16 апреля и 4 июля 1900 г. жандармы произвели массовые обыски и аресты членов Екатерин, с.-д. организации. Деятельность Бабушкина оказалась раскрытой, и он 17 октября 1900 г. был привлечен к жандармскому дознанию. Бабушкину, однако, удалось скрыться (он уехал в Питер) и перейти на положение "нелегального". Некоторое время он работал в с.-д. организации в Смоленске, откуда ему также пришлось бежать.

Эволюция, происшедшая с ним за эти годы, привела его к прежним товарищам по "Спб. Союзу Борьбы" (Ленину, Мартову, Потресову), -- приступившим в то время совместно с группой "Осв. Труда" к изданию "Искры, Бабушкина не удовлетворял "экономизм" и раздробленная кустарная организация рабочих. Столковавшись с группой "Искры", он поехал в Орехово-Зуевский район, где в то время не было никакой оформленной, организации, и, поселившись там под видом мелкого торговца, в течение почти года вел организационную и пропагандистскую работу, наезжая по временам также в Москву, Ив.-Вознесенск, Шую. Ему удалось создать в Орехово-Зуеве и окрестных местах прочную рабочую организацию, принявшую революционную программу и развившую в районе серьезную агитационную деятельность. Во время своих поездок в Москву Бабушкин успешно боролся с зубатовцами, проникая в среду соблазненных ими рабочих. Его корреспонденции из разных мест Московско-Владимирского округа, печатавшиеся в 1901 г. в "Искре", представляли собою очень ценный и интересный материал для истории рабочего движения той эпохи, а его статья: "В защиту ив.-возн. рабочих" (в приложении к No 9 "Искры"), написанйая в ответ на народническую статью Дадонова о "Русском Манчестере" (помещ. в "Русском Богатстве"), показала в авторе дарование памфлетиста, умевшего ярко противопоставить пролетарскую точку зрения мелко-буржуазному "рабочелюбию" {См. приложения, стр. 14.}.

24 декабря 1901 г. эта интенсивная деятельность была прекращена набегом жандармов, которым удалось накрыть собрание Комитета Ореховской организации. Протокол об аресте Бабушкин подписал: "Неизвестный". Через некоторое время жандармы открыли его фамилию и переслали его в Екатеринослав, где он разыскивался по местным делам. В ночь на 29 июля 1902 г. он вместе с И. Горовицем (харьковский с-д.), почти без всякой помощи извне, бежал из 4-го полицейского участка. "Из тюрьмы он бежал с помощью маленьких пилок, которые он всегда носил с собой, запрятав их в сапоге. Этими пилками он перепилил железные прутья тюремной решетки... И, разогнув их, открыл себе путь на свободу.

...Это было нелегкое и нескорое дело. Пилить толстый железный прут приходилось очень долго. Операция продолжалась несколько дней. Необходимо было перепилить несколько железных прутьев. Когда это было сделано совершенно незаметно для постороннего глаза, то оставалось лишь отогнуть прутья для того, чтобы было возможно выскочить в окно. Это было делом момента. Правда, надо было уметь выбрать подходящий момент и для бегства. Это был побег революционной эпохи. {К. М Тахтарев "Рабочее движение в Петербурге", вып. 1893-1901. Раб. изд-во "Прибой". 1924. Ленинград, стр. 176.}

Бабушкин приехал в Лондон, где находилась тогда редакция "Искры" и где жил старый революционный учитель Бабушкина -- В. И. Ульянов-Ленин

Н. К. Крупская так описывает приезд Бабушкина в Лондон {Из ст. Н. К. Крупской: "Перед вторым с`ездом". "Правда",-- No 85, 14 апреля 1925 года.}:

