Este conflicto com os puritanos começou cerca do anno de 1564, e durou durante toda a vida de Isabel. Ao principio o ponto principal em discussão era o uso da capa de asperges e da sobrepeliz, que é uma sobrevivencia da toga branca, ou traje de ceremonia, do imperio romano. Os puritanos do tempo de Isabel mantinham-se n’uma posição identica á de seus irmãos no reinado de Eduardo VI. Sustentavam que os cargos na Egreja christã não são sacerdotaes nem senhoriaes; ninguem era eleito bispo pelo facto de ser clerigo, e poder por essa razão approximar-se mais de Deus do que os seculares, ou porque o governo lhe havia sido conferido por uma auctoridade de fóra da Egreja, mas porque os officios de superintendente e pastor são de utilidade para a Egreja, e porque a Egreja chama esses homens para a servirem no limite das suas funcções. Recusavam fazer uso dos paramentos, porque estes significavam uma coisa em que elles não criam.

A contestação tomou em breve um caracter violento. Os bispos sentiam-se inclinados a contemporizar, pois que sabiam o quanto se havia espalhado e quão profundamente arraigada estava aquella opposição ás vestes clericaes; mas a rainha não lh’o permittiu. Fez uso do poder que a supremacia lhe dava sobre os bispos para os obrigar a pôrem em execução a Acta da Uniformidade, e isso deu logar a que o puritanismo fosse como que um protesto contra a supremacia real e contra a constituição episcopal, e como que um brado para que o povo tivesse voz activa no governo da Egreja, o que só o presbyteriannismo ou o congregacionalismo pode proporcionar. Durante os annos de 1565 e 1566 foram em grande numero os ministros que perderam os seus logares por não se quererem conformar com os usos estabelecidos.

A rainha entendia que a sua posição como governadora da Egreja a auctorizava a proceder a continuos inqueritos ao modo como era conduzido o culto publico nas paroquias de Inglaterra. Nomeou commissarios reaes para inspeccionar e dar-lhe as necessarias informações, e estes agentes de Isabel vieram a constituir o Tribunal da Alta Commissão, que se tornou um instrumento de tyrannia ecclesiastica nos reinados de seus successores. Por estes commissarios foi Isabel informada da existencia dos não-conformistas, e insistiu n’uma submissão ás praticas estabelecidas.

O povo fez, na sua maioria, causa commum com os ministros que estavam inhibidos de tomar parte nos serviços. As prisões e as multas só serviram, como sempre aconteceu, para ateiar as chammas da dissidencia. Esta fez a sua apparição nas universidades. Os estudantes recusaram fazer uso da sobrepeliz ou assistir aos serviços religiosos feitos por clerigos paramentados. Foram tantas as paroquias que vagaram que não era possivel arranjar ministros para todas; e, quando qualquer ministro submisso era collocado n’uma d’ellas, o povo, em geral, apupava-o. Alguns dos mais zelosos ministros separaram-se da Egreja nacional.

O grande dirigente dos puritanos era Thomaz Cartwright, que, tendo sido educado no Collegio de S. João, em Cambridge, veiu a ser depois professor de theologia. Era um homem piedoso e illustrado, e um eloquente prégador, e, tendo perdido a sua cadeira de lente por causa das suas opiniões, ainda por cima teve de soffrer o exilio. Dois puritanos, Field e Wilcox, escreveram um folheto moderado—Uma advertencia ao parlamento—sobre a disciplina da Egreja e as medidas violentas que haviam sido tomadas contra os puritanos. Foram mandados para Newgate, como dois criminosos quaesquer. Cartwright escreveu uma Segunda Advertencia em defeza dos seus amigos, e teve, pela segunda vez, de fugir do paiz. A rainha respondia a cada pedido de tolerancia com novas exonerações, a ponto de haver n’uma só diocese, a de Norwich, segundo consta, não menos de trezentos ministros suspensos. O arcebispo Parker morreu em 1575, havendo-lhe o cargo de executor da rainha, que desempenhava bem contra sua vontade, tornado amargosissimos os ultimos annos da sua vida.

A Inglaterra e o protestantismo de fóra do reino.—Ha alguma desculpa para as medidas tomadas por Isabel contra os puritanos no principio do seu reinado. A Inglaterra estava fraca, estava empobrecida, e o throno de Isabel não offerecia estabilidade. Não sympathisava com a Reforma no que ella mais profundamente significava, e não a animava o desejo de ver o seu povo convertido n’uma nação de enthusiasticos reformadores. A Inglaterra, segundo a sua opinião, precisava de descanço e de paz para recuperar as suas esgotadas energias. Se a Inglaterra tivesse abraçado o protestantismo com verdadeiro enthusiasmo, não assistiria de braços cruzados ás crueldades commettidas para com os protestantes francezes e hollandezes pela França e pela Hollanda. Desempenharia na Escocia, nos Paizes Baixos e na França o papel de campeão protestante. Isabel, com a sua impassivel politica, conservou o povo inglez de reserva para o grande futuro que o esperava. «Nada de guerra, meus senhores, nada de guerra», exclamava ella invariavelmente quando Cecil ou outro qualquer ministro manifestava o desejo de a ver collocada á frente de uma liga protestante.

Isabel não obstante a sua anterior attitude de resistencia, não desejava romper por completo com os papistas, ou apresentar-se quer aos seus subditos catholicos romanos, quer ás nações continentaes, como uma rainha forte e resoluta. A Inglaterra necessitava de descanço, e a rainha havia determinado conservar em paz o seu paiz.

Isto explica em parte a sua politica de indifferença perante a lucta em que os protestantes se achavam envolvidos n’outros paizes. Cecil, o maior dos ministros que Isabel teve, queria que ella se pozesse á frente de uma grande liga protestante e prestasse um auxilio efficaz aos protestantes da Escocia, dos Paizes Baixos e da França. Os ciumes que Isabel tinha de Maria Stuart forçaram-n’a a coadjuvar em grande medida o partido protestante da Escocia—a coadjuval-o até ao ponto de elle poder tornar preponderante aquella fórma de protestantismo em que tanto havia perseverado. Pelo que, porém, diz respeito aos Paizes Baixos e á França, Isabel não deu outro auxilio além do que era sufficiente para que o partido protestante continuasse a existir, e isso mesmo foi feito mais com o fito de consumir as forças da França e da Hespanha do que com o de proteger perseguidos correligionarios.

Luctas intestinas com o catholicismo romano.—A politica da côrte romana e especialmente as declarada sintenções e designios dos jesuitas forçaram Isabel, depois de ter reinado quasi doze annos, a mostrar-se mais decidida a defender a fé protestante, tanto em Inglaterra como fóra d’ella. Os jesuitas tinham insistido repetidas vezes em que não se devia guardar fidelidade aos chefes de estado protestantes; alguns dos seus emissarios tinham pregado o assassinio como meio licito de desembaraçar os paizes dos seus soberanos protestantes, e não faltavam exemplos que advertissem Isabel da sorte que a esperava.