Um anno foi gasto a visitar varias localidades da França e da Suissa. Em Genebra tornou-se o intimo amigo de Calvino. Apoz uma curta estada em Frankfort sobre o Maine, onde foi pastor da congregação de refugiados inglezes que se haviam ajuntado ahi, tornou-se o pastor da Congregação ingleza de Genebra em 1555. Durante a sua curta permanencia ahi tomou parte na composição de aquelle directorio do culto publico, que, sob os varios nomes de Livro de Ordem Commum, Livro de Genebra e Lithurgia de Knox, serviu de guia no culto publico da Egreja reformada da Escocia até á publicação e adopção do Directorio dos Theologos de Westminster. Collaborou tambem ma traducção da mais popular das primitivas versões da Sagrada Escriptura, a Biblia de Genebra.

Durante a sua ausencia foi ganhando a pouco e pouco a reputação de ser o unico homem competente para conduzir os esforços do partido reformista da Escocia a satisfactorio resultado final; e no outomno de 1555 regressou á sua terra natal. Com a sua coragem habitual, começou logo a fazer predicas nos aposentos que occupava em Edinburgo, e fez alguns gyros predicativos, como, por exemplo, a Forfarshire, sob a protecção de Erskine de Dun, e a West Lothian, sob a protecção de Lord Torphichen. Foi durante esta visita que Knox principiou a administrar a Ceia do Senhor á moda reformada. A primeira celebração foi em casa do conde de Glencairn, na primavera de 1556.

O Reformador, provavelmente, não achou o paiz em estado de entrar em qualquer grande movimento que o approximasse da Reforma, e partiu da Escocia para Genebra em Julho de 1556. Queixou-se da lentidão, timidez e falta de união entre os protestantes, quando alguns dos fidalgos lhe solicitaram, em Março de 1557, que voltasse, e mandou dizer que achava melhor addiar o seu regresso. Esta reprehenção deu logar a uma Confederação dos nobres, que depois se tornou bem conhecida na Escocia sob o titulo de Lords da Congregação.

A Congregação e a Primeira Convenção.—O turbulento caracter dos barões escocezes, e a fraqueza da auctoridade central, tanto do rei como dos estados, eram origem de constantes confederações de homens de todas as classes para realisarem, com segurança, emprezas, umas vezes legaes, e outras illegaes. Os confederados promettiam ajudar-se uns aos outros na obra que se propunham executar, e defender-se mutuamente das consequencias que se lhe seguissem. Estas combinações eram geralmente redigidas em fórma legal por notarios publicos, e o seu cumprimento tornava-se obrigatorio mediante todas as formulas de garantia que a lei facultava. Estes Lords da Congregação seguiram um costume predominante em todas as confederações quando se alliaram para manter e dar maior desenvolvimento á bemdita palavra de Deus e á Sua congregação, e para renunciar á congregação de Satanaz com todas as supersticiosas abominações e idolatria que lhe eram inherentes; mas introduziram um novo sentido espiritual n’esta alliança quando o seu pacto de federação se tornou tambem uma promessa feita a Deus em publico, como as que encontramos no Antigo Testamento, de serem verdadeiros e fieis á Sua palavra e direcção. Esta «faixa assignada pelos Lords», como Calderwood lhe chama, foi a primeira das cinco convenções que se tornaram famosas na historia da Egreja Reformada da Escocia.

A esta convenção estavam ligadas duas resoluções, em que os confederados resolveram insistir no uso do Livro de Oração de Eduardo VI nas paroquias que estivessem debaixo do seu governo e dar incremento á exposição das Escripturas, particularmente, pelas casas, até que as auctoridades permittissem a prégação publica «por verdadeiros e fieis ministros».

Este acto reanimou grandemente todos aquelles que desejavam uma reformação, e fez com que o povo tivesse ousadia para exprimir a sua aversão pelas supersticiosas ceremonias da Egreja Catholica Romana. A Côrte, em 1559, prohibiu de prégar todos aquelles que não estivessem auctorizados pelos bispos; e, como não se fizesse caso d’essa prohibição, os prégadores foram intimados a apresentar-se no tribunal de Stirling.