"В начале сентября 1902 г. приехал Бабушкин, бежавший из екатеринославской тюрьмы. Ему и Горовицу помогли бежать из тюрьмы и перейти границу какие-то гимназисты, выкрасили ему волосы, которые скоро обратились в малиновые, обращавшие на себя всеобщее внимание. И к нам приехал он малиновый. В Германии попал в лапы к комиссионерам, и еле-еле удалось ему избавиться от отправки в Америку. Поселили мы его в коммуну, где он и прожил все время своего пребывания в Лондоне Бабушкин за это время страшно вырос в политическом отношении. Это уже был закаленный революционер, с самостоятельным мнением, перевидавший массу рабочих оргнизаций, которому нечего было учиться, как подходить к рабочему -- сам рабочий. Когда он пришел несколько лет перед тем в воскресную школу -- это было совсем неопытный парень. Помню такой эпизод. Был он в группе сначала у Лидии Михайловны Книпович. Был урок родного языка, подбирали какие-то грамматические примеры. Бабушкин написал на доске "у нас на заводе скоро будет стачка". После урока Лидия отозвала его в сторону и наворчала на него: "Если хотите быть революционером, нельзя рисоваться тем, что ты революционер -- надо иметь выдержку" и т. д. и т. п. Бабушкин покраснел, но потом смотрел на Лидию, как на лучшего друга, часто советовался с ней о делах и как-то по особенному говорил с ней.

В то время в Лондон приехал Плеханов. Было устроено заседание совместно с Бабушкиным. Речь шла о русских делах. У Бабушкина было свое мнение, которое он защищал очень твердо, и так держался, что стал импонировать Плеханову. Георгий Валентинович стал внимательнее в него вглядываться. О своей будущей работе в России Бабушкин говорил, впрочем, только с Владимиром Ильичем, с которым. был особо близок. Еще помню один маленький, но характерный эпизод. Дня через два после приезда Бабушкина, придя в коммуну, мы были поражены царившей там чистотой, -- весь мусор был прибран, на столах постелены газеты, пол подметен Оказалось, порядок водворил Бабушкин. "У русского интеллигента всегда грязь -- ему прислуга нужна, а сам он за собой прибирать не умеет",-- сказал Бабушкин".

Иван Васильевич был поражен напряженностью и быстрым темпом английской общественной жизни. Но еще более был он поражен организованностью английского рабочего движения. Во время его приезда происходил как раз в Лондоне конгресс английских трэд-юнионов, и Бабушкин отправился вместе с К. М. Тахтаревым (с которым вместе работал в Петербурге в 1893-95 г.г.) на заседание конгресса. Конгресс произвел на Ивана Васильевича необыкновенно сильное впечатление: хотя он "и не понимал английского языка, но все же получил довольно точное представление о том, как английские рабочие обсуждают и решают свои дела", -- пишет Тахтарев. -- "К тому же надо прибавить, что наиболее интересные речи я вкратце ему переводил, равно как и делавшиеся предложения и постановления" {Там же, стр. 177.}.

Ознакомившись с положением партийных дел, Бабушкин после нескольких недель отдыха вернулся (с поручением от Владимира Ильича) в Россию и водворился в Петербурге, чтобы усилить местный "искровский" комитет, находившийся в разгаре борьбы с "экономистами". Здесь Иван Васильевич, искавший всегда наиболее широкой арены для своей работы, направил свою энергию на агитацию в только что перенесенных в Петербург зубатовских обществах. Именно в них думал он пропагандировать революционное понимание задач рабочего движения и необходимости политической борьбы. Жил Бабушкин нелегально, под видом страхового агента. Деятельность его вскоре была прервана. 7 января 1903 г. Бабушкин опять оказался арестованным, был раскрыт, и на этот раз, -- после более, чем годичного заключения, -- сослан в далекую Якутскую область, в гиблый Верхоянск, расположенный за полярным кругом. Бабушкин и здесь даром времени не терял. Он учился, готовился к дальнейшей борьбе, занимался с несколькими рабочими -- товарищами по ссылке, стараясь сделать их сознательными социал-демократами и большевиками (сам он был определенным большевиком). Частенько ходил на охоту, занимался слесарным мастерством. 23 марта 1904 г. он, вместе с другими 19 верхоянскими ссыльными, подписал заявление о солидарности с участниками "Романовского протеста" (в Якутске) {См. приложения, стр. 186.}.