A sua rival, Maria Stuart, expulsa da Escocia, era para a Inglaterra uma prisioneira perigosa. A morte de Isabel podia tornal-a, a ella que era a esperança do partido catholico romano, a herdeira mais proxima do throno inglez.
Em 1570, o regente Moray, que era o chefe politico da Reforma na Escocia, foi escandalosamente assassinado. Em 1572 foi planeado, e barbaramente posto em pratica, o massacre de S. Bartholomeu. No mesmo anno o duque de Alba, Filippe II e o papa conferenciaram com Ridolfi, florentino que residira durante muito tempo em Inglaterra, sobre a possibilidade de uma insurreição catholica romana em Inglaterra, dirigida pelo duque de Norfolk. Descoberta a conspiração, Norfolk foi decapitado. Todos estes casos mostraram a Isabel que toda a sua salvação estava em entrar verdadeiramente no caminho da Reforma, e mostraram tambem ao povo o quanto Isabel era essencial para o triumpho do protestantismo.
É talvez uma evidencia de que a rainha e os seus subditos protestantes se ligaram mais estreitamente o facto de Edmundo Grindal, clerigo de pronunciadas tendencias puritanas, ter sido collocado na sé de Canterbury, vaga em virtude da morte de Matheus Parker.
Em todo o caso, Isabel, se não se mostrou menos intolerante no reino, reconheceu que era de seu dever enviar mais soccorro aos protestantes de fóra. Os huguenotes receberam um auxilio pecuniario. Os aventureiros inglezes, e entre elles Francisco Drake, tiveram permissão para fazerem todo o mal que podessem ao commercio hespanhol. Isabel mandou, mesmo, um corpo de exercito para ajudar os neerlandezes na sua guerra com a Hespanha.
Este procedimento fez com que as forças catholicas romanas trabalhassem com mais ardor para a ruina da Inglaterra. Estabeleceu-se um seminario em Douay, e um collegio em Roma, onde se preparassem padres inglezes que iriam depois para o seu paiz promover agitação entre os romanistas. E eram continuos os rumores de novas conspirações para collocar Maria Stuart no throno de Inglaterra.
Isabel e os seus conselheiros compenetraram-se, por fim, do perigo que ella corria. O parlamento promulgou que os missionarios romanistas ficavam sujeitos ás penalidades que correspondiam a crimes de alta traição, e quando se descobriu a conspiração de Babington, para assassinar Isabel e pôr Maria em liberdade, e se provou que Maria estava ao facto de toda a trama, ficou decidida a execução da rainha dos escocezes. Isabel não representou um papel muito heroico n’esta tragedia, mas adquiriu a certeza de ter, d’esta vez, quebrado todas as relações com Roma, assim como Roma e os poderes romanos não poderam deixar de reconhecer que o tempo das conspiratas tinha findado, e que, ou a Inglaterra seria subjugada, ou ter-se-hia de admittir a Reforma como um facto consumado.
A Armada hespanhola.—Roma e Hespanha descobriram por fim o que o astuto Guilherme Cecil tinha descoberto desde o principio. «O imperador aspira á soberania da Europa, coisa que elle jámais poderá conseguir sem que seja suprimida a religião reformada; e não poderá esmagar a Reforma sem que primeiro esmague a Inglaterra». Carlos V tinha visto isso, mas não muito claramente, quando se mostrou tão ancioso por uma alliança com a Inglaterra, no principio do reinado de Maria. Filippe II viu-o quando se offereceu para marido de Isabel. Coube, finalmente, a vez ao papa, o qual, de mãos dadas com Filippe, fez convergir todos os seus esforços no sentido de subjugar a Inglaterra.
A occasião era propicia. Filippe e a Santa Liga da França tinham, apparentemente, triumphado. A Inglaterra encontrava-se isolada.