Diz elle no prefacio ao seu Commentario sobre o Livro dos Psalmos: «Como o caminho mais direito para Strasburgo, para onde tencionava retirar-me, estava impedido por causa da guerra, tinha resolvido passar rapidamente por Genebra, demorando-me na cidade uma noite apenas.... Sabedor d’isto, Farel, que trabalhava com extraordinario zelo para que o Evangelho progredisse, empregou logo os maiores esforços para me deter. E, depois de lhe ter dito que toda a minha ambição era poder entregar-me socegadamente aos meus estudos, não me encontrando, portanto, predisposto para qualquer outro encargo, elle, perdida a esperança de conseguir qualquer coisa por meio de rogos, começou com imprecações, invocando a maldição de Deus sobre os estudos que eu desejava fazer com toda a tranquilidade, se eu me retirasse, deixando de prestar o meu concurso n’uma occasião de aquellas em que era tão necessario. Ouvindo estas suas palavras, senti-me tão atterrorisado que desisti da viagem que projectava.»
Calvino tinha vinte e sete annos e Farel quarenta e sete, quando começaram a trabalhar juntos em Genebra, e, não obstante a differença das edades, tornaram-se amicissimos um do outro. «Tinhamos um coração e uma alma», diz Calvino. Farel apresentou-o aos conselheiros da cidade. Principiou a sua obra fazendo conferencias na cathedral, e immediatamente se reconheceu que a sua palavra era attrahente e efficaz. A junta nomeou-o pastor, e, de collaboração com Farel, metteu hombros á grave tarefa de organizar a Reforma. Somos informados de que elle redigiu os artigos de fé e os regulamentos para o governo da Egreja, tendo antes d’isso, isto é, pouco depois da sua chegada a Genebra, escripto um catecismo para a infancia. A obra dos reformadores foi approvada pelo conselho da cidade, e esta, pelo que dizia respeito a todos os seus aspectos exteriores, adoptou por completo a religião reformada.
Farel sabia, porém, havia muito, e Calvino em breve o reconheceu tambem, que o de que Genebra necessitava era uma reforma moral. A cidade era o mais que podia ser de dissoluta, e havia muito tempo que permanecia n’aquelle estado. Os que durante muitas gerações tinham estado á testa dos negocios publicos conheciam esse facto, e tinham promulgado leis contra o viver licencioso. Entre os arquivos de Genebra relativos ao principio do seculo dezeseis, e ainda entre alguns do seculo quinze, apparecem leis sumptuarias contra o jogo, a embriaguez, as mascaradas, as danças e o luxo no vestuario; e, examinando os documentos judiciaes, encontram-se referencias a condemnações por infracções d’essas leis, commettidas muito antes de Calvino ter fixado lá a sua residencia.
Isto tem sido esquecido pelos historiadores quando accusam Calvino de ter tentado reformar o povo, mediante, como nós diriamos, leis votadas no parlamento. Calvino não fez essas leis, nem ha evidencia de elle as considerar muito importantes. Era, porém, de opinião, que sustentou sempre com toda a firmeza, de que ás pessoas que tinham uma vida immoral, cujas acções e linguagem não estavam em harmonia com a sua profissão christã, não se devia permittir que participassem da solemne instituição da Ceia do Senhor, e esse seu modo de vêr não tardou em indispôl-o com os habitantes de Genebra.
Ao cabo de muitas admoestações, os reformadores resolveram, por fim, exercer a disciplina ecclesiastica, afastando solemnemente da Mesa do Senhor os commungantes indignos. Os magistrados, que estavam sempre promptos a promulgar leis restrictivas do vicio, e até mesmo do viver faustoso, não quizeram consentir em que se pozesse em execução esta ordem de quem tinha a superintendencia na Egreja, e, ainda mais, o pulpito ficou de ahi em deante vedado a Calvino e a Farel. Estes não se submetteram, e no domingo de Pascoa de 1538 prégaram a uma multidão excitada e armada, recusando administrar á congregação a Ceia do Senhor, para evitar que esta fosse profanada.
No dia seguinte a junta da cidade reuniu-se para apreciar a conducta de Calvino e Farel. Os reformadores foram accusados de pretender usurpar o poder mediante os seus regulamentos ecclesiasticos, entre os quaes figuravam o da abolição de todos os dias santos, excepto o domingo, e o do desuso da pia baptismal e do pão asmo na Ceia do Senhor.
Estas accusações eram, evidentemente, meros pretextos, pois que o proprio Calvino havia declarado que lhe era quasi indifferente que as coisas que atraz mencionamos fossem ou não postas em pratica. O que os realmente predispunha contra Calvino e Farel era a supposição em que estavam de que elles pretendiam estabelecer um novo papado; os magistrados desejavam conservar nas suas mãos, não só a administração civil como a disciplina da Egreja. O resultado de tudo isto foi Calvino e Farel serem expulsos da cidade, não pelos papistas, mas por aquelles que até ali tinham contribuido para o avanço da Reforma.
O facto d’este conflicto entre os reformadores e os genebrenses ter ocorrido logo no principio da vida publica de Calvino revela uma grande differença entre os dois ramos da Reforma, o reformado, ou calvinista, e o lutherano. Calvino mostrou ter, desde o inicio da sua carreira, noções muito claras ácerca da disciplina da Egreja e do direito que a communidade christã tinha de se governar a si propria em assumptos espirituaes e do direito dos que estavam em auctoridade na Egreja tinham de excluir dos privilegios a todos aquelles que fossem indignos de participar d’elles. Luthero e Melanchthon tinham as mesmas idéas, mas não as pozeram em pratica. Luthero não modificou o modo como a superintendencia era exercida, limitando-se a transferil-a das mãos dos bispos para as das auctoridades civis; e o effeito pratico, posto que não premeditado, d’isto foi ficarem sendo os magistrados os que arbitravam se esta ou aquella pessoa devia ou não approximar-se da mesa do Senhor. Calvino, por outro lado, viu logo desde o principio que a Egreja, para ter uma existencia visivel, e conservar-se distincta do Estado, devia ter o direito de declarar quaes as pessoas que estavam no caso de ser admittidas como membros da Egreja e partilhar todos os privilegios da mesma, e ter a auctoridade para censurar os aggravos espirituaes e punil-os mediante a perda dos sacramentos.
Não consta que Calvino pedisse em tempo algum outra coisa além de que a disciplina da Egreja fosse exercida pela propria Egreja, representada pelos seus officiaes. Calvino, logo no começo da sua carreira, proclamou a independencia da Egreja em assumptos espirituaes, taes como a admissão á mesa do Senhor e a exclusão d’ella.