Выборы епископов постоянно приводили к столкновениям между королями и церковью. Так, Бонифаций VIII (1294–1303) часто вмешивался в выборы, проводимые капитулами, а Альфонс X со своей стороны заявил, что неотъемлемым правом короны является утверждение кандидатов, избранных капитулами, и что право это основывается на трех посылках: во-первых, короли Испании отвоевали страну у мавров, распространили там христианство и превратили мечети в церкви, во-вторых, они основали новые церкви, и, в-третьих, они жертвовали на постройку церквей и непрерывно жаловали церквам новые и новые бенефиции. Фактически в XIII в. было признано, что епископов выбирает капитул с разрешения и одобрения короля, а затем их утверждает соответствующий архиепископ. Кандидатура последнего утверждалась папой, но короли продолжали вмешиваться в дела выборов архиепископов, чему примером являются два случая, имевшие место в Толедо в 1308 и 1335 гг., при Фернандо IV и Альфонсе XI. Теоретически один из законов «Партид» признает неотъемлемым правом папы возводить в сан и низлагать епископов при условии, что подобные акты «принесут пользу стране или будут совершены по просьбе короля». И действительно, в конце XII в. в Испании практикуются прямые назначения епископов папой. В XIV в. уже становится общим правилом утверждение епископов папой (а не архиепископом) и имеют место прямые назначения епископов, хотя случаи эти отмечаются в Кастилии реже, чем в Арагоне. В XIV в. в Кастилии было три архиепископства и 24 епископства.
Короли пользовались правом смещать или изгонять епископов, если последние действовали вопреки интересам или намерениям монарха. Короли сохранили также право запрещать опубликование папских булл, если таковые могли нанести ущерб государству; так поступали Санчо IV, Фернандо IV, Альфонс XI и другие, особенно же часто к подобным мерам прибегал Хуан II. Они также сопротивлялись установлению церковной юрисдикции и стремились укрепить королевскую власть с тем, чтобы обеспечить успешное отправление судопроизводства по уголовным и гражданским делам. Для этого был создан институт «обращения к силе» ( recursos de fuerza ) или апелляций к королю, который применялся, когда церковные трибуналы, желая расследовать какое-либо дело тайным и незаконным образом, препятствовали действиям королевских судей или же учиняли притеснения и насилия. Первой апелляцией подобного рода было обращение к королю приходских священников Авилы с жалобой на епископа и каноников (1258 г.). Альфонс X в различных законах «Партид» определил следующие случаи, когда духовные лица лишаются права быть судимыми своим трибуналом: при тяжбе о правах собственности или наследования между лицом духовным и светским; при подделке документов, ереси, непослушании или оскорблении епископа; при незаконном присвоении духовного звания. Изъятие из-под юрисдикции церковных судов производилось и в тех случаях, когда привлекались к ответственности лица, пренебрегающие постановлениями об отлучении от церкви или совершившие уголовные преступления. В равной мере коронным судам поручалось вынесение решений о наказаниях за различные правонарушения религиозного или дисциплинарного характера.
Отменялась также привилегия, позволявшая епископам пренебрегать вызовами светских судей, даже в тех случаях, когда явка на суд предписывалась королем. Именно Альфонс X, благочестивейший из королей, щедрый на пожалования церквам и монастырям, охранял права государства, запрещая разбор дел, подведомственных светским судам, в церковных трибуналах. Он противился назначению клириков на должности алькальдов, писцов и нотариусов и запрещал разбор церковными судами гражданских дел, дабы устранить злоупотребления, которые вызывались применением практики отлучений. Альфонс X требовал, чтобы не оставались безнаказанными духовные лица, совершившие различные преступления, угрожая прямым вмешательством коронной юстиции в подобных случаях. Такой же практики придерживались и преемники Альфонса X. С другой стороны, однако, подтверждены были права церковной юрисдикции в сфере чисто церковных дел. Церковные трибуналы разбирали дела о взимании десятины, о пожертвованиях, попечительстве, погребениях, дарах и пожалованиях церкви, отлучениях, интердиктах, тяжбы о пределах компетенции тех или иных духовных судей, споры о демаркации рубежей церковных владений. Ведению церковных судов подлежали дела, связанные с исповеданием веры, церковными таинствами (крещения, браки, разводы), ростовщичеством, прелюбодеянием и с кражами кощунственного характера.
