23 апреля, в день убийства Желтоновского, Раппопорт приехал будто бы в Екатеринослав со станции Синельниково и получил записку, в которой было написано, чтобы он между шестью и семью часами был возле железнодорожной больницы. Придя сюда, он встретился с Иннокентием, Палеологом и Сашкой Чалым. Иннокентий передал ему револьвер и распределил всех по-двое по обеим сторонам проезда к вокзалу. Здесь они дождались Желтоновского, стреляли и убили его. Никаких подробностей о том, кто такие Иннокентий, Палеолог и Сашка Чалый, в показаниях Раппопорта не было. О комитете революционеров-террористов тоже ничего не сообщалось, кроме названия, совсем несвойственного, как известно, боевым организациям с.-р.
Никаких подробностей убийства и как, кто и куда бежал -- тоже не было.
О Любе, которая упоминалась в отобранном у него письме, Раппопорт сказал, что это ученица шестого класса городской гимназии, что хотя он в нее влюблен, но свою революционную работу от нее скрывал.
В тот же день, когда "следователь впервые допрашивая Раппопорта, появилась прокламация "Екатеринославского комитета с.-р., в которой разъяснялись причины убийства Желтоновского, и этот террористический акт признавался делом их боевой организации.
В связи с зтой прокламацией, а также "следствие явной вздорности самых признаний Раппопорта и характера его личности, прокурор Екатеринославского окружного суда и следователь пришли к убеждению, что участие его в этом деле надо считать сомнительным, и в екатеринославской газете "Приднепровский Курьер" появилась информационная заметка со слов прокурора, в которой значилось, чгго "все данные наводят прокурорский надзор и следственную власть на мысль, что виновность Раппопорта является сомнительной, и трудно предположить, чтобы убийцей генерала Желтоновского действительно являлся Раппопорт".
Зги строки были напечатаны в No 64 "Приднепровского Курьера", от 26 апреля 1906 года, т. е. накануне созыва 1-й Государственной Думы. То было время, как известно, совершенно особое, когда все репрессии были ослаблены, и, конечно, Раппопорт был бы так же освобожден из тюрьмы судебными властями, как и не повинные ни в чем граждане Воробьев и Рихтер.
Но, на его беду, губернатором в Екатеринославе был тогда очень крутой петербургский чиновник Александровский, бывший главноуполномоченный Красного Креста, которого газеты разоблачили в растрате пожертвований, собиравшихся на раненых воинов в русско-японскую войну. Он находился в то время под следствием и, так сказать, в опале,-- на губернаторском месте в Екатеринославе, где он дожжен был восстанавливать отличной службой свое испорченное служебное положение. А тут вместо отличий опять происходил конфуз: по такому делу, как убийство боевиками с.-р. генерал-губернатора, убийцы оказывались неразысканными, а их организация неуловимой.
Кроме того, Раппопорт был еврей, и его арестом по обвинению в убийстве Желтоновоского воспользовался местный "союз pyccKoiro народа", при явном попустительстве и при тайном покровительстве того же Александровского, для погромной агитации. Самые похороны были превращены в антиеврейскую демонстрацию. Особая депутация от еврейской общины являлась тогда к губернатору с ходатайством о принятии мер к предупреждению готовившегося погрома.
При таких обстоятельствах Александровский не мог допустить, чтобы Раппопорта судебные власти выпустили из тюрьмы, а дело о нем прекратили. И вот, нажимом со стороны губернатора, следователя, у которого было дело, устранили и передали дело новому следователю по важнейшим делам. Новый следователь допрашивал снова Раппопорта, который к этому времени успел уже оправиться от своего нервного (потрясения и дал свои показания вполне сознательно, а следователь обстоятельно записал их.
Новому следователю Раппопорт показал, что он в действительности решительно ничего не знает по делу об убийстве Желтоновского, кроме того, что прочел о нем на другой день после ареста, сидя в полицейской части, в газете "Приднепровский Курьер" от 24 апреля. Возвел же он на себя обвинение в этом убийстве потому, что находился в состоянии отчаяния, хотел умереть и предполагал, что его повидимому через день -- два казнят.