Originaram-se de aqui as chamadas Guerras da Liga, em cujos variados incidentes não necessitamos de entrar. Tanto a quinta, como a sexta, como a setima guerra civil concluiu por um tratado de paz favoravel aos protestantes.
Em 1585 a Liga foi remodelada, consolidando-se o poderio dos Guises. A oitava guerra civil terminou em julho, mediante o tratado de Nemours, que não era tão favoravel para os protestantes. A nona guerra civil teve logar pouco depois. Foi denominada a Guerra dos Tres Henriques—Henrique III, Henrique de Guise, e Henrique de Navarra, o qual, apezar da sua pouca edade, havia ganho a confiança dos huguenotes. Essa guerra teve o seu termo na batalha de Coultras, em que os huguenotes ficaram victoriosos.
As luctas foram interrompidas pelas questões que surgiram entre o rei e o duque de Guise, presidente da Liga. O rei percebeu que a sua auctoridade diminuia rapidamente. Os Estados Geraes, que se reuniram em Blois, em Outubro de 1588, mostraram-lhe que a França estava sob o dominio do duque; e a insurreição que teve logar algumas semanas antes foi uma revelação do quanto a Liga se havia ramificado. Não querendo sujeitar-se por mais tempo áquella dependencia, resolveu libertar-se da Liga mediante a morte dos seus dirigentes. Henrique, duque de Guise, e Carlos, o cardeal, foram, portanto, assassinados em Dezembro de 1588, juntamente com muitos dos seus amigos; mas a Liga continuou a existir. É que ella havia estabelecido em toda a França associações similhantes aos clubs jacobinos do periodo revolucionario; e, quando os Guises foram assassinados, a sociedade mãe, ou, por outra, a Liga dos Dezeseis, como era conhecida, apoderou-se do governo, collocou adherentes seus em todos os logares de confiança, e submetteu os actos do rei á apreciação do parlamento. Henrique III, accomettido de um desprezivel medo, fugiu para o meio dos huguenotes, entregando-se ao seu grande rival, o rei de Navarra. Jacques Clemente, frade dominicano, e um dos fanaticos da Liga, foi, porém, em sua perseguição, e apunhalou-o. Algumas horas depois Henrique III expirava, e o general huguenote ficava sendo o legitimo herdeiro da corôa de França.
Henrique de Navarra.—Ao principio foi apenas reconhecido pela parte protestante da França. A Liga dispunha de grande poder, e estava resolvida a impedir que o throno fosse occupado por um huguenote. Até mesmo os catholicos romanos moderados com dificuldade podiam admittir que reinasse em toda a França um rei que professava a religião da minoria. O papa recusava-se a reconhecer um soberano protestante, e Filippe II de Hespanha fez a ameaça de uma invasão das suas tropas. N’estas circumstancias, Henrique de Navarra fez uma coisa extraordinaria: pediu para ser instruido nas doutrinas da religião catholica romana. Isto chamou para o seu partido um grande numero de romanistas moderados, e o rei poude desbaratar a Liga nas batalhas de Arques e Ivry.
A Liga continuava ainda a intimidai-o muito e projectava levar ao throno Carlos de Guise, duque de Mayenne, ou o Cardeal Bourbon, tio de Henrique, (que reinou effectivamente sob o nome de Carlos X), ou Filippe II de Hespanha, que tinha casado com uma Valois.
Em face de todas estas complicações, Henrique deu um passo que a sua heróica mãe nunca teria dado. Fez-se catholico romano. O effeito d’isto foi que n’um maravilhosamente curto espaço de tempo a Liga se dissolveu, e Henrique IV foi acclamado rei por quasi toda a França. Os seus velhos companheiros de armas e correligionarios, posto que deplorassem a sua apostasia, não abandonaram o joven que desde a infancia havia sido seu associado e chefe, e que, depois dos afflictivos dias de Bartholomeu, havia deixado a côrte assim que isso lhe fôra possivel, para combater junto d’elles. Elle, em troca, concedeu-lhes aquillo por que haviam luctado durante trinta annos.
O Edicto de Nantes.—Em 1598 foi assignado o famoso Edicto de Nantes, que se adeantava mais em tolerancia religiosa do que qualquer outro edicto do seculo dezeseis. Tinha, porém, um grande defeito, e era que as circumstancias em que a França se encontrava tornavam impossivel garantir liberdade religiosa sem conceder aos protestantes certos privilegios politicos que os constituiam um estado no estado, e que mais tarde obstaram á completa fusão dos dois partidos n’um governo.
Este edicto outorgava completa liberdade de consciencia; de ahi em deante ninguem mais seria perseguido por causa das suas idéas religiosas. Todos os nobres que possuissem aquillo a que se chamava «superior jurisdicção» tinham auctorização para ensinar o calvinismo, e toda a gente podia aproveitar-se das suas lições. Os nobres que não possuissem essa jurisdicção gozavam do mesmo privilegio, e podiam ter ao seu serviço quantas pessoas quizessem, quando residissem em localidades onde não houvesse catholicos romanos com a «superior jurisdicção». Dava licença para que continuasse, ou fosse restaurado, o culto publico «a que chamam reformado» em todas as cidades onde elle já existia em Agosto de 1597. Quando os protestantes estivessem espalhados por um districto provinciano, designar-se-hia para local do culto uma das povoações. Prohibia-se aos protestantes o culto publico em Paris, ou a cinco milhas de distancia d’essa cidade, e nas seguintes cidades, onde predominava o fanatismo catholico romano: Reims, Toulouse, Dijon e Lyon. N’outra qualquer parte os protestantes podiam ter egrejas, sinos, escolas, etc. Os principaes limites da liberdade religiosa consistiam em que a religião romana era declarada a religião estabelecida, e em que os protestantes tinham de pagar dizimos ao clero official, não podiam trabalhar nos dias santificados, e eram obrigados a conformar-se com as leis matrimoniaes da egreja catholica.
Os protestantes, ficou também declarado, tinham os mesmos deveres civis e os mesmos privilegios dos catholicos romanos, e podiam concorrer a todos os empregos e dignidades do Estado. Estabeleciam-se tribunaes de justiça especiaes, para julgamento dos protestantes. Estes retinham durante oito annos todas as cidadellas que lhes pertenciam anteriormente a 1597, com todo o material de guerra; e n’essas cidades os governadores eram nomeados pelos huguenotes.