Em Orleans foram umas poucas de egrejas atacadas ao mesmo tempo. Condé, acompanhado de Coligny e de outros vultos importantes, dirigiu-se a toda a pressa para a egreja de Santa Cruz, onde o tumulto era maior. Ao chegarem á egreja, Condé reparou n’um soldado huguenote, que havia subido a um ponto elevado da frontaria e se preparava para atirar cá para baixo com a imagem de um santo. O duque pegou n’um arcabuz, apontou-o ao dito soldado, e ordenou-lhe que descesse quanto antes. Elle não parou com o que estava fazendo, proferindo, porém, estas palavras: «Deixe-me primeiro fazer este idolo em migalhas, e depois mate-me, se isso fôr da sua vontade». Tratando-se de gente assim, que preferia morrer a deixar de destruir as imagens, era impossivel esperar que se podesse pôr um dique á iconoclastia, e onde quer que as tropas protestantes entrassem as egrejas ficavam n’uma completa desordem. Este procedimento foi tomado em toda a França como um indicio de que os protestantes, se chegassem a ter o poder nas mãos, seriam tão intolerantes como os catholicos, e, por consequencia, a sympathia pela sua causa, que até ali fôra sempre crescendo, começou a declinar.
O desenvolvimento da guerra foi, no seu conjuncto, desfavoravel aos huguenotes. Francisco, duque de Guise, era um admiravel general, e os papistas estavam bem providos de dinheiro e recebiam auxilio de fóra; ao passo que os huguenotes estavam quasi exclusivamente dependentes dos seus proprios recursos, e achavam-se muito mal fornecidos de fundos para o proseguimento da lucta. Os huguenotes perderam a batalha de Dreux, em Dezembro de 1562, graças, principalmente, á admiravel disciplina dos auxiliares suissos de Guise; mas, por seu turno, os papistas perderam o duque de Guise, que foi assassinado em Fevereiro de 1563.
Com a morte do duque, Catharina adquiriu maior poder, e tornou-se mais facil a paz. Os huguenotes não tinham conseguido vencer os papistas; e, do mesmo modo, os papistas não tinham conseguido exterminar os protestantes. Não se haviam reconciliado uns com os outros, mas achavam-se cançados; e convieram n’uma suspensão de hostilidades. O Edicto da Paz garantia aos protestantes os privilegios que lhes haviam sido concedidos um anno atraz, e accrescentava outros, sendo o mais importante este: «Em cada baliado será escolhida uma cidade em cujos arrabaldes os protestantes poderão realisar os seus cultos, e em todas as cidades, excluindo Paris, onde em 7 de Março do anno corrente era praticada a religião protestante, será a pratica d’esta permittida em dois recintos intra-muros, que serão opportunamente designados pelo rei». O Edicto de Amboise, saido em 12 de Março de 1563, só resolveu as coisas por metade, o que irritou ambas as facções. Os catholicos romanos não gostavam d’elle por tolerar a religião reformada, e os protestantes por não lhes conceder tudo quanto elles desejavam. Foi obra de Catharina e de Condé, cada um dos quaes confiava em que o futuro se encarregaria de tornar inoffensivas para o seu partido as concessões que fazia.
As treguas duraram cerca de cinco annos, ao cabo dos quaes arrebentou a segunda guerra religiosa. A lucta durou mais de um anno. A unica acção decisiva foi a batalha de St. Denis, em que Montmorency foi morto. Seguiu-se então o armisticio de Longjumeaux, cujas condições eram identicas ás do Edicto de 1562.
Este armisticio durou apenas alguns mezes, findos os quaes começou a terceira guerra religiosa. Os protestantes receiavam-se do duque de Alba, o feroz governador dos Paizes Baixos, que se estava preparando para ajudar a côrte franceza a exterminar todos aquelles que não quizessem submetter-se á Egreja Catholica Romana, e resolveram tomar a offensiva. Condé e Coligny souberam que o duque tinha aconselhado a rainha a tirar a vida aos chefes huguenotes, cair depois sobre o povo, e, finalmente, supprimir a obnoxia fé.
Os cabeças fugiram para La Rochelle, e a guerra começou. Combateu-se durante quasi todo o anno de 1569, com alternativas de bom e mau exito, tanto diplomatico como militar. Por fim, teve logar a batalha de Jarnac, onde os huguenotes foram derrotados, e onde Condé e varios outros encontraram a morte. A sorte parecia ter-se tornado crudelissima para os huguenotes. Os chefes hereditarios do partido eram Henrique de Navarra, moço de quinze annos, e seu primo Henrique de Conde, que não tinha muito mais edade do que elle, de modo que Gaspar de Coligny é que teve de arcar com toda a responsabilidade. Tratou de reunir as forças dispersas, e, não obstante alguns revezes, poude obter um tratado de paz que offerecia vantagens como nunca os huguenotes tinham logrado alcançar. Foi auctorizado o culto publico n’um grande numero de cidades, e quatro d’ellas—La Rochelle, Montauban, Cognac e La Charité—foram dadas aos protestantes como logares de refugio.
Coligny e Carlos IX.—O almirante Coligny ficou sendo, em virtude d’este tratado de paz, o chefe em quem os huguenotes mais confiavam. Deixou-se ficar em La Rochelle, no meio dos seus correligionarios, e encarregou-se da tutella dos dois jovens principes que eram as esperanças dos protestantes, Henrique de Navarra e Henrique de Condé. O fim principal que elle tinha em vista era de tornar permanentes as vantagens que os reformados tinham conquistado mediante as terriveis guerras religiosas. Convidaram-n’o a ir á côrte, e, a despeito de todos os avisos em contrario, foi. «Prefiro», disse elle, «morrer mil vezes do que, por uma indevida solicitude pela minha vida, dar occasião a que se avente uma suspeita em todo o reino».
Como quer que fosse, o nescio, fraco e dissoluto Carlos IX sympathizou com o velho fidalgo. O pobre rei, que tinha então uns vinte annos, não havia conhecido nunca um homem como aquelle. A enfermidade não o havia deixado desde a infancia, e estivera rodeiado por pessoas que tinham interesse em o educar na imbecilidade e na devassidão. Assim que se poz em contacto com Coligny, que era um homem que inspirava um instinctivo respeito, que nada dizia ou fazia que não estivesse de accordo com as suas convicções, que se havia tornado a mais celebre individualidade da França, que fora o organisador do partido protestante, que era quasi adorado pelos seus amigos, e que, apezar da sua edade avançada, estava ainda em todo o vigor da vida, não poude deixar de confiar n’elle como nunca tinha confiado em pessoa alguma.
Catharina, Henrique de Anjou, seu filho, e os Guises conheceram que o rei estava sob uma nova influencia, a que precisavam de subtrahil-o a todo o transe. Tinham medo de que o rei, tendo a seu lado um homem pundonoroso, lhes escapasse das mãos; e esta extraordinaria affeição que o debil Carlos sentiu por Coligny foi, segundo affirmam alguns historiadoros, a causa do massacre de S. Bartholomeu.
Catharina e Henrique de Guise tramaram o assassinio de Coligny. O attentado, porém, falhou. Catharina foi então ter com seu filho, e referiu-lhe que Coligny e todos os demais huguenotes estavam convencidos de que elle, Carlos, entrara também na conspiração que tinha por fim a sua morte, e que, portanto nunca havia de ter paz emquanto os protestantes não fossem exterminados. Em seguida propoz uma chacina dos vultos preponderantes, em que o rei, fortemente instado, consentiu.