На основании добытых данных новый следователь пришел к заключению, что в данном случае имеется налицо самообвинение, случаи какового нередко бывают в судебной практике, особенно при меланхолических состояниях обвиняемых. Последующие же показания Раппопорта, в (которых он отказался от самообвинения, вполне подтвержденные рядом свидетельских показании, заслуживают полного к себе доверия. Следователь постановил подвергнуть Раппопорта судебно-медицинскому освидетельствованию, и 27 июня, при экспертизе, произведенной психиатром Глаголевым, старшим врачом губернской земской больницы, последний дал заключение, что в момент ареста и в ближайшие затем дни, когда Раппопорта допрашивали, он мог находиться в болезненном душевном состоянии, под влиянием чего и принял на себя вину в убийстве генерала Желтоновского.
Для выяснения причин такого состояния Глаголев потребовал исследования Раппопорта в специальном психиатрическом заведении. Прокурор присоединился к мнению следователя и эксперта. Затем в распорядительном заседании окружного суда было постановлено произвести испытание умственных способностей Раппопорта.
Таким образом, дело его затянулось.
Тем временем губернатор Александровокий, энергично воспротивившийся его освобождению, был переведен губернатором в Пензу и там убит боевой дружиной на улице в январе 1907 г. Это было как будто благоприятно, но к этому моменту была уже распущена 1-я Государственная Дума, и тотчас, по воле Столыпина, по всей России для ликвидации революции заработали военно-полевые суды. Дело Раппопорта могло попасть даже в один из таких судов, в котором он, вероятно, был бы казнен, невзирая на свой 16-летний возраст и полную невиновность. Такие случаи тогда бывали.
Перед созывом 2-й Думы военно-полевые суды были упразднены, и вместо них заработали военно-окружные суды, которые представляли уже более четко работавшие машины реакции. Новый временный генерал-губернатор, опасаясь побега Раппопорта из земской больницы, потребовал оставления его в тюрьме. Так прошел почти весь 1907 год.
Наконец, после долгой переписки между следователями и прокурорами, согласно заключению специалистов-психиатров, что Раппопорт "без разумения, при полном отсутствии влияния высших задерживающих центров, взял на себя обвинение в убийстве генерал-губернатора Желтоновского", прокурор Екатеринославского окружного суда, согласовав свое заключение с прокурором Харьковской судебной пала"ты, направил дело Раппопорта, согласно ст. 524-й Уст. Уг. Судопроизводства, к прекращению.
И опять наступил момент, когда Раппопорт, уже насидевшись в тюрьме и на психиатрическом испытании в больнице, мот быть освобожден по постановлению гражданских судебных властей. Но губернатор и жандармские власти не уставая боролись с ними. Однако, следователи, прокуроры и судьи Екатеринославского окружного суда, участвовавшие в этом деле, как люди, привыкшие к судебной деятельности в рамках судебных законов, не хотели пойти на прямое нарушение их, т. е. на заведомую судебную неправду.
Тогда, пользуясь военным положением, временный генерал-губернатор созвал предусмотренное этим положением особое совещание, в составе генерал-губернатора, жандармского полковника и прокурора окружного суда, и поставил на нем вопрос об изъятии этого дела из гражданской подсудности и о направлении в военный суд. Но и на этом совещании прокурор окружного суда снова высказался за полное прекращение дела.
Эту настойчивость и упорство прокурора необходимо особо отметить, так как оно лучше всего доказывает, что никто из екатеринославских следователей и прокуроров не допускал, никаких сомнений в невиновности Раппопорта. Можно утверждать, что и сами жандармы и генерал-губернатор не верили в его виновность. Иначе со всеми этими крамольниками судебными чиновниками они, конечно, расправились бы посредством доносов на них высшему начальству. Но с ними только не соглашались, а их не трогали и прямых доносов на них не писали.
Большинством двух голосов, генерал-губернатора и жандармского полковника, против голоса прокурора, дело было направлено в военный суд. Там была произведена новая экспертиза, при которой какой-то никому не известный эксперт, на основании наблюдений над Раппопортом в течение всего двух-трех часов, дал заключение, что Раппопорт совершил свое преступное деяние с разумением.