Da classe dos professores faziam parte todos os lentes da universidade e os mestres das escolas. Os presbyteros tinham a seu cargo a disciplina. Não eram eleitos pela congregação, mas, sim, nomeados pela junta da cidade, com previa consulta dos pastores; e todos elles tinham de ser membros das juntas. Conjunctamente com os pastores, faziam uma visita annual a toda a area que lhes pertencia, e experimentavam, de um modo simples, a fé e o proceder de todos os membros da egreja.
A assembléa de todos os presbyteros e de todos os pastores constituia o Consistorio, que era o conselho executivo e legislativo da Egreja. O Consistorio reunia-se todas as semanas, sob a presidencia de um dos quatro syndicos, ou primeiros magistrados, de Genebra, afim de receber e examinar todos os documentos relativos a irregularidades na vida e na conducta de quaesquer membros da Egreja, e deliberar ácerca da pena ecclesiastica a applicar a este ou áquelle caso, pena que podia ir até á exclusão da Mesa do Senhor. Não estavam auctorizados a infligir qualquer censura ou castigo que não fosse espiritual, mas tinham obrigação de participar todos os delictos á auctoridade civil, que era a unica que tinha o direito de punil-os. Todos os presbyteros eram escolhidos pela junta, e tinham de ser membros d’ella, resultando de ahi que os magistrados genebrenses que tomavam assento no consistorio na qualidade de presbyteros recolhiam as informações relativas a factos criminosos e transmittiam-n’as a si proprios quando tomavam assento na junta na qualidade de magistrados.
Os diaconos cuidavam dos pobres e dos enfermos, e eram egualmente nomeados pela junta.
O plano do governo da Egreja concorda, nas linhas geraes, com os principios que Calvino expoz nos seus Institutos, mas differe d’elles em tantos detalhes importantes que se torna impossivel acreditar que todo elle fosse obra do Reformador.
Nos Institutos expoz Calvino com a maxima clareza quaes são os verdadeiros principios do governo e disciplina ecclesiasticos. Prova que Deus educa e aperfeiçôa o Seu povo n’esta vida mediante a Sua Egreja, e que para a edificação da Egreja proveu uma variedade de dons, que não são concedidos indescriminadamente a todos os christãos, sendo limitado o numero d’estes que os teem recebido em maior escala. Estes dons podem ser classificados em tres categorias, instrucção, governo e caridade, ou, como os reformadores escocezes disseram, doutrina, disciplina e distribuição, e a Egreja pode verificar que alguns dos seus membros teem um talento especial para instruir, outros para dirigir, e outros para tomarem conta das collectas e da distribuição do dinheiro. Deus conferiu estes dons, e collocou na Egreja homens capazes de os exercerem, para edificação do Seu povo, e, por consequencia, as funcções que se desempenham na Egreja são de caracter ministerial e não tendem a exaltar pessoa alguma. Os officiaes são homens que melhores serviços podem prestar á communidade, e são, portanto, responsaveis perante esta e perante Deus pelo modo como os prestam. Calvino insistiu muito na verdadeira natureza e valor do presbytereado, que elle considerava a mais efficaz barreira contra a conquista de uma supremacia sobre a Egreja, como aquella que tinha sido uma das mais censuraveis usurpações da Egreja de Roma. Mediante este officio tem a Egreja aquelle governo methodico sem o qual nenhuma sociedade pode existir, e a communidade christã pode conservar-se livre da usurpação do poder e da tyrannia ecclesiastica por meio de um governo verdadeiramente representativo, isto é, livremente escolhido pelos membros da congregação. Calvino affirmou tambem, com muita insistencia, que este governo era espiritual, e que só lhe pertencia julgar as infracções espirituaes e infligir castigos espirituaes. O maior castigo espiritual era, segundo elle, a excommunhão.
As ordenanças ecclesiasticas differem, a muitos respeitos, dos principios expostos nos Institutos.—Calvino combateu sempre energicamente qualquer confusão entre a jurisdicção civil e a jurisdicção ecclesiastica, declarando que as duas deviam estar completamente separadas uma da outra. Nas Ordenanças não se mantem esta separação. A censura do consistorio era de continuo seguida, como veremos, de multa, de desterro, e, até, de morte; quando, segundo a theoria de Calvino, só castigos espirituaes se devem seguir a offensas espirituaes. Os anciãos que exerciam o governo ou a disciplina não eram escolhidos pela Egreja, nem eram realmente seus representantes. Eram designados pelos magistrados civis da cidade, e só eram elegiveis os que já fossem membros de uma organização politica. Os direitos da communidade christã eram praticamente desprezados, posto que Calvino houvesse declarado que o poder ecclesiastico pertencia realmente a toda a assembléa dos crentes. A junta escolhia os pastores, podendo a Egreja impôr o seu veto; escolhia d’entre si os presbyteros, e escolhia egualmente os diaconos.