Особенно возмущало как королей, так и города то обстоятельство, что папа нередко назначал или добивался назначения на посты аббатов, приоров и епископов чужеземцев, что «наносило ущерб местным уроженцам и подрывало основы благосостояния страны, поскольку эти чужеземцы вывозили за пределы королевства много богатств». Впрочем, «Партиды» признавали, что папа имеет преимущественные права при назначении кандидатур по сравнению с местными аббатствами, приоратами и капитулами, которые по традиции замещали вакантные церковные должности.
Борьба против этой привилегии пап велась как депутатами кортесов, так и Альфонсом XI, Энрике II, Хуаном I и другими королями, причем не раз к папам обращались с просьбой не назначать на церковные должности чужестранцев, отдавая предпочтение местным клирикам. Однако все эти просьбы оказывались малоэффективными; следует иметь в виду, что и сами короли часто назначали на вакантные церковные должности лиц иноземного происхождения.
Экономическая жизнь церкви. Другим вопросом, привлекавшим тогда всеобщее внимание, был вопрос о церковной собственности. Владения церквей и монастырей возрастали благодаря королевским пожалованиям и дарениям частных лиц. Различные стихийные бедствия, как, например, опустошительная эпидемия в Кастилии 1349–1351 гг., вызывали новые многочисленные пожертвования от доведенных до отчаяния верующих. Известно, что на принадлежавшие церкви земли не распространялось податное обложение, и хотя Альфонсу X удалось добиться уплаты десятины с церковной собственности, а его преемникам — уплаты и иных налогов с церковных владений, но все же подобное скопление недвижимого имущества в руках церкви вызывало беспокойство в стране. Не раз кортесы требовали запретить приобретение наследственных имений церквами, и в особенности монастырями, и добивались, чтобы признаны были недействительными все продажи, дарения и т. п., сделанные в пользу церкви. Эти меры были вызваны не антицерковными предрассудками, но заботами об общественных интересах, т. е. стремлением не допустить усиления власти прелатов, аббатов и клириков в землях, ранее находившихся в городских пределах, и интересами казны (желанием уменьшить объем изъятий из податного обложения). Доказательством этого может служить тот факт, что приобретение земель было запрещено не только представителям духовенства, но также и дворянам, городам, госпиталям и т. п. Однако «Партиды» признают за церквами неотъемлемое право приобретения различного рода земель, принадлежащих как светским, так и духовным лицам. Вместе с тем «Партиды» отмечают (закон 27, тит. VII, ч. I) факты злоупотребления, вызванные экономическим могуществом, которого добился монашеский орден цистерцианцев, владевший городами, замками, десятинами, церквами, вассалами и обладавшим правом судебной юрисдикции. «Партиды» в соответствии с папскими декреталиями запрещают подобные злоупотребления и в то же время подчеркивают, что обязательство уплаты податей сохраняется для всех земель, на которые ранее распространялось налоговое обложение.
Тем не менее происходит концентрация недвижимости в руках капитулов, орденов и духовных корпораций и одновременно, благодаря системе майоратов, знать сосредотачивает в своих руках земельную собственность. Так, различными путями, происходило омертвление земельной собственности, с которым связаны были два вредных последствия: долговременное закрепление класса земледельцев в положении арендаторов и запустение огромных пространств земли.
Со своей стороны, представители духовенства непрерывно жаловались королю на дворян и коронных судей, учинявших захваты принадлежащих им владений и собственности. И нередко мотивы их жалоб не лишены были основания. Так, например, крупные феодалы, осуществлявшие по отношению к церквам и монастырям права энкомьенды или протектората, чинили обычно насилия и самоуправство и предавались грабежам; то же происходило и с энкомьендами другого рода — пожалованиями монастырей и аббатств кардиналам, иностранным прелатам и даже простым клирикам, которые вели себя подобно светским феодалам. И хотя один из королей, Хуан I, признал королевские привилегии, данные церкви или ее владениям, актами «божественного права», но перевесили требования депутатов городов, и сами короли вынесли решение, что в случае острой необходимости может быть использовано церковное серебро, хотя и при условии возврата.
Среди новых доходов церкви, санкционированных гражданской властью и частично ею используемых, следует назвать уже упомянутую ранее десятину и примисью ( primicia ) — налог сверх нее.
Ереси и суеверия. С суевериями неустанно боролись не только прелаты и соборы, но и гражданские власти, что подтверждается соответствующими текстами «Партид» (закон 7, тит. 23). Преследовались предсказатели, прорицатели, колдуны, маги и волшебники, продавцы чудодейственных трав и подобные им плуты и обманщики (именно так и называют этих кудесников «Партиды»), которые пользовались, как о том свидетельствует один закон эпохи Хуана I, доверчивостью невежественных людей, а также священников, монахов и юродивых.