Filippe não podia ficar para sempre nos Paizes Baixos, pois que a sua presença era necessaria na Hespanha, e antes de se retirar precisava de nomear uma pessoa que ficasse governando em seu nome. As provincias queriam que esse encargo recaisse sobre um dos seus nobres, e os nomes de dois membros da aristocracia, Guilherme de Orange e o Conde Egmont, que eram tambem principes do Imperio Allemão, foram frequentemente pronunciados na presença do rei. Tinham sido ambos muito affeiçoados a Carlos V, havendo demonstrado por meio de actos a sua dedicação, e possuíam todos os requisitos para o desempenho de aquelle logar. A escolha de Filippe, porém, caiu em sua cunhada, Margarida de Parma, que estava inteiramente dependente d’elle, era estranha ao paiz, cuja lingua ignorava, e conforme Filippe suppunha, lhe obedeceria cegamente. Deixou junto d’ella, como primeiro conselheiro, Antonio Perrenot, mais conhecido pelo cardeal Granvella, creatura sua, e mais um ou dois que elle sabia ao certo que executariam sem hesitação qualquer ordem que mandasse.

A Inquisiçao.—O mais importante elemento de repressão, comtudo, foi a inquisição. Esta terrivel instituição differia inteiramente da organização que, com o mesmo nome, existiu antes da Reforma. A primeira inquisição, estabelecida para exterminio dos albigenses do sul da França, causou grandes soffrimentos aos não-conformistas da edade media, mas as suas funcções eram geralmente entregues aos dominicanos e aos franciscanos, e a rivalidade que havia entre uns e outros, combinada com o facto de terem sido estas duas grandes ordens as que deram acolhida á heresia medieval, obstou a que ella fosse o perseverante instrumento de repressão de que os papas de epocas posteriores á da Reforma, os jesuitas e os monarcas como Filippe II careciam. Foi, por conseguinte, remodelada em Roma sob a superintendencia do cardeal Caraffa, que mais tarde se chamou Paulo IV, separada das ordens monasticas, e restabelecida sobre uma base independente.

Tinha por fim, segundo a bulla que presidiu á sua fundação, extirpar a heresia, primeiro em Italia, e em seguida em todo o mundo; e no seu funccionamento havia quatro regras a observar. Em materias de fè não se permittia um momento de demora, e a inquisição tinha de proceder com o maior rigor á mais leve suspeita, não se respeitava as pessoas dos principes ou dos prelados, por mais elevada que fosse a sua posição; usar-se-hia de um rigor especial para com aquelles que se acolhessem á protecção de um rei ou de uma personagem equivalente; e não se concederia uma falsa tolerancia a qualquer heresia, sobretudo ao calvinismo.

A idéa do cardeal Caraffa era tornar a inquisição alliada do Estado, prestando o poder civil a sua coadjuvação para que as ordens da Egreja fossem cumpridas, e acoimando esta de heresia qualquer acto ou phrase que um Estado despotico entendesse que lhe era hostil. A inquisição tornava-se assim uma terrivel maquina nas mãos de um governo despotico, e, na verdade, onde quer que a sua presença se fez sentir por muito tempo, toda a liberdade civil e religiosa foi suffocada.

A Italia e a Hespanha ainda não se restabeleceram das feridas por ella abertas.

Carlos V estabeleceu a Inquisição tanto em Hespanha como nos Paizes Baixos, e, de accordo com o que ella preceituava, publicou alguns edictos cheios de violencia, aos quaes, não obstante a passiva opposição dos regentes, não houve remedio senão obedecer. Foi prohibido imprimir, copiar, conservar escondido, comprar, vender ou dar qualquer livro de Luthero, Œcolampadius, Zwinglio, Bucer, Calvino, ou qualquer outro hereje. Foi tambem prohibido damnificar, de uma ou outra fórma, a imagem de qualquer santo canonizado, assistir a reuniões hereticas, ler as Escripturas, e entrar n’uma discussão ou controversia religiosa. Os transgressores, se se retractassem, eram mortos á espada ou enterrados vivos; se não se retractassem, eram queimados, com confiscação de todos os seus bens. Aquelle que denunciasse um hereje recebia uma boa parte da sua fortuna, logo que fosse provada a veracidade da accusação. Os suspeitos de heresia eram obrigados a abjurar, e, se tornava a haver duvidas a seu respeito, procedia-se com elles como se fossem herejes declarados. Durante o reinado de Carlos houve todos os annos um bom numero de execuções, e, não obstante, a Reforma ia-se propagando. Em 1550 já tinham fugido á inquisição 10:000 pessoas, que procuraram refugio em paizes estrangeiros. Filippe, a cujo conhecimento isto chegou, era de opinião que o terrorismo ainda não tinha sido exercido senão em pequena escala; concedeu, portanto, mais amplos poderes á inquisição, e ordenou á regente e ao seu conselho que prestassem aos inquisidores todo o auxilio que lhes fosse necessario.

Os novos bispados.—No principio do seculo dezesseis havia nos Paizes Baixos quatro bispados: o de Arras, o de Cambray, o de Tournay e o de Utrecht. Filippe, só com uma pennada, propoz que se acerescentassem quatorze. O cardeal Caraffa, já então o papa Paulo IV, deu logo o seu apoio a essa proposta, pois que, disse elle, a heresia andava desenfreiada pelos Paizes Baixos, e a seara era abundante mas poucos os obreiros. O clero dos Paizes Baixos protestou; o povo, indignado, appellou para a constituição do paiz, que não permittia que o clero fosse augmentado sem o consentimento d’este. Todos os protestos, porém, foram baldados. Em 1560 o paiz foi dividido em quinze bispados, que ficaram sobre as ordens de tres arcebispos, tendo por primaz o arcebispo de Mechlin; e Filippe alcançou assim um bom numero de voluntarios instrumentos de repressão, assim como uns poucos de tribunaes onde os casos de heresia fossem julgados e sentenciados.

Tornar-se-ha hespanhol o paiz?—No entretanto o paiz ia-se alarmando. Estas mudanças foram para a maioria dos neerlandezes indicios de que se intentava reduzir os Paizes Baixos á condição de Hespanha. O patriotismo identificou-se com a Reforma, e a causa nacional e a religião evangelica caminharam, por assim dizer, de mãos dadas.

Isto deu um grande impulso ao movimento protestante. Tornou-se a causa popular. Multidões intervieram nos castigos ecclesiasticos, apoderaram-se das victimas condemnadas á morte pela inquisição, promoveram tumultos por occasião da missa, e por vezes atacaram as egrejas e derrubaram as imagens.