Esta notavel desharmonia com os principios de Calvino era devida aos magistrados de Genebra, que assim procediam em opposição aos desejos do Reformador. Sentia-se especialmente molestado com o modo como eram escolhidos os presbyteros, e declarou que não considerava as Ordenanças um plano perfeito de governo ecclesiastico; pareceu-lhe evidentemente, porém, que era o melhor que n’aquella occasião se poderia obter, e acceitou-o, alimentando a esperança de que seria, mais tarde, modificado. Agradava-lhe tanto, apezar dos seus defeitos, que o considerava um modelo que podia ser copiado n’outros logares, e exprimiu a esperança de que Genebra, situada na fronteira da França, da Allemanha e da Italia, incitaria esses paizes a uma Reforma de caracter, perfeita e permanente.
Não obstante, os pontos em que as Ordenanças divergiam dos principios que Calvino expoz nos seus Institutos deram occasião a esses caracteristicos do governo genebrense que mais teem sido reprovados pelos historiadores. É fóra de duvida que a corrupção moral que predominava em Genebra foi combatida por leis severissimas, que chegavam mesmo a ser crueis. A antiga legislação genebrense era, em muitos casos, bastante severa, e quando se tratava de delictos especiaes a sua severidade tornava-se extrema; mas depois de publicadas as Ordenanças Ecclesiasticas as leis foram applicadas com um rigor anteriormente desconhecido.
O consistorio reunia-se todas as semanas, ás quintas feiras, e eram-lhe fornecidas informações ácerca da maneira como o povo se comportava; e essas informações eram communicadas á junta, ou conselho, que era o mesmo Consistorio, mas revestido da auctoridade civil. Eram prohibidos os divertimentos ruidosos, os jogos de azar, as danças, as canções profanas, as pragas e as blasphemias. Todo o cidadão tinha de estar em casa ás nove horas, sob pena de uma pesada condemnação. O adulterio era punido com a morte. Uma creança que atirou com umas pedras á mãe foi publicamente açoitada, e depois suspensa do patibulo pelos braços. Foram abolidas todas as folganças que tinham logar por occasião dos casamentos; os cortejos deixaram de levar tambores ou instrumentos musicaes á frente, e não mais se dançou nas bodas. Os theatros só podiam levar á scena peças biblicas. Ficou inteiramente prohibida a leitura de romances, e o auctor de qualquer obra que desagradasse ao Consistorio era mettido na prisão. Era preciso o maximo cuidado com o que se dizia, chegando as coisas a tal ponto que os hoteleiros eram obrigados a referir as conversas que os seus hospedes tinham tido á mesa. Nas hospedarias era tambem prohibido fornecer comida ou bebida a quem não pedisse, antes de se servir, a benção de Deus. Não era permittido jejuar, e um certo individuo foi castigado por não comer carne á sexta-feira.
É impossivel dizer que parte tomou Calvino n’estes regulamentos, de uma desnecessaria severidade. Muitos historiadores teem affirmado que elle dispunha de todo o poder em Genebra, e que poderia ter evitado muita coisa se quizesse. Elle era francez, e nenhuma nação tem como a França apresentado, em epocas de grande crise, tão duros legisladores. Calvino não tinha, por outro lado, abjurado a parte mais odiosa da theoria medieval quanto á disciplina da Egreja, isto é, a que auctorizava os tribunaes ecclesiasticos a recorrerem ao poder civil para que a certas offensas espirituaes fosse applicada multa, prisão ou execução capital, com o fundamento de que constituiam crimes contra a ordem e a paz da sociedade. Calvino acceitou esta doutrina; e o mesmo fez Beza, que chamava á liberdade de consciencia uma doutrina diabolica. Os theologos de Westminster admittiram egualmente a theoria medieval, e trabalharam para que ella fosse posta em pratica, em detrimento da reforma da egreja de Inglaterra. Não só Calvino como todos os principaes reformadores approvaram a morte de Servetus pelo motivo de haver negado a doutrina da Trindade e apresentado blasphemas asserções em defeza da sua opinião. Tudo isto tem de ser admittido.