Отказаться от этой тяжелой обязанности -- значило навлечь на себя и на город кару; а принять ее -- и того хуже: это значило бы оказаться изменником своему государю, уронить себя в глазах сограждан и подвергнуться потом суду и строгому наказанию.
В конце концов, о. Никифор решился, рискуя всем своим будущим, встретить Наполеона, чтобы спасти родной город и его храмы от разорения.
Уведомив протопопа Зверева и о. Якова Соколова (больше в городе не было священников), он утром 27-го октября пошел в собор, взял там ризы и крест и с подошедшими двумя священниками отправился к Днепровским воротам, где уже ожидало Наполеона в полном составе все городское французское начальство. Продрогнувши на холоде, Мурзакевич и его два сослуживца, с разрешения начальства, разошлись по домам. Отец Поликарп сказал: "Наполеона не будет".
В этот день Наполеон, действительно, не прибыл в Смоленск" (Орловский).
А назавтра приключилась о. Никифору случайная встреча с ним, которая впоследствии дорого обошлась злополучному попу. "28-го октября о. Никифор был приглашен к больному мещанину Ивану Короткому, жившему у Днепровских ворог, отслужить молебен. Взяв с собою черствую просфору для больного, а сыну Ивану поручив нести ризы, о. Никифор отправился в путь. Погода была настоящая зимняя: мороз доходил до 12° при сильном ветре. Дорога по улице была покрыта снегом, который настолько был притоптан проходившими солдатами, что обратился в зеркальную поверхность.
Перейдя верхнюю базарную площадь (ныне Сенную), о. Никифор с трудом стал спускаться с горы мимо присутственных мест к Троицкому монастырю. Между монастырем и соборною горою в то время был "сухой ров", через который перекинут был мост.
Не успел о. Никифор дойти до монастыря, как к нему подъехал французский жандарм и сообщил, что идет Наполеон. Растерявшись от неожиданности, о. Никифор крикнул сыну: "Давай ризу". Кое-как успел он надеть на себя эпитрахиль, и в этот момент подошел к нему военный губернатор Жомини, знавший его лично, и сказал по-латыни: "Ессе Napoleon" {Вот Наполеон (лат.). }. О. Никифор торопливо снял с головы шапку и, подняв глаза, увидал возле себя самого Наполеона. Взглянув на растерявшегося священника, стоявшего без шапки, с эпитрахилью на груди и с просфорою в руках, Наполеон спросил его: "Pope?" {"Поп?" (русск. в лат. произношении).} -- "Так",-- отвечал о. Никифор по-латыни и сунул ему в руку просфору. Наполеон, не глядя и не останавливаясь, передал ее какому-то генералу и проследовал дальше".
Французская армия пришла в Смоленск в очень печальном состоянии, голодная, злая и тотчас же начала грабить. 30 октября польские солдаты напали на Одигитриевскую церковь, разбили дверь и стали грабить спрятанные здесь церковные и обывательские вещи. О. Никифор, услыхав шум, прибежал сюда и стал отнимать их. Поляки избили его почти насмерть, порубили саблею по голове, а один ударил шпорою в бок. Полуживой, он был отнесен в свой дом, но крепкая натура вынесла эти побои, хотя была надломлена ими. Оказалось, что "на грабеж навел поляков их полковник Костенецкий, который так сочувствовал невинному Энгельгардгу и который сам же в это самое утро посоветовал Мурзакевичу перепрятать вещи в другое место. Ему нужно было только разузнать, где будут спрятаны эти вещи. К счастию, вещи, спрятанные раньше под колокольню, втом числе и серебряная риза с иконы Одигитрии, остались целы от грабежа" (Орловский).
В полночь 5 ноября французы покинули Смоленск, а уже утром в 7 часов вошли в него русские войска. Три месяца Смоленск находился во власти неприятеля. За это время о. Никифор лишился двух дочерей и сам после перенесенных тревог, и лишений, и побоев чувствовал себя очень плохо. "Еще хуже было его душевное состояние. Припоминалась встреча с Наполеоном, и являлось опасение, как бы не подвергнуться за это ответственности" (Орловский).
Действительно, "едва начальство пришло", Мурзакевич был обвинен в государственной измене и впал в руки грозного следователя, все того же арх. Феофилакта Рязанского (Русанова).