N’este entretanto Knox voltou á Escocia. Desembarcou em Leith, a 2 de Maio, e dirigiu-se a Perth, onde os Lords da Congregação se haviam reunido para proteger o seu prégador. Chegou a Perth a noticia, emquanto Knox estava prégando, de que os ministros reformados estavam proscriptos, e no dia seguinte, depois do sermão, quando um padre tentou dizer missa na presença de uma excitada multidão, produziu-se um tumulto, e a «vil turbamulta», segundo a expressão de Knox, entrou nos conventos dos franciscanos e dos cartuxos, e pôl-os a saque. A rainha regente marchou a atacar os sediciosos; o conde de Glencairn saiu a proteger os reformados; estava prestes uma guerra civil. Quasi immediatamente, porém, a rainha cedeu; de ambos os lados se entrou em negociações sem uma mutua confiança. Por fim os Senhores da Congregação marcharam sobre Edinburgo, tomaram posse da cidade em Outubro de 1559, e, convocando os estados, depozeram a regente. Concluiu-se um tratado com a Inglaterra, e Isabel mandou tropas inglezas para protegerem a Congregação. Houve um combate entre a facção romanista, auxiliada pelo exercito francez, e a Congregação, auxiliada pelas tropas que tinham ido de Inglaterra, e os francezes foram repellidos. A rainha regente morreu em junho do anno seguinte, e a Congregação ficou senhora da Escocia.

Os estados do reino reuniram-se, e foi posto á sua deliberação um pedido da Congregação, referente a uma reforma de doutrina, de disciplina, de administração dos sacramentos, e da distribuição do patrimonio da egreja. Em resposta, os estados requisitaram um summario das desejadas reformas doutrinaes; e de ali a quatro dias foi-lhes apresentado um decumento, conhecido depois pelo nome de Confissão Escoceza. Foi tomado em consideração, os prelados fizeram algumas, poucas, observações, e, posto a votos, foi approvado quasi por unanimidade. Egual sorte tiveram as outras tres Actas, que aboliam a jurisdicção do papa no interior do reino, revogavam todas as anteriores determinações do parlamento que eram contrarias á Palavra de Deus e á Confissão de Fé recentemente adoptada, e prohibida a assistencia á missa e a outras ceremonias idolatras. E a religião reformada ficou sendo a religião da Escocia legalmente auctorizada. A auctoridade, comtudo, era o poder dos Estados, independentemente do soberano; pois que a rainha regente tinha fallecido, e a sua filha, Maria, rainha da Escocia, ainda não havia regressado da França.

A Confissão Escoceza, ou Confessio Scotica.—Apresentada aos Estados, e englobada nas suas Actas quando adoptada por elles, foi a obra de seis reformadores escocezes: Knox, Spottiswood, Willock, Row, Douglas e Winram. Diz-se que Maitland de Lethington, tido na conta de um dos mais habeis estadistas do seu tempo, reviu o livro e attenuou algumas das suas declarações. Redigido á pressa por um pequeno numero de theologos, é mais complacente e humano do que a maioria dos credos, e por essa razão tem-se recommendado a muitas pessoas que não se conformam com a logica impessoal da Confissão de Westminster. As primeiras phrases do prefacio dão uma idéa geral do todo. «Ha muito tempo que anceiavamos, queridos irmãos, por notificar ao mundo a summula de aquella doutrina que professamos, e pela qual nos havemos sujeitado ás ignominias e aos perigos. Tal tem sido, porém, a ira de Satanaz contra nós e contra Jesus Christo, cuja verdade eterna se manifestou ultimamente entre nós, que até hoje não nos tem sido concedido tempo para desobstruir as nossas consciencias, o que com muito regozijo teriamos feito.» O prefacio expõe tambem mais claramemte do que qualquer outra Confissão do mesmo genero a reverencia com que os vultos da Reforma tratavam a Palavra de Deus. «Pedimos a qualquer pessoa que notar n’esta nossa Confissão algum artigo ou phrase que esteja em desacordo com a Santa Palavra de Deus, que, dando prova da sua caridade christã, nos advirta d’esse erro por escripto, e, pela nossa honra e fidelidade, promettemos dar-lhe satisfação pela bocca de Deus, isto é, mediante a Sua Santa Escriptura, ou então emendarmos aquillo que se demonstrar que precisa de correcção. Perante Deus deixamos escripto nas nossas consciencias que abominamos, do fundo do coração, todas as seitas hereticas, e todos os promulgadores de doutrinas erroneas; e que com toda a humildade abraçamos a pureza do Evangelho de Christo, que é o unico alimento das nossas almas.»