Antes, porém, de entrar em acção, proclamou que a sua idéa não era combater a religião, mas, sim, castigar aquelles que conspiravam contra a integridade do imperio.